Ingénieur de recherche en bioinformatique

il y a 2 jours


Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein
Mission principale

L'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet Virome@tlas en collaboration étroite avec le consortium. La personne recrutée développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir des métadonnées SRA du NCBI et des données d'assignation taxonomique déjà produites par l'algorithme SRA-STAT.

Compétences requises
  • Maîtrise des environnements Linux et des langages système (shell/bash)
  • Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, gitlab)
  • Maitrise des techniques Cloud et virtualisation (OpenStack, Docker, Kubernetes ou OpenShift)
  • Maitrise souhaitable des outils de gestion de pipelines en Bioinformatique (Nextflow, Snakemake)
  • Maitrise souhaitable des outils d'analyse statistiques multivariées sous R ou python
  • Compétence (appréciable) dans l'utilisation des outils de machine learning sous R ou python
Conditions d'emploi

Le poste est ouvert aux contractuels de catégorie A - IGR. La durée du contrat est de 5 jours, 37h30 / semaine, avec la possibilité d'avoir des jours de télétravail réguliers et/ou ponctuels, sous conditions. La participation au remboursement des frais de transport, forfait mobilité durable, aux frais complémentaire santé à hauteur de 15€/mois est proposée. L'accès à des prestations d'action sociale, accès aux services de la crèche et du centre de loisirs situés sur le campus Lyon Tech La Doua est également offert.



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  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France Université Claude Bernard Lyon 1 Temps plein

    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat sélectionné sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium.Les principales activités de l'agent seront : Le développement...


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    Mission et responsabilitésL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Mission et responsabilitésL'ingénieur de recherche en bioinformatique sera chargé de consolider le prototype de lac de données du projet en collaboration étroite avec le consortium. Il développera des chaînes de traitement bioinformatique reproductibles pour l'extraction, la transformation et le chargement des données au sein du système à partir...


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    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat sélectionné sera chargé de développer l'infrastructure cloud du projet, en collaboration étroite avec le consortium.Compétences requisesMaîtrise des environnements Linux et des langages système...


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    MissionL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Ingénieur de recherche en bioinformatique pour renforcer son équipe de développement d'infrastructure cloud. Le candidat idéal sera chargé de développer des procédures de traitement de données massives et de formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure.Compétences...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France P&H Hönes GmbH Temps plein

    Activités Principales de l'agent :Participer au développement de l'infrastructure cloud du projet (openstack, docker, singularity, notebook jupyter).Développer des procédures en python pour l'extraction, la transformation, le chargement des données dans l'infrastructure.Développer des notebook jupyter pour faciliter l'exploration de la diversité...


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    Description du posteL'Université Claude Bernard Lyon 1 recherche un Responsable de département de Bioinformatique pour rejoindre son équipe pluridisciplinaire. Le candidat idéal sera un ingénieur de recherche expérimenté en données massives, capable de développer des solutions cloud innovantes pour analyser et traiter des données biologiques...


  • Villeurbanne, Auvergne-Rhône-Alpes, France SFBI Temps plein

    Projet de StageLe projet de stage consiste à identifier des cibles qui permettent de déstabiliser l'équilibre symbiotique et à développer des approches de contrôle des ravageurs alternatives aux pesticides chimiques et respectueuses de la santé de l'Homme et des écosystèmes.Compétences RequisesConnaissances en bioinformatique et en...

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    il y a 2 semaines


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    il y a 3 semaines


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    il y a 2 jours


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    il y a 6 jours


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