Ingénieur-e en bio-informatique

il y a 7 jours

Colmar, France INRAE Temps plein

Présentation INRAE L’Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d’apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à la filière vitivinicole française. Rejoindre l’IFV, c’est prendre part à la transformation de la filière et aux enjeux du futur, agir activement dans la diffusion des résultats de recherche et d’expérimentation et partager son engagement RSE. A Colmar, l’équipe rassemble des compétences en œnologie, technologies de séquençage à haut débit et dépérissements. Environnement de travail, missions et activités Dans le cadre de ses activités liées au séquençage haut‑débit (HTS), l’IFV pôle Alsace, au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio‑informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l’INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d’analyser des données transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. Elle travaillera en étroite interaction avec l’équipe de virologie et de génomique de l’IFV/INRAE. Missions Maintenance et évolution d’un pipeline Nextflow existant pour l’assemblage de génomes viraux à partir de données RNA‑seq Développement d’analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports) Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio‑informatiques dans un environnement Linux Lancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURM Mise en place et application d’un plan de gestion de données Validation de la qualité des données et de l’intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de données Formations et compétences recherchées Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio‑informatique Expérience sur des traitements de données de séquençage haut‑débit, assemblage de génome viral un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeures (SRA, ENA) souhaitée Expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent) Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestion des jobs et ressources, logs…) avec une expérience sur l’utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker) Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning) Maîtrise d’au moins un langage de programmation Python ou R (Python est un plus) Connaissances de base de l’anglais scientifique pour recherche bibliographique et documentation officielle efficiente Votre qualité de vie à INRAE Restauration collective Tickets restaurant et avantages CE Modalités pour postuler J'envoie mon CV et ma lettre de motivation Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. En exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr #J-18808-Ljbffr

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 1 jour

    Colmar, Grand Est, France Inrae Temps plein

    Vos missions en quelques motsDans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d'analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq,...

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 1 semaine

    Colmar, Grand Est, France INRAE Temps plein

    68000 ColmarRETOUR À LA LISTE DES RÉSULTATSPrésentation INRAEL'Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaboratrices et collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d'apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à...

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)   Référence INRAE-OT Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /12/2025 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de...

  • Ingénieur-e en bio-informatique

    Il y a 6 minutes

    Colmar, Grand Est, France Choisir le Service Public Temps plein

    Informations générales Organisme de rattachement Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)   Référence INRAE-OT Date de début de diffusion /11/2025 Date de parution /12/2025 Date de fin de diffusion /01/2026 VersantFonction Publique de l'Etat CatégorieCatégorie A (cadre) Nature de...

  • Ingénieur Bio-informatique

    il y a 2 semaines

    Colmar, Grand Est, France IFVV Temps plein

    CDD 12 moisColmar (68)Publiée le 24/11/2025Description du posteViticultureRecherche / R & DIT / Web / DataDans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l'IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l'INRAE. La personne recrutée aura la...

  • Ingénieur Automatisme ou Informatique Industrielle

    il y a 5 jours

    Colmar, Grand Est, France Lonza Temps plein

    Lonza est un des partenaires mondiaux privilégiés des marchés pharmaceutiques, de la biotechnologie et de la nutrition. Nous œuvrons pour un monde plus sain en permettant à nos clients de développer des médicaments contribuant au traitement d'un large éventail de maladies.Nous combinons des avancées technologiques, des processus de fabrication de...

  • Employé Polyvalent en Magasin Bio

    il y a 2 semaines

    Colmar, France Groupe Alternance Colmar Temps plein

    Groupe Alternance Colmar recherche pour une enseigne de la grande distribution bio un(e) employé(e) polyvalent(e) en alternance dans le cadre d'un BTS MCO ou d'un Titre Professionnel de niveau BAC. Tes missions : - Assurer la bonne présentation des produits et veiller à l'attractivité du magasin - Conseiller et orienter les clients dans leurs achats avec...

  • Ingénieur Automatisme ou Informatique Industrielle

    il y a 7 jours

    Colmar, France Lonza Temps plein

    OverviewLonza est un des partenaires mondiaux privilégiés des marchés pharmaceutiques, de la biotechnologie et de la nutrition. Nous œuvrons pour un monde plus sain en permettant à nos clients de développer des médicaments contribuant au traitement d’un large éventail de maladies.Nous combinons des avancées technologiques, des processus de...

  • Employé Polyvalent en Magasin Bio

    il y a 2 semaines

    Colmar, France Groupe Alternance Colmar Temps plein

    _Groupe Alternance compte plus de 70 établissements dans toute la France (oui, rien que ça). _ - Fort d’un grand réseau de professionnels, notre campus de Colmar est proche des entreprises locales mais surtout proche des étudiants. Nous proposons les formations suivantes pour la rentrée 2025 : _**BTS MCO / NDRC / GPME / CG, Bachelor RH, Bachelor RDC...

  • Conseiller Spécialisé Viticulture

    il y a 1 semaine

    Colmar, France CHAMBRE RÉGIONALE D'AGRICULTURE GRAND EST Temps plein

    Au sein du réseau national des Chambres d’agriculture France, la Chambre d’agriculture d’Alsace, riche de ses 190 collaborateurs motivés et impliqués dans des domaines diversifiés, accompagne les agriculteurs dans la conduite de leurs projets professionnels. Dans le cadre d’un remplacement pour congé maternité, la Chambre d’Agriculture...