Doctorant en geomicrobiologie Arctique H/F

il y a 4 jours


Provence, France CNRS Temps plein

Informations générales

Intitulé de l'offre : Doctorant en geomicrobiologie Arctique H/F
Référence : UMR7294-SYLJOV-021
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : jeudi 27 juin 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2135,00 € bruts mensuel
Section(s) CN : Surface continentale et interfaces

Description du sujet de thèse

MISSIONS :
Le doctorant (H/F) sera basé à Marseille, en France, pour travailler dans le cadre du projet de recherche CNRS CPJ du Dr James Bradley (« Adaptation aux environnements extrêmes ») et du projet Starting Grant financé par le Conseil européen de la recherche « SIESTA : Le rôle de la dormance microbienne comme un régulateur écologique et biogéochimique sur Terre ». La personne recrutée H/F participera à des expériences en laboratoire, à l'analyse de données, à des travaux sur le terrain et travaillera au sein d'une équipe de projet comprenant des doctorants, des chercheurs postdoctoraux et du personnel technique. L'objectif principal de ce projet est d'étudier les adaptations utilisées par la vie microbienne pour tolérer la survie dans la cryosphère, y compris la nucléation biologique de la glace et la dormance. Le candidat (H/F) identifiera et caractérisera les gammes et les types de mécanismes d'adaptation utilisés par les micro-organismes (1) in vitro à l'aide d'organismes modèles, (2) semi-in vitro avec des échantillons environnementaux, et (3) dans l'environnement du champ polaire à l'aide d'expériences in situ et mesures de l'activité et de la fonction microbiologiques. L'étudiant (H/F) collaborera au sein d'équipes multidisciplinaires à Marseille (Institut Méditerranéen d'Océanographie et Laboratoire de Chimie Bactérienne). Ce projet de doctorat conviendrait à un étudiant (H/F) s'intéressant à la microbiologie environnementale, à la survie microbienne et à l'adaptation aux environnements extrêmes.

Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un diplôme en sciences naturelles ou physiques (par exemple microbiologie, génomique/génétique, biologie moléculaire, sciences de la Terre ou discipline connexe). Nous recherchons des étudiants très motivés, indépendants et dotés de bonnes compétences en communication. Une expérience antérieure en recherche et des connaissances en microbiologie et en biologie moléculaire sont hautement souhaitables. Le financement du doctorat est offert pour une durée de 36 mois. Nous prévoyons une date de début flexible vers octobre 2024.

ACTIVITES :
Le doctorant (H/F) devra :
• Étudier/analyser les environnements glaciaires et les microbiomes (expérimental et observationnel).
• Utiliser des systèmes modèles reconstitués ex vivo, des expériences semi-in vitro utilisant des échantillons environnementaux, des études in situ sur le terrain pour explorer les mécanismes d'adaptation microbienne aux extrêmes environnementaux de la cryosphère.
• Effectuer un échantillonnage des populations microbiennes naturelles (y compris des travaux sur le terrain dans les régions éloignées de l'Arctique).
• Générer et analyser des données (bioinformatiques et statistiques) sur l'environnement et le microbiome.
• Effectuer des travaux de laboratoire moléculaire et microbiologique.
• Préparer des articles de revues (en tant que principal et co-auteur) dans des revues universitaires de premier plan, participer à des conférences scientifiques et à des activités de sensibilisation.
• Rassembler et cataloguer les données pour le dépôt et l'archivage dans des référentiels de données.

COMPETENCES ATTENDUES :
• Connaissance pratique de l'écologie microbienne et de la dynamique des communautés/populations, de l'adaptation microbienne aux environnements extrêmes, de l'écophysiologie microbienne.
• Expérience de laboratoire en microbiologie (biologie moléculaire, microbiologie environnementale, 'omics/séquençage, physiologie/incubation/mesure d'activité et expériences).
• Compétences démontrées en analyse de données (analyses bioinformatiques et statistiques – de préférence de données microbiologiques et écologiques, y compris les données de séquençage, écriture et exécution de code en R, Python, GitHub,
• Solides compétences en communication orale et écrite en anglais.
•Capacité à travailler de manière indépendante et flexible.
• Capacité à travailler harmonieusement au sein d'une équipe.
• Un historique de productivité en recherche.

Contexte de travail

Le candidat retenu (H/F) travaillera à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), à Marseille Luminy. Le MIO est un laboratoire de recherche en Océanologie des Universités d’Aix-Marseille, de Toulon, du CNRS et de l’IRD. Il est intégré dans l’OSU Pythéas. Ses objectifs sont de mieux comprendre le système océanique et son évolution en réponse au changement global. Il constitue un pôle de compétences en biologie, écologie, biodiversité, microbiologie, halieutique, physique, chimie, biogéochimie et en sédimentologie marines. Ses cadres d’exercice sont l’océan mondial, ses interfaces avec le continent, l’atmosphère et le sédiment. Le MIO compte plus de 250 personnes dont une centaine de chercheurs (CNRS, IRD) et d’enseignants-chercheurs des Universités, une soixantaine d’ingénieurs et techniciens, plus de 50 doctorants et une équipe d’administrative au service de la recherche. Le candidat (H/F) intégrera l’équipe MEB dirigée par Laurie Casalot et Benjamin Misson. Le candidat retenu (H/F) bénéficiera également d'un groupe de recherche dynamique, d'un accès à d'excellentes installations et plateformes de recherche à l'Institut méditerranéen d'océanographie et d'Aix-Marseille Université, et sera intégré dans une équipe engagée en faveur d'une intégrité scientifique élevée, d'une science ouverte et reproductible et de la promotion de l'inclusivité. Marseille est une ville abordable, dynamique et historique sur la côte méditerranéenne, avec une excellence culinaire, des expériences culturelles diverses et une grande communauté internationale. Le candidat (H/F) sera basé à l'Institut méditerranéen d'océanographie, sur le campus Luminy d'Aix-Marseille Université, en pleine nature et niché au milieu du spectaculaire parc national des Calanques.

Contraintes et risques

Voyages et travaux sur le terrain dans des environnements éloignés (glaciaires, Arctique) pour la collecte d'échantillons sur le terrain et participation à des réunions scientifiques pour la diffusion des résultats.



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