Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 3 semaines
L'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des métadonnées SRA du NCBI et des données d'assignation taxonomique déjà produites par l'algorithme SRA-STAT.
Activités principales- Participer au développement de l'infrastructure cloud du projet (openstack, docker, singularity, notebook jupyter).
- Développer des procédures en python pour l'extraction, la transformation, le chargement des données dans l'infrastructure.
- Développer des notebook jupyter pour faciliter l'exploration de la diversité virale à partir des données SRA et SRA-STAT.
- Assurer la mise à jour du lac de données.
- Gérer la formation des membres du consortium et des étudiants.
- Participer à l'encadrement des étudiants impliqués dans le projet.
- Gérer l'animation de Hackathon pour l'utilisation de l'infrastructure.
- Résoudre ou faire remonter les incidents et optimiser les performances.
- Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
- Effectuer une veille technologique.
- Contribuer à l'assistance aux partenaires du projet.
- Maîtrise des environnements Linux et des langages système (shell/bash).
- Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, gitlab).
- Maitrise des techniques Cloud et virtualisation (OpenStack, Docker, Kubernetes ou OpenShift).
- Maitrise souhaitable des outils de gestion de pipelines en Bioinformatique (Nextflow, Snakemake).
- Maitrise souhaitable des outils d'analyse statistiques multivariées sous R ou python.
- Compétence (appréciable) dans l'utilisation des outils de machine learning sous R ou python.
- Compréhension de l'anglais oral et écrit.
- Connaissance générale des procédures de sécurité informatique.
- Connaissance des méthodes bioinformatiques d'assignation taxonomique.
- Connaissance des protocoles et des méthodes de séquençage en métagénomique.
- Connaissance des formats de données de métagénomique.
- Connaissances des bases de données en bioinformatique.
- Connaissance (appréciable) en microbiologie / virologie moléculaire.
- Capacité à travailler en mode projet avec une équipe pluridisciplinaire.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Sens de l'organisation.
- Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
- Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes.
Poste à pouvoir dès le 04/11/2024
Le poste est ouvert aux contractuels de catégorie A - IGR
Rémunération mensuelle brute: 2935€
Avantages de l'emploi- 48.5 jours de congés annuels, dès la première année universitaire, aménagement possible du temps de travail sur 4.5 jours, 37h30 / semaine, la possibilité d'avoir des jours de télétravail réguliers et/ou ponctuels, sous conditions.
- La participation au remboursement des frais de transport, forfait mobilité durable, aux frais complémentaire santé à hauteur de 15€/mois.
- L'accès à des prestations d'action sociale, accès aux services de la crèche et du centre de loisirs situés sur le campus Lyon Tech La Doua.
- L'accès aux activités artistiques et sportives de l'université, tarifs préférentiels loisirs.
- Possibilités de développement professionnel en interne (concours, mobilité, formation continue et parcours professionnel).
- Restauration sur le campus avec une participation financière de l'université.
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 2 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. La personne recrutée développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps pleinMissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat sélectionné sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium.Les principales activités de l'agent seront : Le développement...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 2 jours
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet Virome@tlas en collaboration étroite avec le consortium. La personne recrutée développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 4 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission et responsabilitésL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 4 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinMission principaleL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 4 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps pleinMissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat sélectionné sera chargé de développer l'infrastructure cloud du projet, en collaboration étroite avec le consortium.Compétences requisesMaîtrise des environnements Linux et des langages système...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 4 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps pleinMissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour renforcer son équipe de développement d'infrastructure cloud. Le candidat idéal sera chargé de développer des procédures de traitement de données massives et de formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure.Compétences...
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Ingénieur de recherche en bioinformatique
il y a 2 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps pleinActivités Principales de l'agent :Participer au développement de l'infrastructure cloud du projet (openstack, docker, singularity, notebook jupyter).Développer des procédures en python pour l'extraction, la transformation, le chargement des données dans l'infrastructure.Développer des notebook jupyter pour faciliter l'exploration de la diversité...
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Responsable de département de Bioinformatique
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps pleinDescription du posteL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Responsable de département de Bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat idéal sera un ingénieur de recherche expérimenté en données massives, capable de développer des solutions cloud innovantes pour analyser et traiter des données biologiques...
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Stage M2 Modélisation Métabolique
il y a 2 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SFBI Temps pleinProjet de StageLe projet de stage consiste à identifier des cibles qui permettent de déstabiliser l'équilibre symbiotique et à développer des approches de contrôle des ravageurs alternatives aux pesticides chimiques et respectueuses de la santé de l'Homme et des écosystèmes.Compétences RequisesConnaissances en bioinformatique et en...
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Ingénieur Recherche
il y a 2 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...
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Ingénieur Recherche
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...
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Ingénieur Recherche
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...
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Ingénieur Recherche
il y a 2 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...
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Ingénieur Recherche
il y a 3 semaines
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...
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Ingénieur Recherche
il y a 6 jours
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...
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Ingénieur Recherche
il y a 2 jours
Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SuperGrid Institute Temps pleinMissionSuperGrid Institute, un acteur clé de la transition énergétique en France et en Europe, recherche un Ingénieur Recherche pour rejoindre son équipe « Widespread AC/DC ».L'objectif principal de ce poste est de développer des outils de planification des réseaux électriques hybrides AC/DC, permettant des études technico-économiques statiques...