CDD ingénieur d'études en biologie H/F

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Face à l’urgence du besoin en nouveaux antibiotiques, la biologie synthétique ouvre des perspectives inédites en permettant la production de composés rares ou difficiles à isoler à partir de sources naturelles. Le but du projet collaboratif est de mettre en place un cadre méthodologique pour l’intégration et l’ingénierie optimisée des clusters de gènes de biosynthèse de métabolites spécialisés (SMBGCs) dans un panel de Streptomyces super-hôtes, châssis de choix pour la biotechnologie et la découverte de médicaments.
La mission principale vise à caractériser l'expression génique en fonction de la localisation spatiale des gènes dans un panel de Streptomyces. La personne recrutée devra mettre en œuvre les tâches liées au clonage et à l’analyse de l’expression génique le long du chromosome à l’aide d’un système rapporteur synthétique (clonage de la collection de vecteurs munis de codes-barres, transfert de ces vecteurs dans Escherichia coli et Streptomyces, cultures bactériennes, extraction d’ADN et d’ARN). La personne recrutée pourra être amenée à réaliser des expériences complémentaires d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) ou de capture de la conformation du chromosome (Hi-C, Micro-C) visant à élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans l’expression différentielle des gènes le long du génome compartimenté des Streptomyces.
Ce travail sera réalisé en interaction avec les plateformes de l’I2BC. La personne pourra être sollicitée pour encadrer et former du personnel de l’I2BC ou des collaborateurs.

Activités :
Activités principales
• Choisir, développer et adapter les protocoles de culture de Streptomyces pour la préparation et l’analyse des échantillons biologiques dans le cadre de techniques de génomique (RNA-seq, MFA, technologies 3C, ChIP-seq)
• Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques de biologie moléculaire (clonages, électrophorèse, PCR, purification d’acides nucléiques, réalisation de banques pour le séquençage et du contrôle qualité associé).
• Exploiter et présenter les résultats des analyses relevant du champ de compétences de la personne recrutée (l’analyse bioinformatique détaillée des résultats étant assurée par la responsable scientifique du projet), en garantir le suivi et la qualité.
• Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques, des protocoles
• Gérer et organiser les moyens techniques dans le cadre d’un projet scientifique
• Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité
• Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications

Activités secondaires
• Mettre en place et surveiller l'application des règles d'hygiène et sécurité. Former les nouveaux arrivants dans les équipes à ces règles.
• Contribuer à la formation des étudiants sur les techniques de bases en biologie moléculaire, génomique, microbiolo
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Solides compétences en biologie moléculaire (PCR, clonage) et en culture microbienne.
- Maîtrise de techniques de génomique fonctionnelle (ChIP-seq, Hi-C/micro-C, RNA-seq, et/ou MFA).
- Concevoir des dispositifs expérimentaux
- Conduire un processus d'achat
- Connaissance de la réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Connaissance du cadre légal et déontologique
- Maîtrise de la langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Des connaissances de bases d’outils bio-informatiques et de méthodes statistiques nécessaires à l'analyse des données constituent un atout.
- Qualités requises : dynamisme, rigueur, sens de l'organisation, autonomie, savoir-être en milieu professionnel et esprit d'équipe.

Contraintes et risques :
Manipulations de produits chimiques (formaldéhyde, phénol) dans le cadre de la mise en oeuvre des expériences de génomique