Ingénieur d'études en analyse des données NGS et reséquençage H/F

REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE
Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.
Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.
Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.
Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.
Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.

• Offre d'emploi d'Université Paris Cité, UAR 3633 Structure fédérative de recherche Necker (SFR Necker)
• Référence de l'offre : 21238
• Cadre de l'offre d'emploi Catégorie A Personnel non enseignant (BIATSS) BAP A - Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement Corps IGE RF - INGENIEUR D'ETUDES (RECH ET FORM)
• Emploi-type REFERENS Ingénieur-e biologiste en traitement de données
• Date de publication 16/09/2026
• Date souhaitée de prise de fonction 01/12/2026
• Localisation ou site du poste Paris 15 (75015)
• Zone à Régime Restrictif Non
• Susceptible d’être vacant Oui

RÉSUMÉ DU POSTE

• Gérer les données en provenance des plateformes de séquençage.
• Veiller à la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses réalisées.
• Assurer le lien avec la plateforme génomique de la SFR Necker et de l’institut Imagine.
• Participer à l’évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l’analyse des données génomiques

PRÉSENTATION DE LA DIRECTION/STRUCTURE D'ACCUEIL DU POSTE

La Structure Fédérative de Recherche (SFR) Necker est une unité mixte de services, reconnue par trois tutelles, l’Université Paris Cité, l’Inserm, et le CNRS. La SFR Necker a pour mission de développer et d'optimiser les plateformes technologiques et de contribuer à l’animation scientifique du site Necker. Elle est au service des équipes de recherche du site Necker mais est également ouverte aux équipes externes.

DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS

• Suivi opérationnel des projets de reséquençage. Lancement des pipelines d’analyse et contrôle qualité des données.
• Préparation, structuration et intégration des données dans les bases de données de la plateforme.
• Collaboration avec les différentes plateformes et les utilisateurs pour répondre efficacement aux besoins et fluidifier les process.
• Documentation des analyses et gestion de la traçabilité.
• Participation à la formation des utilisateurs et à la diffusion des bonnes pratiques.
• Participation à des réunions, formations, congrès et groupes de travail.
• Veille scientifique et technologique sur les technologies de séquençage et d’analyse bioinformatique.

Encadrement Non Conditions particulières d'exercice Respect de délais contraints pour certains projets prioritaires ou à caractère diagnostique

Connaissances

• Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.
• Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).
• Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.
• Environnements de calcul haute performance (HPC).
• Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.
• Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle
• Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…
• Anglais scientifique et technique

Savoir-faire - Compétences opérationnelles

• Connaissance des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.
• Connaissance des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read.
• Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.
• Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.
• Connaissance