Chercheur (H/F) Epidémiologie des Eaux Usées

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La personne recrutée a pour mission principale de réaliser les analyses bioinformatiques de séquençage métagénomique de virus présents dans les eaux usées (pipelines d'alignement sur références, détection de variants, assemblage de novo assembly). Il/elle conçoit et met en place des bases de données dédiées au stockage, à l’annotation et à l’analyse des séquences virales, en assurant leur interopérabilité avec des systèmes distants (serveurs sécurisés, clusters HPC). La gestion des connexions à distance (SSH, API, transferts de données) et l’exploitation de ressources publiques ou privées (Santé publique France, GISAID, NCBI, ENA) sont centrales pour enrichir les analyses et contextualiser les résultats. Les recherches de l'équipe portent principalement sur des pathogènes respiratoires prioritaires (SARS-CoV-2, grippe, RSV) mais une exploitation des données disponibles sur d’autres agents infectieux (papillomavirus, arbovirus, etc.) sont possibles, dans l'optique d'améliorer la détection précoce de signaux épidémiologiques préoccupants. Un croisement des données environnementales (eaux usées) avec les données cliniques (séquençage de patients, données épidémiologiques) servira à valider les observations et contribuera à affiner les modèles prédictifs. Des outils de veille automatisés (scripts, dashboards, alertes) intégrant des algorithmes de machine learning ou des méthodes statistiques, seront mis en place afin d’optimiser la surveillance en temps réel des pathogènes et de soutenir les décisions de santé publique.
Activités :
1. Analyse bioinformatique des données de séquençage (Nanopore)
• Filtrage des reads (qualité, barcodes), démultiplexage.
• Assemblage/alignement des souches virales (Minimap2, BWA-MEM) et détection des variants (iVar, Clair3).
• Caractérisation des séquences et annotations fonctionnelles via NCBI, GISAID (gènes, protéines, motifs de résistance).
• Identification des pathogènes et classification taxonomique (Kraken2, Centrifuge, DIAMOND).
• Stockage des fichiers FASTQ/FASTA et métadonnées dans le système MEDIANTE et publications externes (ENA, NCBI SRA, GISAID) selon les normes FAIR.
• Versionnage des pipelines et scripts (Git, GitLab/GitHub).
2. Développement d’outils interactifs de visualisation
• Tableaux de bord dynamiques (Shiny, Plotly Dash), pour visualisation des abondances virales par pathogène, période ou région (courbes, heatmaps), spatialisation des détections (Leaflet, Folium) pour comparaison de plusieurs stations d’épuration.
• Analyse des flux de transmission (arbres phylogénétiques interactifs, Sankey diagrams).
3. Production de rapports et analyses statistiques
• Analyses statistiques des abondances virales (Wilcoxon, ANOVA), modèles de régression (R, Python : statsmodels, scikit-learn), allant jusqu’à la prédiction de l’émergence de variants.
• Rédaction d’articles et préparation des figures pour revues scientifiques ou pour des rapports te
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Maîtrise opérationnelle des outils d’analyse de séquençage haut débit Nanopore (prétraitement des reads, démultiplexage, contrôle qualité). Connaissance des formats de données : FASTQ, FASTA, BAM/SAM, VCF.
Utilisation d’outils d’alignement (Minimap2, BWA-MEM) et d’assemblage (Flye, Canu, SPAdes).
Détection de variants : iVar, Clair3, Pangolin.
Annotation fonctionnelle (Prokka, BLAST, NCBI, GISAID), classification taxonomique (Kraken2, Centrifuge, DIAMOND). Capacité à identifier des pathogènes non ciblés initialement.
Expérience de gestion de larges volumes de données depuis leur production jusqu’à la publication. Expérience d’outil de versionnage collaboratif : Git, GitLab, GitHub (y compris en mode privé).
Expertise dans les langages de programmation R (Shiny, ggplot2, analyses statistiques), Python (Plotly Dash, Matplotlib/Seaborn, scikit-learn, statsmodels), JavaScript (pour D3.js, Leaflet, Folium).
Connaissances des pipelines bioinformatiques Nextflow ou Snakemake.
Compétences en analyse statistique et modélisation
Capacité au travail d’équipe dans le cadre de collaboration entre chercheurs, cliniciens, et décideurs de santé publique, avec une capacité importante à expliquer et justifier les résultats techniques.
Compétences transversales en gestion de projet (organisation et suivi des pipelines d’analyse, des dépôts de données, et des mises à jour des outils), veille scientifique et technologique : surveillance des avancées en bioinformatique et en épidémiologie moléculaire. Capacité d’adaptation aux nouveaux outils et méthodes (ex : nouveaux algorithmes de détection de variants).
Français et anglais courant.
Contraintes et risques :
Travail en ZRR