Rôles Et Impacts Des Bactéries Ferroxydantes Dans

il y a 2 semaines

Rennes, France CNRS Temps plein

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Date Limite Candidature : vendredi 15 mars 2024

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Rôles et impacts des bactéries ferroxydantes dans la dynamique de la zone critique profonde (H/F)**
Référence : UMR6251-HERTAB-008
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : vendredi 23 février 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 17 mois
Date d'embauche prévue : 18 mars 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 905 € à 4 533 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Surface continentale et interfaces

**Missions**:
Dans le cadre du projet ANR IRONSTONE, la personne recrutée sera chargée de caractériser expérimentalement l’activité métabolique des bactéries oxydant le fer (Fe-Oxidizing Bacteria, FeOB) et les flux biogéochimiques (Fe, C, N, S) qui en résultent dans un aquifère de socle fracturé. Il ou elle mettra en œuvre, seul.e ou de manière collaborative, des approches de microbiologie (culture d'isolats de FeOB, enrichissements de consortia microbiens prélevés en aquifère fracturé et enrichis), du marquage isotopique, des approches de génomique environnementale (métagénomique et métatranscriptomique), des suivis géochimiques et minéralogiques impliquant des approches de microimagerie de haute résolution ainsi que des modélisations thermodynamiques. Les résultats obtenus permettront de mieux comprendre les relations entre les circulations hydrologiques, les dynamiques microbiennes profondes et le fonctionnement biogéochimique de la zone critique.

**Activités**:

- Caractériser les taux de transformation du Fe, C, N (et éléments associés) par les populations de bactéries oxydantes du fer en relation avec l'évolution des conditions environnementales.
- Déterminer les processus microbiens et les taux de production de biomasse et de transformation du Fe lors du passage en conditions anoxiques suite la prolifération des bactéries ferroxydantes.
- Identifier de nouveaux marqueurs microbiens (gènes clés des voies métaboliques, gènes impliqués dans l'adaptation aux conditions microaérobies) indicateurs de changements dans les conditions environnementales.

**Compétences**:

- Bonne maitrise des approches et méthodologies de microbiologie dépendantes de la culture
- Connaissances solides de la biologie et de l'écologie des microorganismes procaryotes
- Compétences en bioinformatique / bioanalyse pour l'étude des génomes et transcriptomes de microorganismes isolés en culture ou présents dans des communautés complexes
- Bonnes connaissances des outils et méthodes de biologie moléculaire appliqués à la microbiologie
- Connaissances des outils et méthodes de géochimie et d'isotopie appliqués à l'environnement
- Autonomie, rigueur, sens de l'organisation, aptitude au travail en équipe avec des interlocuteurs multiples et variés.

**Contexte de travail**:
Ce poste est proposé dans le cadre du programme de recherche interdisciplinaire IRONSTONE financé par l’Agence Nationale de la Recherche sur la période 2021-2025. Les travaux récents sur la subsurface ont révélé l’importance et la portée potentiellement globale de la biomasse microbienne souterraine. Toutefois, les processus biogéochimiques régulés par l’activité des micro-organismes dans ces environnements et l’impact de ces processus sur la qualité de la ressource en eau, l’altération des roches ou les échanges de gaz à effet de serre entre la subsurface et l’atmosphère restent à ce jour peu contraints. Fort de ce constat, le programme IRONSTONE explore, de l'échelle microscopique à celle de la zone critique, la manière dont les hétérogénéités spatiales et la variation temporelle des conditions environnementales dans les aquifères fracturés affectent la dynamique microbienne, la cinétique des réactions catalysées par les microorganismes, et les flux élémentaires associés. Le projet utilise comme modèle d'étude principal les bactéries oxydant le fer (FeOB). Ces FeOB utilisent l’oxydation du fer ferreux notamment dissous dans l’eau pour obtenir l’énergie nécessaire à leur métabolisme et leur croissance. Elles sont autotrophes et peuvent excréter du carbone organique (sous forme de fibrilles minéralo-organiques de très grande taille) en quantité importante lorsqu’elles se trouvent dans des environnements microaérobies riches en fer. Ainsi, le développement des FeOB dans la subsurface est très dépendant des gradients redox et des déséquilibres chimiques associés aux circulations d’eau souterraine. Plus précisément, la distribution spatiale et temporelle des FeOB est contrôlée par la possibilité de mélange entre de l’eau souterraine riche en oxygène et des fluides anoxiques p

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