Gestionnaire des données du projet Ferments du Futur

Présentation INRAE

l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi‑performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (plus d’informations sur https://www.fermentsdufutur.eu). Co‑piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros jusqu’en 2032, ce consortium public‑privé de 41 partenaires réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.

Sous le pilotage fonctionnel du responsable de Ferments du Futur, vous serez rattaché(e) administrativement à l’unité de recherche MaIAGE dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale. Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de l’entrepôt de données visant à rassembler toutes les informations sur les micro‑organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --
- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --
- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. Cet entrepôt de données est accompagné d’une interface conviviale permettant une intégration simple des données, leur exploration fine par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage. Une première version opérationnelle (https://siduri.migale.inrae.fr ) de l’entrepôt est accessible depuis fin 2025.

Sous la responsabilité scientifique du responsable de la plateforme Migale, et en interaction étroite avec le responsable de la gestion des données de Ferments du Future (Data Manager), vous serez principalement en charge de l’accompagnement des projets financés par Ferments du Futur dans la gestion de leurs données. Vous travaillerez également en étroite collaboration avec les deux développeurs de l’entrepôt, et l’ingénieure en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires.

Vous pourrez être amené à travailler avec des acteurs privés, dans le cadre de l’offre de service numérique de Ferments du Futur.

Vos Principales Activités Seront

• Participer à l’élaboration de la politique des données de Ferments du Futur.
• Effectuer son implémentation opérationnelle.
• Participer à l’expression des besoins nécessaires au développement de l’entrepôt de données.
• Évaluer, comparer et choisir, éventuellement faire évoluer les ontologies métiers nécessaires à la description des données produites dans les projets financés par Ferments du Futur.
• Accompagner les porteurs de projets financés par Ferments du Futur dans la gestion de leurs données et la mise en place de leur Plan de Gestion de Données.
• Rédiger, mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles concernant l’alimentation et la curation de l’entrepôt.
• Organiser le suivi de la qualité des données dans l’entrepôt.
• Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Vous serez amené-e à interagir régulièrement avec les groupes de travail autour des données qui centralisent les besoins en termes de gestion des données produites et traitées dans Ferments du Futur. Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée, composée actuellement de 9 unités de recherche dont MaIAGE, et du centre d’innovation Ferments du Futur, sous la coordination du directeur des opérations et technologies Ferments du Futur.

Vous pourrez consacrer environ 20% de votre temps à des activités de la plateforme Migale en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Master en informatique/bioinformatique avec un fort intérêt pour