Cdd Doctorantmodélisation Et Simulation Des
il y a 3 semaines
Cette offre est disponible dans les langues suivantes:
Date Limite Candidature : lundi 31 juillet 2023
**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:CDD DoctorantModélisation et simulation des glycolipides microbiens et leurs interactions avec les protéines membranaires H/F**
Référence : UMR9198-MASMAR-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 10 juillet 2023
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel
Section(s) CN : Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant
**Description du sujet de thèse**:
Ce projet de thèse porte sur la simulation et la modélisation moléculaire des membranes glycolipidiques microbiennes et leur association et solubilisation des protéines membranaires. Les glycolipides sont des constituants abondants des membranes biologiques, où ils sont connus pour être impliqués dans la séparation des phases latérales des lipides résultant, par exemple, d'un enrichissement local en protéines ancrées à la membrane, d'un bourgeonnement préférentiel de la membrane ou d'une attractivité sélective des ions.
En particulier, l'équipe s'interesse aux glycolipides microbiens (MG), qui sont des amphiphiles glycosylés biocompatibles biodégradables, non toxiques et riches en glucides (également appelés biosurfactants). Ces types de lipides n'ont pas été bien étudiés, que ce soit avec une approche expérimentale ou théorique.
Pour cette thèse, le doctorant travaillera en étroite coordination avec des laboratoires expérimentaux pour étudier les propriétés structurelles et mécanistes de quelques MG, telles que leur structure membranaire interdigitée, l'épaisseur du groupe de tête/hydrophobe, l'homogénéité de la distribution des groupes de tête glucose et carboxyle des MG et ses conformations de chaîne alkyle et son hydratation. Pour y parvenir, nous prévoyons d'utiliser des codes de dynamique moléculaire et de modélisation couramment disponibles, tels que les gromacs, à utiliser dans des installations de calcul à haute performance.
**Contexte de travail**:
Le contrat est à pourvoir au sein de l'Equipe Laboratoire Bioénergétique Membranaire et Stress - CEA SACLAY - CNRS - UNIVERSITÉ PARIS SACLAY qui partie de l'Institut de Biologie Cellulaire Intégrative (I2BC), créé le 1er janvier 2015 (UMR 9198, CEA/CNRS/Paris Saclay).
Les approches combinant la biochimie, la biologie moléculaire et la génétique ainsi que les méthodes structurales et spectroscopiques sont largement utilisées. Cette combinaison de techniques peut fournir des informations sur un large éventail d'échelles différentes. À l'échelle atomique, les spectroscopies d'absorption EPR, Raman et infrarouge fournissent des informations sur la structure détaillée des sites actifs des protéines et sur la manière dont cette structure est liée à la fonction des protéines. Des techniques résolues dans le temps peuvent être utilisées pour déterminer les voies de réaction dans ces sites actifs.
A l'échelle moléculaire, la structure de la protéine et des surfaces d'interaction nécessaires à la formation de complexes actifs peut être obtenue par spectroscopie RMN et cristallographie.
A l'échelle multi-moléculaire ou cellulaire, l'étude de la composition, de la structure et de la dynamique d'assemblages protéiques multi-sous-unités apporte des informations sur la régulation de processus complexes in vivo.
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