Chef-fe de projet ou expert-e en Ingéniérie logicielle

il y a 1 mois

Grenoble, France CNRS Temps plein

Informations générales

Ouverte aux titulaires et CDI CNRS & fonction publique
Intitulé de l'offre : Chef-fe de projet ou expert-e en Ingéniérie logicielle (LECA) H/F
Référence : UMR5553-MOBINT-Z55004
Lieu de travail : GRENOBLE
Institut : INEE - Institut d'écologie et environnement
Date de publication : vendredi 3 mai 2024
Session : Campagne Printemps 2024
Groupe de Fonction : IRG3
BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Chef-fe de projet ou expert-e en Ingéniérie logicielle

Missions

Au sein du Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), l'ingénieur-e participera aux activités de développement logiciel pour l'analyse de données génétiques produites au laboratoire depuis le recueil des besoins, la spécification, l'implémentation et les tests associés. Ces développements logiciels concerneront plus particulièrement les thématiques suivantes : établissement d'inventaires de biodiversité par ADN environnemental, annotation de métagénomes environnementaux, analyse de données de polymorphisme génétique intra ou interspécifique obtenus par RadSeq et reséquençage de génomes complets, établissement de bases de références génétiques obtenues par séquençage de génomes à faible couverture (genome skimming).
L'agent fournira également aux équipes de recherche un support en annotation de métagénomes, en phylogénie et phylogénomique et aux analyses de données associées.

Activités

- Concevoir des nouveaux logiciels et workflows pour rendre plus accessible les analyses de données génétiques, de metabarcoding et de métagénomique en y intégrant les outils logiciels issus de l'état de l'art
- Assurer une veille scientifique sur les nouvelles méthodes d'analyses de données appliquées aux données produites au laboratoire
- Concevoir de nouveaux outils d'analyses appliqués aux données produites au laboratoire et les implémenter
- Assurer la maintenance et l'évolution de logiciels et bases de données développées au laboratoire
- Encadrer des stagiaires et des ingénieur-es bioinformaticiens en CDD
- Activité transverse : animer le réseau métier CNRS en bioinformatique MERIT (Réseau MetiER en bIoinformaTique : réseau national des ingénieurs en bioinformatique des établissements d'Enseignement Supérieur et de la Recherche)

Compétences

Savoirs

- Compétences fortes en bioinformatique et en génomique
- Connaissance approfondie en génie logiciel
- Concepts et architectures du système d'information et de communication
- Anglais : communication orale et écrite (niveau B2 du cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire

- Développement informatique pour la bioinformatique (C/C++, python, R) et le web (frameworks web, javascript, CSS, html) en équipe (git, gitlab)
- Maîtrise de l'utilisation des environnements Unix/Linux (Langages de script Shell) et des clusters de calculs
- Systèmes de workflows : SnakeMake, NextFlow
- Assurer une veille technologique
- Communication : rédaction de documentations et présentations orales à destination d'un public non-informaticien
- Animation de réunions

Savoir-être

- Aptitude au travail en équipe
- Capacité d'adaptation
- Rigueur

Contexte de travail

Le Laboratoire d'Ecologie Alpine est une unité mixte de recherche multi-tutelles (CNRS, Université Grenoble Alpes, Université Savoie Mont-Blanc) situé à Saint-Martin d'Hères et au Bourget du Lac. Il compte environ 150 personnes, organisées autour d¿équipes de recherche qui travaillent sur l'observation, l'expérimentation et la modélisation afin de prédire la réponse de la biodiversité aux changements. Ce poste sera basé sur le site de Saint Martin-d'Hères.
De nombreux projets de recherche menés par les chercheurs et enseignants-chercheurs du LECA produisent et utilisent des données génétiques et génomiques. Par ailleurs, le LECA dispose du plateau technique AEEM (Analyses Environnementales et Ecologie Moléculaire) qui produit ce type de données, que ce soit dans le cadre de projets développés par des membres de l'unité, ou par l'intermédiaire de son activité eDNA au sein de la plateforme nationale AnaEE (Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes continentaux).
L'exploitation de ces données nécessite la mise au point de stratégies de traitements originales, l'utilisation d'outils spécifiques et le développement de nouvelles méthodes d'analyses. Par ailleurs, la mise à disposition de ces données demande le développement d'interfaces de consultation adossées à une modélisation et un archivage des données adaptées.
L'ingénieur-e recruté travaillera en priorité au renforcement de ces besoins en étroite collaboration avec les personnels techniques qui s'y impliquent déjà. Elle/Il intégrera la plateforme PASTIS (Plateforme d'Analyse et de Soutien Technique à l'Informatique Scientifique) comptant 4 membres (2 IR, 2 IE). La personne recrutée travaillera sous la responsabilité du directeur adjoint de l'unité.
Après une période d'adaptation, une partie des activités pourront être réalisées en télétravail, selon les besoins et nécessités de service. Ces activités seront à définir avec la direction, sous réserve de respecter la réglementation en vigueur au CNRS.

  • Chef(fe) de projet Automatisme F/H

    Il y a 2 mois

    Grenoble, France VINCI Energies en France Temps plein

    Actemium Grenoble (13M€ de CA et 70 salariés) est une entreprise experte de l’ingénierie et des réalisations des équipements industriels qui présente des offres dans le domaine de l’hydroélectricité, des énergies nouvelles renouvelables et des gaz (Biogaz et Hydrogène).  Pour assurer son développement, Actemium Grenoble , recherche...

  • Chef(fe) de projet Automatisme F/H

    il y a 2 jours

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  • Chef-fe de projet études électriques F/H

    il y a 1 jour

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    il y a 6 jours

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    il y a 2 semaines

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    UPERGY est une entreprise lyonnaise spécialisée dans la vente de solutions d'énergie autonome, telles que les piles, batteries et chargeurs. De dimension internationale, le groupe s’adresse à la fois à des particuliers via son enseigne « 1001 Piles Batteries » qu’à des professionnels. UPERGY est leader de son secteur et compte environ 300...

  • Chef-fe de Cuisine

    il y a 1 mois

    Grenoble, France Mille et un repas Temps plein

    Mille et Un Repas société indépendante de « Gastronomie Collective®» est la seule entreprise de restauration associant la qualité et la créativité des plats et des menus à une démarche citoyenne symbolisée par l'Eco - Responsabilité et le «Zéro Gaspil'®». Nous nous engageons à établir une relation durable et raisonnable avec les clients et...

  • Chef-fe de projet études électriques F/H

    Il y a 2 mois

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  • Chef-fe de projet études électriques F/H

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  • Chef-Fe de Projet Coordination de la Politique Achat. H/F

    il y a 6 jours

    GRENOBLE, France HLM Temps plein

    Sous l'autorité de la responsable coordination, le- la chef-fe de projet coordination de la politique achat devra, en lien avec les directeurs ou responsables des 3 OPH et leurs équipes, piloter la politique achat de la Scerea.Au bénéfice des trois OPH, il s'agira de mettre en commun des techniques et processus achat, développer des compétences...

  • Chef(fe) de mission en Expertise-Comptable H/F

    il y a 2 semaines

    Grenoble, France BEHIVE Temps plein

    Poste : Notre client, est un cabinet d'Audit et Expertise-Comptable de la région, offrant des conditions de travail exemplaire en priorisant le bien-être de ses collaborateurs. Il recherche aujourd'hui un(e) Chef(fe) de mission Expertise-comptable (F/H) au bureau de Grenoble (38).     Descriptif du poste :   Rattaché(e)...

  • Chef(fe) de projet expérimenté(e)

    il y a 2 semaines

    Grenoble, France EFOR Temps plein

    Fondé en 2013, le groupe EFOR a su se positionner en 10 ans comme l'acteur européen de référence du conseil spécialisé en Life Sciences.Avec plus de 2000 collaborateurs répartis au sein de 19 agences en France, Belgique, Suisse et aux USA, nous mettons l'ensemble de nos expertises et méthodes au service de nos clients afin de sécuriser la mise et le...

  • Chef(fe) de projet expérimenté(e)

    il y a 2 semaines

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  • Chef(fe) de projet expérimenté(e)

    il y a 2 jours

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  • Chef(fe) de projet expérimenté(e)

    il y a 2 jours

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  • Chef(fe) de projet expérimenté(e)

    il y a 1 jour

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    Fondé en 2013, le groupe EFOR a su se positionner en 10 ans comme l'acteur européen de référence du conseil spécialisé en Life Sciences.Avec plus de 2000 collaborateurs répartis au sein de 19 agences en France, Belgique, Suisse et aux USA, nous mettons l'ensemble de nos expertises et méthodes au service de nos clients afin de sécuriser la mise et le...

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    il y a 3 semaines

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  • Chef de Projet Data/Digital

    Il y a 2 mois

    Grenoble, France Orange Business Services Temps plein

    about the role Vous rejoignez notre toute récente agence data "Nouvelles données citoyennes" qui s'est constituée à travers nos agences de Lyon et Grenoble. En tant que Chef(fe) de Projet Data / Digital, vous serez amené(e) à: Animer la relation client, Être garant(e) dans les différentes étapes de conception, développement, tests,...

  • Chef de Projet Data/Digital

    il y a 2 jours

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  • Chef de Mission en Expertise-Comptable H/F

    il y a 6 jours

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