Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS F/H (CDD)

Le Centre de recherche de l'Institut Curie

Vérifiez ci-dessous si vous avez ce qu'il faut pour cette opportunité, et si c'est le cas, envoyez votre candidature dès que possible.

Premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, l'Institut Curie associe un centre de recherche de renommée internationale et un hôpital de pointe. Il offre un environnement d'excellence, où les expertises se mêlent autour de valeurs communes : bienveillance, humanité, ouverture, partage, efficacité, innovation, solidarité et engagement.

Laboratoire - Service

L'équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l'unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l'Institut Curie.

Le poste s'inscrit dans le projet ATTILAS (Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas), financé par l'ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l'intégration d'analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d'un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l'équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l'Institut Curie.

Missions

Description des activités

Analyse transcriptomique

• Analyser les données RNA-seq bulk : contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
• Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l'équipe.
• Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq : annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
• Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.

Biostatistique et biomarqueurs

• Corréler profils moléculaires et données cliniques à l'aide de modèles statistiques adaptés
• Optimiser et valider des signatures pronostiques.
• Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.

Gestion des données et valorisation

• Développer des pipelines reproductibles et documentés.
• Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
• Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
• Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.

Spécificités du poste

- Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.

Formation et expérience

• Niveau et diplômes : Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistique, science des données ou discipline connexe ; ou doctorat dans l'un de ces domaines, en analyse transcriptomique
• Expérience professionnelle : au moins 2 ans d'expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit. Expérience documentée du scRNA-seq
• Connaissances attendues : RNA-seq bulk et en cellule unique, de la donnée brute à l'interprétation biologique ; méthodes d'intégration et de correction des effets de lot ; statistiques appliquées à la survie, analyses d'enrichissement fonctionnel. Connaissance de la biologie du cancer
• Atouts : déconvolution cellulaire, inférence de communication intercellulaire, analyse de données spatiales, exploitation de données de nombre de copies

Compétences et qualités requises

• Compétences informatiques : maîtrise de R, Python, bash et de l'environnement Unix ; usage courant de Git ; travail sur cluster de calcul (SLURM) ; gestionnaires de workflow (Nextflow ) et environnements reproductibles (conda, Docker, Singularity)
• Compétences linguistiques : anglais scientifique écrit et oral courant, indispensable
• Aptitudes : rigueur méthodologique et sens de la reproductibilité, autonomie dans la conduite des analyses, esprit critique sur la robustesse des résultats, capacité à dialoguer avec des biologistes et des cliniciens et à restituer des analyses complexes de façon accessible, goût du travail collaboratif

Fidèle à l'héritage de sa fondatrice, l'Institut Curie est pleinement engagé en faveur de l'égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. Nous invitons toutes et tous à postuler à nos offres. xuezdbg Nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de h