Bio informaticien

Situé dans une ville attractive, proche du bassin d’Arcachon et des Pyrénées, premier employeur de Nouvelle-Aquitaine, classé parmi les premiers au classement des CHU de France, le Centre hospitalier universitaire de Bordeaux assure ses missions de soin, de recherche, d’enseignement et de prévention au bénéfice de la population de la Métropole de Bordeaux et de sa région environnante.

Fort de 14500 agents et plus de 180 métiers, il regroupe ses activités sur trois sites hospitaliers, les groupes hospitaliers Pellegrin et Saint-André à Bordeaux et le groupe hospitalier Sud à Pessac. Etroitement liés à l'Université de Bordeaux, ils participent de manière constante à la formation médicale, chirurgicale, pharmaceutique et odontologique de la région ainsi qu'à la recherche fondamentale en liaison avec les unités INSERM et CNRS avec des nouvelles techniques innovantes.

Situé à Bordeaux, proche de Mérignac, le Groupe Hospitalier Pellegrin est le plus important des sites du CHU de Bordeaux. Il constitue un centre de soins aux compétences et équipements très étendus.

Le Groupe Hospitalier Sud est le plus récent des trois sites hospitaliers du CHU de Bordeaux. Il dispose de 4 implantations géographiques : trois à Pessac : l’hôpital Haut-Lévêque, l’hôpital Xavier Arnozan, l'EHPAD Les jardins de l'alouette ainsi que l'EHPAD de Lormont.

Le Groupe Hospitalier Saint-André est situé au cœur de la ville de Bordeaux, il regroupe l’Hôpital Saint-André, l’aîné des établissements du CHU  de Bordeaux, ainsi que le Centre Jean Abadie.

La Direction Générale, située à Talence, rassemble l’ensemble des Directions Fonctionnelles du CHU de Bordeaux.

Le laboratoire de biologie des tumeurs et d’hématologie du CHU recrute un(e) ingénieur bioinformaticien(ne) pour rejoindre une équipe multidisciplinaire dédiée au développement et à la réalisation d’analyses de biologie moléculaire dans le cadre du diagnostic, du pronostic et du suivi des patients atteints de cancer. Le travail de l’ingénieur bioinformatique sera principalement axé sur l'analyse des données de séquençage à haut débit (NGS) à partir d’ADN ou ARN nécessitant un traitement et une interprétation rigoureux des données complexes. Il/elle développera, appliquera et optimisera des outils bioinformatiques afin de traiter, analyser et interpréter ces données, tout en garantissant leur fiabilité pour une prise de décision clinique éclairée. Le candidat rejoindra un bio informaticien déjà en poste, formant ainsi une équipe dédiée à l'optimisation des analyses bioinformatiques du laboratoire (interface web, base de données, pipelines spécifiques). Il sera impliqué dans la maintenance, et veillera à la traçabilité du versioning des outils dans une démarche d’assurance qualité.

L’ingénieur devra être force de proposition pour améliorer les performances des analyses bioinformatiques, et faire preuve de rigueur et de responsabilité dans ses missions. La participation à des projets de recherche innovants, avec des applications directes en santé publique, est également une composante clé de ce poste.

Missions :

• Développer, optimiser et automatiser des pipelines bioinformatiques internes pour le traitement des données NGS.
• Analyser et interpréter les données de séquençage haut débit provenant d'échantillons tumoraux et hématologiques.
• Collaborer avec les biologistes, généticiens et cliniciens pour identifier et valider des biomarqueurs diagnostiques et pronostiques.
• Gérer les bases de données et créer des outils pour la visualisation et l'intégration des données multi-omiques (génomique, transcriptomique, épigénomique).
• Assurer la maintenance des logiciels, bases de données et pipelines bioinformatiques.
• Contribuer à la rédaction de publications scientifiques et à la diffusion des résultats.
• Gérer les ressources de calcul et de stockage en lien avec le service informatique (serveurs, machines virtuelles).
• Participer aux validations de méthodes pour l'accréditation COFRAC NF EN ISO 15189.
• Assurer une veille technologique sur les méthodes bioinformatiques et les nouvelles technologies.
• Accompagner les techniciens dans la gestion des dysfonctionnements et problèmes techniques d'équipement.
• Participer à la conception et l’élaboration des projets de recherche clinique

Formation Bac +5 en bioinformatique ou équivalent.

• Expérience en analyse de données NGS et connaissance des technologies de séquençage, principalement Illumina et Ion Torrent.
• Maîtrise des systèmes Linux et compétences avancées en programmation (Python, R, Bash).
• Bonne connaissance des étapes clés de l'analyse NGS et des principaux outils bioinformatiques (GATK, BWA, SAMtools, etc.).
• Compétences en création et gestion de bases de données (SQL).
• Sens de l'initiative, rigueur scientifique et capacité à résoudre des problèmes complexes.
• Maîtrise de l'anglais

Une première expérience dans le domaine est souhaitée, mais pas obligatoire