Postdoc bioinformatique: nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer

il y a 3 semaines

GifsurYvette, France CNRS Temps plein

Informations générales

Intitulé de l'offre : Postdoc bioinformatique: nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer (H/F)
Référence : UMR9198-DANGAU-005
Nombre de Postes : 2
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : vendredi 6 septembre 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 3081 et 3519€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant

Missions

Mettre en place et exploiter des outils permettant d'identifier, dans de grands jeux de données tumorales et de lignées cellulaires, des séquences d’ARN répondant à des critères d'expression spécifiques. Contribuer à la constitution de grands index de données RNA-seq cancer/normal qui seront utilisés par la communauté scientifique.

Activités

Développement, déploiement et utilisation de pipelines d'analyse RNA-seq utilisant des méthodes par k-mer.
Si profil "méthodologique": contribution à la conception et à l'optimisation des outils.
Si profil "biologiste": curation des métadonnées RNA-seq, analyse fonctionnelle des listes d'ARN tumeur-specifiques
Dans tous les cas: rédaction de publications scientifiques dans des revues de bioinformatique ou d'onco-génomique.

Compétences

Nous accueillons des candidats avec deux types de profil :
- soit un profil plutot méthodologique, avec une compétence forte en développement informatique (C++, Rust) pour participer à l'amélioration des outils en partenariat avec les collaborateurs informaciens.
- soit un profil plutot bioinformaticien/biologiste, avec une compétence forte dans la transcriptomique/génomique des cancers et l'envie de répondre à des questions de biologie des cancer en profitant de la puissance statistique permise par les grandes bases de données.
Dans tous les cas, un ensemble de compétence de base est attendu:
- Maîtrise des concepts de base de bioinformatique/analyse de séquence, analyse de données RNA-seq
- Connaissance des langages Python, Shell et R
- Bonnes pratiques en bioinformatique
- Savoir travailler sur cluster de calcul

Contexte de travail

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à 25km de Paris (Gif sur Yvette), comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle, une plateforme bioinformatique et un centre de calcul performant. Notre équipe (Séquence, Structure et Fonction des ARN) est composée d'une dizaine de chercheurs, ingénieurs et doctorants, intéressés par les ARN non-codants ou mal codants, particulièrement dans le cancer. Le coeur de notre métier est le data mining dans les grandes bases de données RNA-seq. Nous collaborons avec des informaticiens spécialistes des structures de données et avec des biologistes moléculaires et des médecins oncologues. Avec ces partenaires, nous avons obtenu plusieurs financements pour utiliser des méthodes à base de k-mer afin de réaliser de vastes index de données RNA-seq de tissus cancéreux et normaux, et d'exploiter ces outils pour identifier des ARN spécifiques des tumeurs et des ARN de valeur pronostique ou diagnostique. Les postdoctorants recrutés travailleront pour ce projet.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

  • Postdoctorant en bioinformatique

    il y a 2 jours

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Postdoctorant en bioinformatiqueContexteL'I2BC est un institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à Gif sur Yvette, comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle, une plateforme bioinformatique et un centre de calcul performant.MissionsLe postdoctorant recruté travaillera sur le projet de développement de méthodes d'analyse d'ARN...

  • Postdoctorant en bioinformatique

    il y a 1 semaine

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Détails de l'offreType de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 24 moisQuotité de travail : Temps completRémunération : entre 3081 et 3519€ bruts mensuels selon expérienceNiveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)Expérience souhaitée : IndifférentSection(s) CN : Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences...

  • Postdoctorant en bioinformatique

    il y a 2 semaines

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Poste de Postdoctorant en BioinformatiqueContexteL'I2BC, un institut de biologie moléculaire et cellulaire, recherche un postdoctorant en bioinformatique pour rejoindre son équipe de recherche. Cette équipe est spécialisée dans l'analyse de séquences d'ARN et leur rôle dans le cancer.MissionsMettre en place et exploiter des outils permettant...

  • Postdoctorant en bioinformatique

    il y a 2 semaines

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Poste de Postdoctorant en BioinformatiqueContexteL'I2BC, un institut de biologie moléculaire et cellulaire, recherche un postdoctorant en bioinformatique pour rejoindre son équipe de recherche. Cette équipe est spécialisée dans l'analyse de séquences d'ARN et leur rôle dans le cancer.MissionsMettre en place et exploiter des outils permettant...

  • Thèse financée

    il y a 2 semaines

    Gif-sur-Yvette, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Thèse financée (H/F): nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer Référence : UMR9198-DANGAU-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : GIF SUR YVETTE Date de publication : vendredi 6 septembre 2024 Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral Durée du contrat : 36...

  • Postdoctorant en bioinformatique

    il y a 1 mois

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

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  • Doctorat financé en bioinformatique

    il y a 1 mois

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France SFBI Temps plein

    Doctorat financé en bioinformatique : exploration des ARN pour la recherche sur le cancer Type de contrat : CDD·Thèse·36 mois Niveau requis : Bac+5 / Master Rémunération : 2300€ brut mensuel Le transcriptome associé au cancer révèle une vaste diversité de molécules encore partiellement explorées. Notre laboratoire se consacre à la...

  • Doctorat financé en bioinformatique: exploration des ARN pour la recherche sur le cancer

    il y a 1 mois

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France SFBI Temps plein

    Doctorat financé en bioinformatique: exploration des ARN pour la recherche sur le cancer CDD·Thèse·36 mois Bac+5 / Master I2BC, SFBI Contexte scientifique Le transcriptome lié au cancer présente une vaste diversité de molécules encore peu explorées. Notre laboratoire s'engage dans le développement d'outils et de bases de données...

  • Chercheur postdoctoral en bioinformatique pour l'analyse avancée de l'ARN

    il y a 1 mois

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Chercheur postdoctoral en bioinformatique pour l'analyse avancée de l'ARN (H/F) Référence : UMR9198-DANGAU-005 Nombre de Postes : 2 Type de contrat : CDD Scientifique Durée du contrat : 24 mois Quotité de travail : Temps complet Rémunération : entre 3081 et 3519€ bruts mensuels selon expérience ...

  • Bioinformaticien postdoctoral

    il y a 2 semaines

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Contexte de l'offreL'I2BC, un institut de biologie moléculaire et cellulaire du CNRS, recherche un postdoctorant pour rejoindre son équipe de biologie computationnelle. Cette équipe est spécialisée dans l'analyse de données RNA-seq pour identifier des séquences d'ARN spécifiques dans les données tumorales.MissionsLe postdoctorant sera chargé de...

  • Rechercheur en bioinformatique pour le développement d'outils et de bases de données pour l'analyse du transcriptome du cancer

    il y a 1 semaine

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France SFBI Temps plein

    Offre de rechercheL'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) de l'Université Paris-Saclay recherche un(e) chercheur(e) en bioinformatique pour rejoindre son équipe de recherche.ContexteLe transcriptome du cancer représente une immense diversité de molécules qui commence à peine à être cartographiée. Notre équipe développe des...

  • Rechercheur en bioinformatique pour développer des outils et bases de données pour l'analyse de transcriptome du cancer

    il y a 1 semaine

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France SFBI Temps plein

    Offre de rechercheur en bioinformatiqueContexte scientifiqueL'analyse de transcriptome du cancer représente un domaine en pleine expansion, avec une immense diversité de molécules qui commence à peine à être cartographiée. Notre équipe de recherche à l'I2BC, un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire, développe des outils et bases de...

  • Rechercheur en bioinformatique pour thèse financée

    il y a 1 semaine

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Offre de thèseL'I2BC, un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire, recherche un(e) étudiant(e) bioinformaticien(ne) motivé(e) pour une thèse financée dans le domaine de l'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer.Contexte de travailL'I2BC est un institut de recherche de renommée internationale, situé à Gif sur Yvette, près de...

  • Postdoctorant en biologie computationnelle

    il y a 2 semaines

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Poste de Postdoctorant en BioinformatiqueContexteL'I2BC, un institut de biologie moléculaire et cellulaire, recherche un postdoctorant en bioinformatique pour rejoindre son équipe de recherche. Cette équipe est spécialisée dans l'analyse de séquences d'ARN et leur rôle dans le cancer.MissionsMettre en place et exploiter des outils pour identifier des...

  • Thèse Financée

    il y a 3 semaines

    Gif-sur-Yvette, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 27 septembre 2024 23:59:00 heure de Paris **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Thèse financée (H/F): nouvelles méthodes d'analyse d'ARN à grande échelle pour le cancer** Référence : UMR9198-DANGAU-006 Nombre de Postes :...

  • Rechercheur en bioinformatique

    il y a 2 jours

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Informations généralesTitre de l'offre : Rechercheur en bioinformatique pour l'analyse de données de transcriptome du cancerContexte de travailL'I2BC est un institut de biologie moléculaire et cellulaire situé à Gif sur Yvette, comprenant plusieurs équipes de biologie computationnelle et une plateforme bioinformatique. Notre équipe travaille à...

  • Ingénieur en bioinformatique spécialisé dans l'analyse de données unicellulaires

    il y a 1 mois

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Portail des Offres Ingénieur en bioinformatique spécialisé dans l'analyse de données unicellulaires Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur en bioinformatique spécialisé dans l'analyse de données unicellulaires Référence : UMR9198-CELHER-003 Nombre de Postes : 1 Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat...

  • Ingénieur en bioinformatique pour l’analyse de données en cellule unique

    Il y a 3 mois

    Gif-sur-Yvette, France CNRS Temps plein

    Informations générales Intitulé de l'offre : Ingénieur en bioinformatique pour l’analyse de données en cellule unique (procaryotes) et le traitement de données de séquençage (H/F) Référence : UMR9198-CELHER-003 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : GIF SUR YVETTE Date de publication : lundi 24 juin 2024 Type de contrat : CDD...

  • Ingénieur de recherche en Génomique évolutive des Insectes H/F

    il y a 1 semaine

    Gif-sur-Yvette, Île-de-France CNRS Temps plein

    Informations générales Titre de l'offre : Ingénieur de recherche en Génomique évolutive des Insectes H/F Type de contrat : CDD Technique/Administratif Durée du contrat : 36 mois Quotité de travail : Temps complet Rémunération : entre 2932€ et 3620€ bruts mensuels selon expérience Niveau d'études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus) ...

  • Ingénieur développeur MLOps en bioinformatique

    il y a 5 jours

    Nort-sur-Erdre, Pays de la Loire, France CNRS Temps plein

    Présentation du posteL'ingénieur développeur MLOps en bioinformatique rejoindra l'équipe de la plateforme GenOuest, rattachée au laboratoire de recherche informatique IRISA à Rennes. La plateforme GenOuest est membre de l'Institut Français de Bioinformatique et offre ses services à une large communauté de plus de 800...