Doctorant (F/H) Thèse : Enrichissement Sémantique
il y a 4 semaines
**Type de contrat **:CDD
**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent
**Fonction **:Doctorant
**Niveau d'expérience souhaité **:Jeune diplômé
**A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**:
Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des neuf centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique.
**Contexte et atouts du poste**:
Les données génomiques permettent des avancées cruciales en médecine, écologie, surveillance des océans et agronomie. Une limitation majeure est qu'il est impossible de consulter l'intégralité de ces données (pétaoctets de séquences).
L'idée centrale d'OmicFinder est de construire un index de petits mots exacts présents dans des millions de jeux de données, afin qu'une requête basée sur cet index renvoie la liste des jeux de données contenant (au moins) une séquence comportant ce mot. Cela correspond à l'aspect syntaxique de la résolution des requêtes. Cette thèse de doctorat se concentre sur la création et l'exploitation d'une couche sémantique supplémentaire basée sur les métadonnées décrivant les jeux de données.
**Mission confiée**:
La thèse portera sur:
des **Requêtes intelligentes** : Tout d'abord, cela permettra aux utilisateurs de spécifier des critères de pertinence _a priori_ qui réduiront le bruit et amélioreront les performances. Par exemple, cela permettra à un utilisateur de spécifier qu'il s'intéresse au microbiome intestinal humain, de sorte que les jeux de données contenant des séquences correspondant au mot, mais obtenus lors d'une expédition océanique Tara, puissent être ignorés. Encore mieux, OmicFinder n'orientera même pas cette requête vers le dépôt Tara, évitant ainsi des calculs inutiles. Notez que nous souhaitons prendre en charge plusieurs niveaux de granularité afin de se concentrer sur le microbiome intestinal des mammifères, ou plus spécifiquement sur le microbiome intestinal des mammifères omnivores.
des **Réponses intelligentes** : Ensuite, cela permettra au moteur de requêtes d'OmicFinder de fournir une caractérisation _a posteriori_ des jeux de données, similaire aux analyses d'enrichissement classiques. Par exemple, on pourrait comparer les fréquences des annotations dans les jeux de données retournés par la requête avec les fréquences des mêmes annotations dans l'ensemble des jeux de données, ou parmi les jeux de données qui correspondent aux critères sémantiques. Par exemple, on pourrait découvrir que les jeux de données retournés par une requête sur un mot particulier dans les jeux de données liés au microbiome intestinal humain sont enrichis en maladies liées au foie par rapport aux jeux de données liés au microbiome intestinal humain en général.
**Principales activités**:
Les contributions de cette thèse porteront sur:
- la **création d'un index sémantique des jeux de données**. Cela nécessitera de récupérer les métadonnées des principaux dépôts de jeux de données et de les représenter dans un schéma unifié, basé sur des technologies du Web sémantique telles que RDF, RDFS+OWL et bioschemas.
- La **comparaison du compromis entre un stockage centralisé et décentralisé des annotations sémantiques** en termes de simplicité de mise en œuvre, d'impact sur les performances et de scalabilité.
- la **capacité des utilisateurs à exprimer des requêtes sémantiquement riches**. Cela reposera sur SPARQL pour représenter les requêtes, mais nécessitera une interface utilisateur adéquate.
- la **capacité à décrire et caractériser les résultats des requêtes**.
**Compétences**:
Compétences techniques et niveau requis : Programmation (Python ou Java)
Langues : Français ou Anglais
Compétences additionnelles appréciées : Semantic Web
**Avantages**:
- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Possibilité de télétravail à hauteur de 90 jours annuels
- Prise en charge partielle du coût de la mutuelle
**Rémunération**:
Salaire mensuel brut de 2 100 € les deux premières années et 2 190 € la troisième
**Informations générales**:
- **Thème/Domaine**: Biologie numérique
Systèmes d'information (BAP E)
- **Ville**: Rennes
- **Centre Inria**: Centre Inria de l'Université de Rennes
- **Date de prise de fonction souhaitée**: 2024-10-01
- **Durée de contrat**: 3 ans
- **Date limite pour postuler**: 2024-11-03
**Consignes pour postuler**:
Merci de déposer en ligne CV, lettre de motivation et éventuelles recommandations
**Sécurité défense**:
Ce poste est susceptible d’êtr
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Ingénieur Knowledge Graph H/F
il y a 3 semaines
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il y a 3 semaines
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Assistant de La Vie Doctorale
Il y a 3 mois
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il y a 7 jours
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Rennes, Bretagne, France P&H Hönes GmbH Temps pleinIngénieur Commercial H/F en CDI à Rennes **Mission** En tant qu'Ingénieur Commercial H/F, vous serez rattaché à la Direction Commerciale et chargé de développer et de faire vivre votre portefeuille client à travers des actions de prospection et l'ouverture de nouveaux comptes. **Compétences requises** * Développer et enrichir votre...
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Ingénieur en graphes de connaissances H/F
il y a 1 mois
Rennes, Bretagne, France HELLOWORK Temps pleinPrésentation du posteAu sein de notre équipe Référentiel, vous aurez pour mission principale la modélisation et la structuration des connaissances dans le secteur de l'emploi, des métiers et de la formation.Nous développons des référentiels qui consistent à définir des concepts et les relations sémantiques qui les unissent. Ces savoirs sont...
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Data Engineer
Il y a 4 mois
Rennes, France GROUPE VALEOR Temps plein**Société**: CDI - 39h - Rennes Melesse **La team** Pauline, passionnée par le développement de la data au sein du groupe, c'est la Data Analyst. Qu'est-ce qu'on entend par Data Engineering chez Valeor ? **Extraction des données** Chez Valeor, le rôle du Data Engineer commence dès l’extraction des données depuis un système tiers vers notre...
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Lead Developer Front
Il y a 3 mois
Rennes, France Coexya Temps pleinLead développeur front - F/H Contrat : CDI Lieu : Rennes, télétravail possible (hybride) Salaire : 40/46 K selon profil **CONTEXTE** Afin de renforcer son pôle de valorisation de données, notre entité Search & Sémantique recherche un **Lead développeur front** F/H. L'équipe Search & Sémantique c'est: - Une entité de 40 personnes et une...
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Ingénieur en graphes de connaissances H/F
il y a 1 mois
Rennes, Bretagne, France HELLOWORK Temps pleinPrésentation du poste et Missions Au sein de notre équipe Référentiel, notre objectif est de modéliser et représenter les connaissances dans les domaines de l'emploi, des métiers et de la formation. Nous développons des référentiels, ce qui implique de définir des concepts et d'établir les relations sémantiques qui les unissent. Ces...
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Rennes, Bretagne, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMissionEn tant qu'Ingénieur Commercial H/F en CDI à Rennes, vous serez rattaché à la Direction Commerciale et chargé de développer, enrichir et faire vivre votre portefeuille client à travers des actions de prospection et l'ouverture de nouveaux comptes.Compétences requisesDévelopper et enrichir le portefeuille clientAccompagner les clients...
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Ingénieur Commercial H/F
il y a 1 semaine
Rennes, Bretagne, France P&H Hönes GmbH Temps pleinIngénieur Commercial H/FRattaché à la Direction Commerciale, vous serez chargé de développer et de faire vivre votre portefeuille client à travers des actions de prospection et l'ouverture de nouveaux comptes.Missions PrincipalesDévelopper et enrichir votre portefeuille clientAccompagner les clients tout au long des projetsParticiper à la conception...
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Ingénieur Commercial H/F
il y a 1 semaine
Rennes, Bretagne, France P&H Hönes GmbH Temps pleinUn Défi Excitant pour un Ingénieur Commercial H/FRattaché à la Direction Commerciale, vous serez chargé de développer et de faire vivre votre portefeuille client à travers des actions de prospection et l'ouverture de nouveaux comptes.Missions PrincipalesDévelopper et enrichir votre portefeuille clientAccompagner les clients tout au long des...
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il y a 2 semaines
Rennes, Bretagne, France HELLOWORK Temps pleinMissionNos équipes Référentiel ont pour mission de représenter les connaissances dans le domaine de l'emploi, des métiers et de la formation. Nous créons des référentiels qui définissent des concepts et les liens sémantiques entre eux. Ces connaissances sont organisées dans des graphes sémantiques qui vont de la liste contrôlée au thésaurus...
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Ingénieur en graphes de connaissances H/F
il y a 1 mois
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Business Analyst
Il y a 3 mois
Rennes, France Coexya Temps pleinBusiness analyst F/H Contrat : CDI Lieu : Rennes Salaire : 38/45 K€ selon profil **CONTEXTE** Afin de renforcer son pôle de valorisation de données, notre entité Search & Sémantique recherche un **business analyst** F/H. L'équipe search & sémantique c'est: - Une entité de 40 personnes et une expertise de 15 ans de développement ; - Des...
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il y a 3 semaines
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