Doctorant (H/F) en Biologie du dévelopement (EvoDevo)

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Si le rôle de plusieurs voies de signalisation dans la mise en place du système nerveux a déjà été documenté chez l’amphioxus, leur contribution à la neurogenèse — c’est-à-dire la génération et la diversification des types de cellules neuronales — reste largement méconnue aux niveaux transcriptomique et cellulaire. Ce projet vise à combler cette lacune en étudiant les fonctions de quatre voies de signalisation intercellulaires au cours du développement de l’amphioxus : Notch, Wnt, BMP et Hedgehog (Hh). Les travaux s’articulent autour de trois objectifs complémentaires :
(1) Définir les rôles de ces voies dans le développement neural grâce à une approche pharmacologique combinée à une caractérisation phénotypique et à des hybridations in situ de gènes marqueurs.
(2) Identifier les gènes cibles de ces voies par séquençage transcriptomique en masse (RNA-seq en masse) d’échantillons traités par rapport à des échantillons témoins, suivi d’analyses différentielles et d’une validation par hybridations in situ.
(3) Caractériser, au niveau cellulaire, les trajectoires de développement contrôlées par ces voies à l’aide d’une approche transcriptomique de noyaux uniques (RNA-seq noyaux uniques), permettant ainsi la construction d’un atlas cellulaire du système nerveux de l’amphioxus.

Ce projet fait donc appel à des approches en biologie du développement et en transcriptomique comparative. Les missions du doctorant (H/F) seront donc :
- Prendre en charge la stabulation et la ponte d’adultes et la culture d’embryons et de larves d’amphioxus
- Effectuer des traitements pharmacologiques de cultures d’embryons et de larves d’amphioxus
- Mettre en place la caractérisation phénotypique, ainsi que les manipulations d’hybridation in situ
- Gérer la mise en place expérimentale de protocoles de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Analyser bio-informatiquement les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Corroborer les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique avec des manipulations in vivo chez l’amphioxus
- Présenter les travaux lors de réunions de collaboration et de conférences internationales
- Rédiger des rapports et des articles scientifiques destinés à des revues prestigieuses
- Rédiger une thèse de doctorat pour Sorbonne Université
- Apporter un soutien à d'autres projets de l’équipe

Contexte :
Le projet sera réalisé dans l’équipe EvoInSiDe du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV) (UMR 7009 — CNRS/Sorbonne Université). Le doctorant (H/F) aura donc accès aux services du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV), ainsi qu’aux plateformes de l’Institut de la Mer de Villefranche (IMEV) (moyens à la mer, microscopie, biologie moléculaire, bio-informatique). Le doctorant (H/F) sera encadré par Michael Schubert, directeur de recherche au CNRS, qui co-dirige l’équipe EvoInSiDe. Le proje
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Le projet comprend des travaux expérimentaux de biologie moléculaire, incluant la manipulation d’échantillons biologiques non pathogènes, d’ARN et de réactifs chimiques. Il implique également l’utilisation d’équipements de laboratoire, notamment de microscopie et potentiellement de séquençage, après une formation appropriée aux procédures et règles d’hygiène et de sécurité. Aucun risque spécifique au-delà de ceux habituellement associés à un laboratoire de biologie moléculaire n’est anticipé. Cependant, le candidat devra respecter les protocoles de sécurité et les bonnes pratiques lors de la manipulation au laboratoire. Etant donné que les amphioxus se reproduisent de manière saisonnière, les horaires de travail pendant la période de reproduction peuvent s'écarter des horaires habituels. En plus des missions scientifiques, des déplacements hors du laboratoire pour la collecte d’animaux sont à envisager.