Doctorant (F/H) Limitation de La Taille Des

il y a 3 semaines

Rennes, France Inria Temps plein

**Type de contrat **:CDD

**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent

**Fonction **:Doctorant

**Niveau d'expérience souhaité **:Jeune diplômé

**A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**:
Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des neuf centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique.

**Contexte et atouts du poste**:
Cette thèse s'inscrit dans le PEPR "AgroEcologie Numérique". Elle sera encadrée par l'équipe GenScale. Le travail se fera de concert avec les membres du PEPR, en particulier du "flagship AgroDiv".

Pour faire face aux contraintes du changement climatique, tout en répondant aux objectifs de l’agroécologie, ce groupe, principalement composé de biologistes et de bio-analyses, a pour ambition de caractériser efficacement la diversité génétique inexploitée, stockée et disponible dans les collections. Il s'agit de 20476 espèces animales (lapin, abeille, truite, poulet, porc, chèvre, mouton, bovins ) et de 7466 espèces végétales (blé, maïs, tournesol melon, choux, navet, abricotier, pois, fèverole, luzerne, tomate aubergines, pommier, cerisier, pêcher, vigne ) majeures de l’Agriculture Française.

Ce poste s'inscrit dans l'un des axes de recherche de ce groupe, consistant à développer des moteurs de recherche conviviaux pour filtrer rapidement et efficacement les données des collections et des essais sur le terrain afin d'évaluer « fonctionnellement » les accessions ou les populations d'intérêt.

**Mission confiée**:
**Objectifs de la thèse et méthodes**:
Les moteurs de recherches actuels permettant de faire des requêtes sur des données génomiques sont principalement basés sur la notion de k-mers (mots de taille k). Il est nécessaire d'indexer les k-mers de tous les jeux de données que l'on souhaite pouvoir requêter.

Les meilleurs index actuels [1] nécessitent environ 10 à 15% de la taille des données brutes. Il est nécessaire de réduire leur taille afin de pouvoir indexer des données à l'échelle généralisée, atteignant plusieurs pétaoctets.

Les directions de recherches seront alors pleinement consacrées à cette réduction.
- possibilité d'organiser les données pour mieux compresser les indexes [2]
- possibilité de ne pas indexer tous les k-mers, au prix de résultats déteriorés [3]
- possiblité de proposer de nouvelles structures de données, avec une compression intrinsèque des données de jeux de séquences similaires
- etc...

**Objectifs**
La doctorante ou le doctorant aura pour mission d'explorer de nouvelles approches permettant d'améliorer les résultats existants en terme d'indexation de données génomiques. Il pourra s'agir d'une ou plusieurs contributions majeures parmi les points suivants:
1/ améliorer le passage à l'échelle : indexer plus de jeux de données, ou des jeux de données de plus en plus complexes en terme de diversité;
2/ développer de nouvelles approches pour associer des métadonnées aux kmers (abondance, séquence et position dont ils sont issus, annotations connues,...);
3/ limiter l'impact environnemental de la construction, du stockage et de la requête des indexes proposés.
4/ interagir avec les membres du PEPR AgroDiv en particulier et bien sur la communauté des utilisateurs en général.

[1] Lemane, Téo, et al. "Indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets with kmindex and ORA." _Nature Computational Science_ 4.2 (2024): 104-109.

[2] Břinda, Karel, et al. "Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression." bioRxiv (2023).

[3] Darvish, Mitra, et al. "Needle: a fast and space-efficient prefilter for estimating the quantification of very large collections of expression experiments." Bioinformatics 38.17 (2022): 4100-4108.

**Principales activités**:
Principales activés:

- Etudes de l'état de l'art
- Recherche et développement algorithmique
- Tests et validations
- Implémentation
- Rédactions

Activités complémentaires:

- Vie de l'équipe
- Veille technologique
- Lien avec les utilisateurs

**Compétences**:
Compétences techniques et niveau requis:

- expérience significative en programmation (si possible en C++ ou rust)
- expérience et gout pour l'algorithmique et les structures de données
- connaissances en développement de logiciel
- présentations, redaction et lecture en anglais

**Avantages**:

- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Possibilité de télétravail à hauteur de 90 jours annuels
- Prise en charge partielle du coût de la mutu

  • Doctorant / Doctorante en Informatique (H/F)

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 27 mai 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant / Doctorante en informatique (H/F)** Référence : UMR6074-ANNORG-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : lundi 6 mai 2024 Type de contrat...

  • Doctorant en Physique Appliquée à L'environement

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : lundi 31 juillet 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en Physique Appliquée à l'Environement (H/F)** Référence : UMR6118-JORHEY-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : lundi 10 juillet 2023 Type de contrat :...

  • Doctorant(E) (H/F) super-réseaux de Moiré Dans

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : samedi 22 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant(e) H/F "Super-réseaux de moiré dans des hétérostructures de dichalcogénures de métaux de transition"** Référence : UMR6251-THOJAO-001 Nombre de Postes : 1 Lieu...

  • Doctorant en Commande Partagé de Microrobots Pour

    il y a 4 semaines

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 24 mai 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant en Commande partagé de microrobots pour les interventions médicales endovasculaires H/F** Référence : UMR6074-CLAPAC-006 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail :...

  • Doctorant (F/H) Les Paysages Sous-marins Et Le

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 16 juin 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorant F/H Les paysages sous-marins et le cinéma (H/F)** Référence : UMR6590-LAULED-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : vendredi 26...

  • (H/F) Doctorant Hydrologie Des Systèmes Montagneux

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : vendredi 15 septembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:H/F doctorant Hydrologie des systèmes montagneux** Référence : UMR6118-LAULON-004 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : lundi 24 juillet 2023 Type de contrat :...

  • (H/F) Doctorant Hydrologie Des Systèmes Montagneux

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 14 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:H/F doctorant Hydrologie des systèmes montagneux** Référence : UMR6118-LAULON-004 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : lundi 24 juillet...

  • Thèse Spatialbionet

    il y a 4 semaines

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 28 mai 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Thèse SpatialBioNet H/F** Référence : UMR6625-ARNDEB-002 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : mardi 7 mai 2024 Type de contrat : CDD...

  • Phd : Nanofeuillet D'oxides Ferromagnétiques Pour

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : mercredi 2 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:PhD : Nanofeuillet d'oxides ferromagnétiques pour la spintronique, H/F** Référence : UMR6251-PASTUR-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : mercredi 12 juillet...

  • Post Doctorant.e en économie

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : vendredi 29 mars 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Post doctorant.e en économie H/F** Référence : UMR6211-NAILOU-009 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : mercredi 6 mars 2024 Type de contrat :...

  • Doctorat en Mathématiques

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: Date Limite Candidature : jeudi 3 août 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorat en Mathématiques (H/F)** Référence : UMR6625-JULSAB-001 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : jeudi 13 juillet 2023 Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat...

  • Thèse : L'impact de L'hétérogénéité Sur Les

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : jeudi 15 juin 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Thèse : L'impact de l'hétérogénéité sur les processus de transport de chaleur souterrain (H/F)** Référence : UMR6118-MARKLE-003 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail :...

  • Post-doctorant (F/H) Méthodes Numériques Pour

    il y a 1 mois

    Rennes, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Contrat renouvelable **:Oui **Niveau de diplôme exigé **:Thèse ou équivalent **Fonction **:Post-Doctorant **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria de l'Université de Rennes est l'un des huit centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un...

  • Offre de Post-doctorat en Chimie Iscr Rennes 'h/f'

    il y a 2 jours

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 18 septembre 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Offre de post-doctorat en Chimie ISCR RENNES 'H/F'-** Référence : UMR6226-CYRPOR-003 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : lundi 28 août...

  • Thèse Iscr Rennes

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mardi 16 mai 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Thèse ISCR RENNES (H/F) en Chimie moléculaire** Référence : UMR6226-IERJEO-007 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication : mardi 25 avril 2023 Type de...

  • Doctorant (F/H) Anatomical and Microstructure

    il y a 1 mois

    Rennes, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent **Fonction **:Doctorant **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria Rennes - Bretagne Atlantique est un des huit centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le...

  • Chercheur Postdoctoral

    il y a 2 jours

    Rennes, France INSA RENNES Temps plein

    **L’INSA Rennes recrute Un-e Post-Doctorant e** **Corps / grade**: Post-Doctorant **Section CNU**: 32 **Emploi /type ou métier** : Post-Doctorant **Service : ISCR/CSM** **Nature du recrutement **:contractuel - CDD de 1 an **Date de prise de fonction : 1er octobre 2023** **Rémunération mensuelle brute** : 2575,37 € / Indice brut 634 Environnement de...

  • Offre de Thèse

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : mercredi 19 avril 2023 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Offre de thèse (H/F) - Chimie organique / Matériaux moléculaires** Référence : UMR6226-LUDFAV-009 Nombre de Postes : 1 Lieu de travail : RENNES Date de publication :...

  • Doctorat (H/F)

    il y a 2 semaines

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : samedi 15 juin 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorat (H/F) - Contrôle optique du mécanisme des réactions électrocatalytiques pour le stockage d'énergie renouvelable.** Référence : UMR6251-ERNPAS-008 Nombre de Postes...

  • Doctorat (H/F)

    il y a 1 mois

    Rennes, France CNRS Temps plein

    Cette offre est disponible dans les langues suivantes: - Français - Anglais Date Limite Candidature : lundi 1 avril 2024 **Informations générales**: **Intitulé de l'offre **:Doctorat (H/F) - Contrôle optique du mécanisme des réactions électrocatalytiques pour le stockage d'énergie renouvelable.** Référence : UMR6251-ERNPAS-003 Nombre de Postes...