INGENIEUR BIO INFORMATICIEN H/F

Descriptif L'ÉTABLISSEMENT :

le CHU recrute un(e) INGENIEUR RESPONSABLE TECHNIQUE H/F, bio-informaticien, chargé du développement, de l'intégration, de la qualification, de la maintenance et de l'amélioration des outils et méthodes bio-informatiques pour la biologie médicale, la recherche et l'innovation du CHU.

Il travaille avec biologistes, cliniciens, techniciens, ingénieurs, qualiticiens et services informatiques afin d'assurer fiabilité, traçabilité, sécurité et qualité des analyses, et apporte son expertise dans l'analyse, l'interprétation technique, la gestion et la valorisation de données biologiques complexes, notamment issues du séquençage haut débit.

Dans les activités diagnostiques, il contribue à la qualification des outils bio-informatiques, à la documentation qualité et aux démarches d'accréditation en biologie médicale.

LE POSTE :

1. Développement et intégration d'outils bio-informatiques Il participe à l'ensemble du cycle de vie des outils bio-informatiques, depuis l'analyse des besoins jusqu'à leur mise en production. A ce titre il assure notamment :
   • La conception, le développement et la maintenance de logiciels bio-informatiques
   • La conception et le développement d'interfaces web ou d'applications métiers
   • L'intégration d'outils existants et le développement de pipelines d'analyse
   • La conception, l'administration fonctionnelle et l'exploitation de bases de données
   • L'utilisation des outils de gestion de versions et des forges logicielles, notamment Git et GitLab
   • Le respect des bonnes pratiques de développement, de documentation, de test et de traçabilité
2. Analyse, exploration et interprétation des données L'ingénieur bio-informaticien participe à l'analyse des données biologiques complexes, en particulier les données issues du séquençage haut débit et des technologies à haut contenu. Il contribue à la production de résultats fiables, exploitables et interprétables dans un contexte diagnostique, pronostique, théranostique ou de recherche. Il intervient notamment dans :
   • La définition et la mise en uvre de plans d'analyse adaptés aux données et aux objectifs biologiques ou médicaux
   • L'exploration, la contextualisation et la valorisation des données biologiques
   • La réalisation d'analyses bio-informatiques, statistiques et de contrôles qualité
   • L'interprétation technique des résultats en appui des biologistes
   • La production de rapports d'analyse ou de synthèses adaptées aux utilisateurs
   • La participation au processus analytique contribuant au rendu de résultats de biologie médicale
3. Gestion, structuration et traçabilité des données L'ingénieur bio-informaticien participe à la gestion des données biologiques produites ou utilisées par le laboratoire. Il contribue à la mise en uvre d'une organisation adaptée des données, intégrant leur collecte, leur structuration, leur mise à disposition, leur sauvegarde, leur archivage et leur traçabilité. Il veille à garantir la qualité, l'intégrité, la sécurité et la pérennité des données dans le respect des exigences institutionnelles, réglementaires et qualité. Ses activités comprennent notamment :
   • L'organisation, la structuration et la gestion des données biologiques
   • La mise en place et l'automatisation des processus d'archivage
   • La gestion des bases de données d'annotation et des ressources bio-informatiques
   • L'interaction avec les services informatiques pour les aspects liés au stockage, à la sauvegarde, à la sécurité et à la disponibilité des données
4. Qualification, documentation qualité et accréditation Dans le cadre des activités diagnostiques, l'ingénieur bio-informaticien participe à la qualification des outils, pipelines et méthodes bio-informatiques utilisés en routine. Il contribue à garantir la fiabilité, la reproductibilité, la traçabilité et la conformité des analyses bio-informatiques aux exigences qualité applicables en biologie médicale. Il travaille en lien avec les biologistes, les qualiticiens et les équipes techniques pour la constitution des dossiers de validation de méthode, la rédaction de la documentation qualité et le suivi des procédures. Ses missions comprennent notamment :
   • La conception, la réalisation et la mise à jour des dossiers de validation de méthode des outils et pipelines bio-informatiques
   • La rédaction et la maintenance de la documentation qualité associée aux analyses bio-informatiques