Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

il y a 4 semaines

Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

Informations générales

Titre de l'offre : Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC
Référence : UMR5149-NATCOL-020
Nombre de postes : 1
Lieu de travail : Montpellier
Date de publication : Non spécifié
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : Non spécifié
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : À partir de 3021 euros brut par mois selon expérience professionnelle
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Mathématiques et interactions des mathématiques

Missions

Identification de la composition clonale d'une tumeur à partir des données de séquençage ciblé.
Le chercheur postdoctoral s'inscrira dans le projet ANR Identhic, qui se concentre sur la reconstruction de l'histoire évolutive des tumeurs à partir de données de séquençage partielles. Le candidat interagira avec les quatre membres principaux du projet ainsi qu'avec des étudiants en master et doctorat travaillant sur des aspects complémentaires du projet.
Le ou la sera en charge du développement méthodologique d'approches statistiques permettant l'identification des sous-groupes de cellules se comportant de manière homogènes à partir de données de séquençage, d'abord en observation complète, puis en observation partielle.
Plus de détails : https:///wp-content/uploads/2024/09/

Activités

Familiarisation avec les données, mise en forme des données, création d'une annotation des échantillons obtenus sur les patients.
- Développement de méthode de déconvolution permettant l'inférence de la composition clonale de l'échantillon à partir de données de séquençage en observation totale.
- Benchmarking de la méthode
- Extension au cas du séquençage en observation partielle à l'aide de priors bio-informés, développement de méthodes d'imputation pour les données manquantes dans ce contexte
- Implémentation des méthodes au travers d'algorithmes efficaces
- Présentation et discussion des résultats avec les membres du consortium.
- Rédaction d'articles scientifiques pour la diffusion des résultats à la communauté scientifique
- Participation à des workshops et conférences internationales

Compétences

Doctorat en biostatistiques ou bioinformatique
Goût pour la programmation, en particulier maîtrise de R ou python
Manipulation antérieure d'au moins un type de données de séquençage

Contexte de travail

Le chercheur recruté mènera ses recherches à l'IMAG, au sein de l'équipe EPS sous la supervision d'Alice Cleynen et Sophie Lèbre.
Situé sur le Campus Triolet de l'Université de Montpellier, l'IMAG est un des portails vers les mathématiques en Occitanie. Il comprend 170 membres et est composé en 4 équipes de recherche : Analyse, Calcul Scientifique et Optimisation de Montpellier (ACSIOM), Didactique et Epistémologie des Mathématiques (DEMA), Equipe de Probabilité et Statistique (EPS), Géométrie, Topologie et Algèbre (GTA).

La médecine personnalisée est une approche émergente dans le domaine des soins de santé, qui a pris de l'ampleur avec l'avènement des technologies génomiques au début des années 2000. Elle vise à adapter les décisions médicales en fonction de la réponse prédite de chaque patient. Un exemple notable est la classification du cancer du sein en cinq sous-types basés sur les profils d'expression génique, ainsi que le développement d'anticorps monoclonaux, particulièrement efficaces chez les patients HER2-positifs.
Pour que la médecine personnalisée et l'oncologie de précision atteignent leur plein potentiel, il est nécessaire d'approfondir notre compréhension de l'évolution tumorale au niveau du patient. Cela inclut l'identification des événements initiaux qui déclenchent la formation du cancer et des événements moteurs successifs qui conduisent à la résistance thérapeutique, aux rechutes, et à la croissance incontrôlée des cellules tumorales.
Avec l'accessibilité croissante des technologies de séquençage, il est désormais courant d'utiliser des panels de gènes — séquençage ciblé de gènes spécifiques associés au cancer par des mutations, des altérations de l'expression ou du nombre de copies — au moment du diagnostic. Cela permet d'identifier des anomalies potentielles dans les cellules tumorales qui peuvent orienter le traitement et le pronostic. Les laboratoires de recherche translationnelle développent activement de nouveaux panels de séquençage pour découvrir des événements connus ou inédits aux niveaux de l'ARN et de l'ADN, dans le but d'améliorer les résultats des patients.
Le processus génère de grandes quantités de données hétérogènes, collectées à différents moments chez différents patients. L'objectif général du projet postdoctoral sera de développer une approche statistique pour identifier la composition clonale de la tumeur à partir des données de séquençage ciblé.

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesTitre de l'offre : Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHICRéférence : UMR5149-NATCOL-020Nombre de postes : 1Lieu de travail : MontpellierType de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 24 moisQuotité de travail : Temps completRémunération : A partir de 3021 euros brut par mois selon expérience...

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

    Il y a 2 mois

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de posteTitre de l'offre : Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHICRéférence : UMR5149-NATCOL-020Nombre de postes : 1Lieu de travail : MONTPELLIERDate de publication : vendredi 4 octobre 2024Type de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 24 moisDate d'embauche prévue : 2 décembre 2024Quotité de travail : Temps...

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesIntitulé de l'offre : Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHICRéférence : UMR5149-NATCOL-020Nombre de Postes : 1Lieu de travail : MontpellierType de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 24 moisQuotité de travail : Temps completRémunération : A partir de 3021 euros brut par mois selon expérience...

  • Chercheur postdoctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesTitre de l'offre : Chercheur postdoctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHICRéférence : UMR5149-NATCOL-020Nombre de postes : 1Lieu de travail : MontpellierType de contrat : CDD scientifiqueDurée du contrat : 24 moisQuotité de travail : Temps completRémunération : A partir de 3021 euros brut par mois selon expérience...

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHIC

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesIntitulé de l'offre : Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR IDENTHICRéférence : UMR5149-NATCOL-020Nombre de Postes : 1Lieu de travail : MONTPELLIERType de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 24 moisQuotité de travail : Temps completRémunération : A partir de 3021 euros brut par mois selon expérience...

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR Deep Pep

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de posteL'Institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA) recherche un chercheur post-doctoral pour rejoindre l'équipe du projet ANR Deep Pep. Le candidat sélectionné travaillera en étroite collaboration avec l'équipe EPS de l'IMAG et les partenaires du projet ANR Deep Pep.MissionsLe chercheur post-doctoral...

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR Deep Pep

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesTitre de l'offre : Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR Deep PepRéférence : UMR5149-NATCOL-019Nombre de postes : 1Lieu de travail : MONTPELLIERDate de publication : Type de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 24 moisDate d'embauche prévue : Quotité de travail : Temps completRémunération : A partir de...

  • Chercheur postdoctoral en biostatistiques

    il y a 1 semaine

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de poste : Chercheur postdoctoralL'IMAG, au sein de l'équipe EPS, est membre du CNRS. Nous recherchons un chercheur postdoctoral pour participer au projet ANR IDENTHIC.MissionsIdentifier la composition clonale d'une tumeur à partir de données de séquençage ciblé.Contribuer au développement d'approches statistiques pour l'analyse de données de...

  • Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet ANR Deep Pep

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    MissionL'objectif principal de ce poste est de développer un modèle d'apprentissage profond capable de prédire des peptides synthétiques capables d'interagir avec une protéine cible donnée. Ces peptides naturels et synthétiques seront ensuite appliqués aux plantes afin d'enregistrer leurs effets sur les réponses développementales et...

  • Chercheur Post-doctoral en Biologie des Séquences Répétées

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Description du posteLe/la candidat(e) recherché(e) pour ce poste de chercheur post-doctoral est chargé(e) de participer à l'équipe de recherche de l'Institut de Génétique Humaine à Montpellier, France. Le/la candidat(e) sera en charge de concevoir, de réaliser et d'analyser des expériences pour comprendre le rôle de la boucle...

  • Chercheur post-doctoral dans le domaine de l'identification de tumeurs

    il y a 2 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de recherche scientifiqueL'Institut national de recherche en informatique et en automatique (CNRS) recherche un chercheur post-doctoral pour rejoindre l'équipe de recherche sur l'identification de tumeurs.MissionsLe chercheur post-doctoral sera chargé de développer et d'implémenter des méthodes statistiques pour identifier les...

  • Chercheur post-doctoral en écologie spatiale des oiseaux marins

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de poste Nous recherchons un chercheur post-doctoral pour rejoindre notre équipe au Centre d'Écologie Fonctionnelle & Évolutive (CEFE) et travailler sur le projet MIGRATLANE. Missions Le chercheur post-doctoral travaillera en étroite collaboration avec des partenaires scientifiques pour étudier les migrations en mer et les fonctionnalités des...

  • Chercheur en palynologie H/F

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Présentation du poste Nous recherchons un chercheur en palynologie pour rejoindre notre équipe à l'Institut de Sciences de l'Evolution à Montpellier. Le candidat idéal aura une expertise en palynologie des environnements méditerranéens et une bonne connaissance des microfossiles non-polliniques (MNP) et des reconstructions de feux. Missions Le...

  • Chercheur en palynologie H/F

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de posteTitre de l'offre : Chercheur en palynologie H/FRéférence : UMR5554-JERROS-002Nombre de postes : 1Lieu de travail : MontpellierType de contrat : CDD ScientifiqueDurée du contrat : 12 moisDate d'embauche prévue : 11 décembre 2024Quotité de travail : Temps completRémunération : à partir de 3021.50€ brut mensuel ajustable selon...

  • Chercheur post-doctoral en écologie spatiale des oiseaux marins

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesTitre de l'offre : Chercheur post-doctoral en écologie spatiale des oiseaux marins (H/F) Référence : UMR5175-DAVGRE-007 Nombre de postes : 1 Lieu de travail : MONTPELLIER Type de contrat : CDD Scientifique Durée du contrat : 22 mois Date d'embauche prévue : 1 janvier 2025 Quotité de travail : Temps complet Rémunération : A...

  • Doctorat en humanités environnementales

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de doctorat en humanités environnementalesLe CNRS recherche un(e) doctorant(e) pour rejoindre son équipe de recherche dans le cadre du projet CityFish. Ce projet vise à explorer l'aquaculture en milieu urbain, en se concentrant sur le cas de l'aquaculture périurbaine à Hanoï, au Viêt Nam.Contexte du projetLa production aquacole est un secteur en...

  • Chercheur(e) H/F en Recherche Virologique et Microscopie

    il y a 10 heures

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Présentation de l'offreL'Institut national de la recherche scientifique (CNRS) recrute un chercheur postdoctoral pour rejoindre son équipe à Montpellier.Le poste se situe dans le domaine de la recherche virologique et microscopie, avec une focus sur l'assemblage du virus SARS-CoV-2.Compétences requisesBiologie moléculaireCulture...

  • Chercheur en biologie moléculaire

    il y a 4 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesTitre de l'offre : Chercheur en biologie moléculaireRéférence : UMR5535-SARADE-064Nombre de postes : 1Lieu de travail : MontpellierDate de publication : 18 octobre 2024Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoralDurée du contrat : 36 moisDate de début de la thèse : 1 janvier 2025Quotité de travail : Temps...

  • Chercheur post-doctoral en écologie spatiale des oiseaux marins

    il y a 3 semaines

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Informations généralesLe Centre d'Écologie Fonctionnelle & Évolutive (CEFE) recherche un chercheur postdoctoral pour rejoindre son équipe de recherche en écologie spatiale des oiseaux marins. Ce poste est lié au programme MIGRATLANE, qui vise à collecter des données et caractériser les flux migratoires, les comportements et altitudes en vol des...

  • Chercheur post-doctorant en biologie cellulaire des virus

    il y a 1 mois

    Montpellier, Occitanie, France CNRS Temps plein

    Offre de rechercheNous recherchons un chercheur post-doctorant pour rejoindre notre équipe de recherche en biologie cellulaire des virus. Le candidat idéal possèdera une expertise en virologie et biologie cellulaire, ainsi que des compétences en culture de cellules souches, microscopie et neurobiologie.MissionsLe chercheur post-doctorant sera chargé de...