Emplois actuels liés à Ingénieur responsable d’une plateforme de bioinformatique - Montpellier - CNRS

  • Ingénieur en Bioinformatique

    il y a 7 jours

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Présentation de l'offreL'Institut de Génomique Fonctionnelle recherche un ingénieur en bioinformatique pour rejoindre son équipe de recherche. Cette offre est destinée à un candidat motivé et passionné par l'analyse de données de séquençage.MissionsL'ingénieur en bioinformatique sera chargé de participer aux conseils sur les...

  • Ingénieur en bioinformatique

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre d'emploi : Ingénieur d'étude en Bioinformatique (H/F)L'équipe « Signalisation, Plasticité et Cancer » de l'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) de Montpellier recherche un(e) candidat(e) ayant une expertise en bioinformatique et un intérêt pour la recherche translationnelle en oncologie.Compétences requisesExpérience en...

  • Ingénieur d'étude en Bioinformatique

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre d'Emploi : Ingénieur d'étude en BioinformatiqueL'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) de Montpellier recherche un(e) candidat(e) ayant une expertise en bioinformatique et un intérêt pour la recherche translationnelle en oncologie.MissionsLe/la candidat(e) travaillera sur un projet de recherche visant à explorer de nouvelles...

  • Ingénieur en Bioinformatique

    il y a 6 jours

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations GénéralesTitre de l'Offre : Ingénieur en BioinformatiqueRéférence : CNRSMissionsL'ingénieur en bioinformatique sera chargé de participer aux conseils sur les designs expérimentaux, d'assurer le contrôle qualité des données NGS et de réaliser des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur la...

  • Ingénieur en Bioinformatique

    il y a 7 jours

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur en Bioinformatique - Analyse de données de séquençage - H/F Référence : UAR3426-HUGPAR-004 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : lundi 28 octobre 2024 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 12 mois Date d'embauche prévue : 6...

  • Ingénieur en Bioinformatique

    il y a 3 jours

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    MissionsLa personne recrutée travaillera sur la plateforme de séquençage haute débit, étant donné que l'institut est un centre de recherche en biomédicine. La personne recrutée contribueraà la conception des expériences, aux conseils sur les designs expérentaux, et s'assurera du contrôle de la qualité des données NGS. Elle réalisera des...

  • Ingénieur d’étude en Bioinformatique

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur d’étude en Bioinformatique (H/F) Référence : UMR5203-LAIBAS-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : vendredi 20 septembre 2024 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 12 mois Date d'embauche prévue : 1 décembre 2024...

  • Ingénieur produits

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Ingénieur d'étude en Bioinformatique (H/F)L'équipe "Signalisation, Plasticité et Cancer" de l'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) de Montpellier recherche un(e) candidat(e) ayant une expertise en bioinformatique et un intérêt pour la recherche translationnelle en oncologie.Le projet implique principalement le développement et la...

  • Data steward, et animateur de communautés thématique

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Contexte de travailL'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale qui regroupe 35 plateformes et équipes de recherche en bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-Core (UAR 3601). L'IFB déploie sur l'ensemble du territoire national des services en bioinformatique : infrastructure de calcul, logiciels et bases de...

  • Data steward, animateur de communautés thématiques

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    MissionsCoordonner l'ensemble des communautés des INBS (infrastructures nationales en biologie et santé) pour élaborer et faire évoluer des modèles de plans de gestion de données thématiques.Piloter l'évolution du service Data Stewardship Wizard (DSW) hébergé et maintenu à l'Institut Français de Bioinformatique, et sur lequel ces modèles de plan...

  • Conseiller en données et animateur de communautés thématiques

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de posteTitre du poste : Data steward, et animateur de communautés thématique (H/F) - MontpellierDescription du poste : Le candidat sélectionné occupera un poste de Data steward, et animateur de communautés thématique au sein de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB). Le candidat sera chargé de coordonner l'ensemble des communautés des...

  • Responsable Si Plateformes Applicatives

    Il y a 5 mois

    Montpellier, France INRAE Temps plein

    34000 MONTPELLIER _ **RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE** **Présentation d'INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la...

  • Data steward, et animateur de communautés thématique

    il y a 1 mois

    Montpellier, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Data steward, et animateur de communautés thématique (H/F) - Montpellier Référence : UAR3601-ANILEF-024 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Date de publication : jeudi 26 septembre 2024 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 24 mois Date d'embauche prévue :...

  • Responsable de Plateforme de Spectrométrie de

    Il y a 5 mois

    Montpellier, France INRAE Temps plein

    34000 MONTPELLIER _ **RETOUR À LA LISTE DES POSTES DE LA CAMPAGNE** **Présentation d'INRAE**: L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la...

  • Ingénieur Plateforme DATA

    Il y a 2 mois

    Montpellier, Occitanie, France Groupama-fr Temps plein

    Notre Mission : Au cœur d'une entreprise centrée sur les données, nous concevons, mettons en œuvre et entretenons les infrastructures techniques pour le groupe Groupama. Notre équipe Plateforme DATA, intégrée à l'entité Transformation Technologique au sein de la Direction des Technologies et de la Production Informatique (DTPI), est responsable de...

  • Ingénieur système plateforme DATA H/F

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France Groupama-fr Temps plein

    Description du posteIntitulé du posteIngénieur système plateforme DATA H/FDescription de la missionRejoignez l'équipe Plateforme DATA intégrée à l'entité Transformation Technologique au sein de la Direction des Technologies et de la Production Informatique (DTPI) à Montpellier. Notre vocation est de concevoir, mettre en œuvre et entretenir...

  • Responsable Plateforme Logistique

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France KRYS GROUP Temps plein

    Mission Au sein de notre entreprise renommée, KRYS, leader dans le domaine de l'optique, nous recherchons un Responsable de Plateforme Logistique (H/F) motivé et passionné par la logistique pour notre Atelier Centralisé basé à Montpellier. Notre atelier centralisé est le pivot de notre engagement envers la qualité et l'efficacité, et votre...

  • Technicien de recherche et formation en biologie

    Il y a 2 mois

    Montpellier, France Université de Montpellier Temps plein

    À propos de nousUne université d’excellenceUniversité de recherche intensive, leader mondial en écologie, l’Université de Montpellier est un établissement public expérimental qui figure dans le top 200 du classement de Shanghai. Elle couvre plusieurs champs disciplinaires sciences et techniques, droit, économie, environnement, administration,...

  • Gestionnaire de plateforme

    Il y a 2 mois

    Montpellier, Occitanie, France IPAC Bachelor Factory Temps plein

    IPAC Bachelor Factory, une école de gestion reconnue dans l'enseignement supérieur privé, recherche un Assistant gestionnaire de plateforme (H/F) pour l'un de ses partenaires. **Poste : Assistant gestionnaire de plateforme** Vous serez rattaché(e) au Responsable Trafic et vous vous positionnerez en véritable appui pour notre service Trafic. **Fonctions...

  • Postdoctorant en génomique des populations

    il y a 1 semaine

    Montpellier, Occitanie, France IRD Temps plein

    Mission scientifiqueVous rejoindrez l'équipe du Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP) à Montpellier, où vous travaillerez sur les maladies infectieuses ayant pour réservoir des animaux de la faune sauvage.Objectifs de la missionVous développerez des analyses de génomique des populations pour comprendre l'histoire de...

Ingénieur responsable d’une plateforme de bioinformatique

Il y a 3 mois

Montpellier, France CNRS Temps plein

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur responsable d’une plateforme de bioinformatique (H/F)
Référence : UMR5506-THIGIL-026
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mardi 23 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 16 septembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2875€ bruts mensuels, ajustable selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Chef-fe de projet ou expert-e en Ingéniérie logicielle

Missions

Suite au départ de l’ingénieur CNRS en charge de la plateforme de bioinformatique ATGC (/), l’équipe MAB (Méthodes et algorithmes pour la bio informatique) du LIRMM cherche un nouveau responsable technique pour la plateforme. La mission première de la personne recrutée sera de garantir la continuité et le bon fonctionnement de la plateforme. Elle sera également associée aux projets de recherche de l'équipe et accompagnera le développement, la finalisation et la valorisation des logiciels de bioinformatique développés au LIRMM (méthodes d'inférence de l'évolution, algorithmes pour le traitement des données de séquençage, apprentissage automatique pour l'annotation des génomes). Elle sera également impliquée dans l'organisation des formations portées par ATGC.

En fonction de ses compétences et centres d’intérêt, elle sera impliquée dans le développement de logiciels répondant à des questions de bioinformatique diverses telles que la sélection de modèles phylogénétiques, l’analyse de données omiques, la datation moléculaire, l'annotation de génomes, ou l'étude des mécanismes de régulation cellulaires. Elle aidera les chercheurs de l'équipe MAB à porter les méthodes et algorithmes développés sur les serveurs de calculs et mésocentres académiques. Elle participera à l’encadrement des étudiants et des ingénieurs CDD de l’équipe sur les tâches de développement logiciel. En outre, elle interviendra lors des phases de test, de validation et de documentation des outils publiés ou intégrés à la plateforme.

Activités

1/ Prise en main de la plateforme et des technologies sous-jacentes dans le but de garantir la bonne continuité de son fonctionnement. Une solution de migration de la plateforme sur le mésocentre Montpelliérain MESO@LR est actuellement à l’étude pour augmenter et pérenniser les ressources de calcul. La personne recrutée pourra être amenée à aider à cette transition technologique, en collaboration avec les ingénieurs du LIRMM et de l’Institut Français de Bioinformatique.

2/ Développement logiciels et pipelines. La personne recrutée sera amenée à intervenir dans les phases d'optimisation du code, de déploiement de batteries de tests (benchmarks) sur des serveurs de calculs, de compilation des logiciels sur différentes architectures, d'écriture de documentations, et de mise en place d’environnement d'installation appropriés (solutions Conda, Docker, Apptainer, …), ainsi que la programmation de pipeline. Elle encadrera les étudiants et ingénieurs CDD sur ces tâches.

3/ Formations. L'équipe MAB porte un portfolio de cinq formations CNRS en bioinformatique. Chacune d'entre elles se déroule sur une période de trois à cinq jours et vise un public de chercheurs et d'ingénieurs issus de la recherche publique et privée (6 à 15 participants par formation). La personne recrutée sera impliquée dans ces formations à des degrés divers : aide à la préparation du matériel pédagogique, à l'encadrement des participants, et aux aspects logistiques.

Compétences

La personne recrutée aura une expérience de programmation avancée en Python et/ou C/C++, ainsi que des compétences ou une appétence pour le DevOps. Elle sera capable de comprendre, gérer et organiser des projets logiciels collaboratifs de taille importante, impliquant plusieurs autres chercheurs et ingénieurs à travers des plateformes telles que GitLab ou GitHub. Elle sera également familière des outils de gestion des files d'attente de requêtes de type SLURM et/ou SGE, et des techniques de parallélisme léger. Des notions avancées dans le domaine de l'analyse de données à partir des langages Python et/ou R sont également souhaitables. Enfin, des connaissances en bioinformatique, ainsi qu'en biologie et génomique sont vivement souhaitées.

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera dans un environnement stimulant au sein de la plateforme de bioinformatique ATGC (/) du LIRMM (/) portée par l'équipe MAB (/recherche/equipes/mab). La plateforme ATGC propose des services bioinformatiques en ligne pour les utilisateurs biologistes, écologues, agronomes, médecins. ATGC fournit des centaines de milliers d'heures de calcul à la communauté scientifique, académique comme industrielle. Ses services sont utilisés chaque année par plus de 15000 utilisateurs uniques à travers le web.
Elle sera localisée au LIRMM, sur le campus St Priest de l'Université de Montpellier dans un bureau de l'équipe MAB et disposera d'un accès au cluster de calcul de l'équipe ainsi que d'un accès au mésocentre Meso@LR (https:///).
Elle fera partie du service appui à la recherche du laboratoire qui regroupe 16 ingénieurs.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.