Contrat doctoral sur le suivi temporel de la biodiversité en Guyane Française

Sujet de thèse :
Contexte
Le projet GENE-AMA, financé par la MITI du CNRS, vise à renforcer les capacités de suivi de la biodiversité amazonienne par génomique environnementale, en Guyane française, au Brésil et au Guyana. Il s’appuie sur les avancées du séquençage haut débit, notamment Oxford Nanopore, pour développer des approches locales, rapides et standardisées d’analyse de l’ADN environnemental. La thèse contribuera à la structuration d’un réseau d’observatoires génomiques pour le suivi temporel des écosystèmes amazoniens.

Mission
Développer, tester et comparer des approches de génomique environnementale pour le suivi multi-taxonomique et temporel de la biodiversité amazonienne. Produire des données, outils et protocoles reproductibles permettant de relier les variations de détection ADNe aux paramètres environnementaux et aux enjeux de conservation.

Activités
Activité 1 : Développer les approches génomiques pour l’ADN environnemental
• Participer à la conception et à l’évaluation d’un kit de capture multi-marqueurs et multi-groupes adapté à la biodiversité amazonienne.
• Préparer les bibliothèques de séquençage et comparer des approches de metabarcoding, capture par hybridation et/ou capture digitale.
Activité 2 : Produire et analyser des données de biodiversité temporelle
• Contribuer au traitement bioinformatique des données de séquençage.
• Analyser les variations temporelles des communautés détectées par ADNe et les mettre en relation avec des paramètres physico-chimiques et saisonniers.
Activité 3 : Contribuer au suivi écologique et à la validation des approches
• Appuyer la standardisation des protocoles d’échantillonnage mensuel sur les sites suivis en Guyane française, au Brésil et au Guyana.
• Comparer, lorsque les données sont disponibles, les résultats ADNe avec des suivis indépendants de la biodiversité.
Activité 4 : Valorisation et transfert
• Rédiger des articles scientifiques et communiquer les résultats dans des conférences et ateliers du consortium.
• Participer aux actions de formation et de transfert de compétences auprès des partenaires régionaux, en particulier sur les protocoles ADNe, le séquençage et l’analyse bioinformatique.

Activité encadrer et animer une équipe
Non concerné par un encadrement hiérarchique. La personne pourra toutefois contribuer à l’animation scientifique fonctionnelle du consortium et à l’accueil ponctuel de stagiaires, sous la responsabilité des encadrants.

Activité spécifique ou transverse
Participation à un projet international et interdisciplinaire associant écologie, génomique, bioinformatique, taxonomie, hydrologie environnementale et conservation. Contribution à l’harmonisation des pratiques et à la mise en réseau d’observatoires de biodiversité en Amazonie.

Compétences attendues
Savoirs / connaissances
• Écologie moléculaire, génomique environnementale et ADN environnemental.
• Biodiversité tropicale, écologie des communautés et e
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