Stage en modélisation biologique

il y a 4 semaines

Talence, Nouvelle-Aquitaine, France INRIA Temps plein

Contexte et avantages du poste

Dans le cadre d'une collaboration avec INRAE, le projet COMIC vise à développer des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries ainsi que de leurs communautés bactériennes associées.

Les proliférations de cyanobactéries représentent un enjeu mondial en raison de leurs effets néfastes sur l'écologie, la santé publique et l'économie : elles entraînent une diminution de la biodiversité, une baisse de la production aquacole et halieutique, des impacts sur le tourisme avec la fermeture de sites récréatifs, ainsi que des risques pour la santé des plantes, des animaux et des humains (ex : empoisonnement du bétail, contamination des légumes, etc.) dus aux cyanotoxines, sans oublier les coûts élevés liés au traitement de l'eau. Dans un contexte d'anthropisation et d'eutrophisation croissante des milieux aquatiques, ces proliférations deviennent de plus en plus fréquentes et problématiques pour les écosystèmes aquatiques. En particulier, les proliférations du genre Microcystis sont souvent citées comme les plus préoccupantes dans la littérature scientifique.

Dans ce cadre, le projet COMIC a pour ambition de mieux appréhender l'apparition des proliférations de cyanobactéries toxiques dans un contexte agro-alimentaire en analysant les interactions chimiques de type cross-feeding entre les cyanobactéries du genre Microcystis et les bactéries hétérotrophes dans la phycosphère. Cela se fera à travers des approches pluridisciplinaires, combinant des outils de méta-omiques et de modélisation mathématique. Un des objectifs spécifiques du projet est de caractériser les interactions au sein des consortiums « cyanobactérie-bactéries hétérotrophes », tant in situ lors des proliférations en milieu aquatique qu'en conditions contrôlées en laboratoire, ce qui donnera lieu à des analyses métagénomiques et métabolomiques ciblées (recherche de cyanotoxines). L'ensemble de ces travaux permettra d'étudier les interrelations entre la biodiversité structurelle et fonctionnelle au sein de ces assemblages, ainsi que la complémentarité métabolomique entre ces micro-organismes dans la production de métabolites (par exemple, les microcystines).

Missions confiées

Les principales responsabilités de l'alternant·e consisteront à tester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques des micro-organismes, tant à l'échelle individuelle qu'à celle de la communauté, à partir de données de séquençage.

Les missions de l'alternant·e incluront donc :

  1. La reconstruction des cartes métaboliques des souches de Microcystis et de leur microbiote à partir des génomes préalablement annotés.
  2. L'inférence des interactions de type cross-feeding entre les souches de Microcystis et leurs consortia de bactéries associées.
  3. L'analyse de l'impact des cyanotoxines sur les interactions de type cross-feeding, en examinant les cartes métaboliques reconstruites et en particulier la précision des voies de synthèse associées aux métabolites identifiés lors des expérimentations.

Activités principales

Les activités principales incluront :

  • La conception de modèles du métabolisme.
  • L'utilisation d'outils pour prédire le fonctionnement des communautés microbiennes.
  • L'analyse de la littérature scientifique pour valider ou invalider des prédictions.
  • Le développement d'un pipeline d'analyse robuste et documenté.
  • La rédaction d'un article scientifique.

Activités complémentaires

En outre, l'alternant·e participera à la vie scientifique de l'équipe de recherche et présentera régulièrement les avancées des travaux aux partenaires.

Compétences requises

Compétences techniques et niveau requis : un master 1 en bioinformatique est souhaité.

Avantages offerts

  • Restauration subventionnée.
  • Remboursement partiel des transports publics.
  • Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement).
  • Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.).
  • Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria).
  • Accès à la formation professionnelle.
  • Couverture sociale.

Rémunération

La rémunération sera déterminée selon la grille applicable aux contrats d'apprentissage, en fonction de l'âge.

  • Alternance en biologie des systèmes

    il y a 1 semaine

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France INRIA Temps plein

    MissionL'objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.ObjectifsTester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques de micro-organismes à l'échelle individuel et de la communauté à partir de données de...

  • Alternance en biologie des systèmes

    il y a 2 semaines

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France INRIA Temps plein

    MissionL'objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.ObjectifsTester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques de micro-organismes à l'échelle individuel et de la communauté à partir de données de...

  • Alternance en biologie des systèmes

    il y a 6 jours

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France INRIA Temps plein

    MissionL'objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.ObjectifsTester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques de micro-organismes à l'échelle individuel et de la communauté à partir de données de...

  • Poste de chercheur postdoctoral en Biophysique Membranaire

    il y a 6 jours

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France CNRS Temps plein

    Informations générales Titre de l'offre : Poste de chercheur postdoctoral en Biophysique Membranaire au LOMA - CNRS Nombre de postes : 1 Type de contrat : CDD Scientifique Durée du contrat : 12 mois Compétences requises : Le chercheur postdoctoral aura une thèse récente dans le domaine de la biophysique membranaire (compétences dans les...

  • Responsable Ingénierie Logicielle

    il y a 4 semaines

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France Sense4data Temps plein

    Présentation de l'entrepriseSense4data est une entreprise innovante, spécialisée dans la recherche et le développement dans le secteur de la donnée, incluant l'intelligence artificielle, la science des données et l'ingénierie des données. Avec une équipe dynamique d'ingénieurs et de chercheurs, nous nous engageons à résoudre des défis complexes...

  • Responsable Technique en Ingénierie Logicielle

    il y a 4 semaines

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France Sense4data Temps plein

    Présentation de l'entrepriseSense4data est une entreprise innovante, fondée à Bordeaux, spécialisée dans la recherche et le développement dans le secteur de la donnée, notamment en intelligence artificielle, science des données et ingénierie des données. Notre équipe est composée d'une vingtaine de professionnels, incluant des ingénieurs et des...

  • Responsable Ingénierie Logicielle

    il y a 4 semaines

    Talence, Nouvelle-Aquitaine, France Sense4data Temps plein

    Présentation de l'entrepriseSense4data est une entreprise innovante basée à Bordeaux, spécialisée dans la recherche et le développement dans le secteur de la donnée, notamment en intelligence artificielle, science des données et ingénierie des données. Avec une équipe dynamique d'ingénieurs et de chercheurs, nous nous engageons à résoudre des...

  • Stage de Recherche de Fin D'études

    Il y a 4 mois

    Talence, France Université de Bordeaux Temps plein

    En particulier, vous rejoindrez l'équipe **Bench to Knowledge and Beyond** du département Systèmes et Données du laboratoire avec des experts en bio-informatique, en modélisation et en visualisation de données ainsi qu'en apprentissage automatique. Les recherches y sont transdisciplinaires et se font en collaboration avec les experts des données...

  • Post-doctorant (F/H) Modélisation de Biofilms

    il y a 3 semaines

    Talence, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Thèse ou équivalent **Fonction **:Post-Doctorant **Niveau d'expérience souhaité **:De 5 à 12 ans **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et compte une vingtaine d’équipes de recherche....

  • Post-doctorant (F/H) Modèles équivalents Et

    Il y a 3 mois

    Talence, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Thèse ou équivalent **Fonction **:Post-Doctorant **Niveau d'expérience souhaité **:Jeune diplômé **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et compte une vingtaine d’équipes de...

  • Alternance en biologie des systèmes

    Il y a 3 mois

    Talence, France INRIA Temps plein

    Contexte et atouts du poste Dans le cadre d’un partenariat avec INRAE, à travers le projet COMIC, l ’objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.  Les efflorescences de cyanobactéries sont une préoccupation internationale du...

  • Doctorant (F/H) Preuves de Stabilité Numériques

    Il y a 4 mois

    Talence, France Inria Temps plein

    **Type de contrat **:CDD **Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent **Autre diplôme apprécié **:Ingénieur ou master avec une composante forte en calcul scientifique **Fonction **:Doctorant **A propos du centre ou de la direction fonctionnelle**: Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et...

  • Chargé ou Chargée de Mission de L'entrepreneuriat

    il y a 2 semaines

    Talence, France Bordeaux INP Temps plein

    **Environnement de travail** Bordeaux INP, constitué sous la forme d’un grand établissement, regroupe 6 écoles d'ingénieurs du site bordelais et une classe prépa. La sensibilisation de ses étudiants à l'entrepreneuriat et à l'innovation constitue un enjeu économique de politique majeur. Dans ce cadre, Bordeaux INP propose: - un incubateur qui a...

  • Poste de chercheur postdoctoral

    il y a 1 semaine

    Talence, France CNRS Temps plein

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  • Lead Ingénieur Software

    Il y a 4 mois

    Talence, France Sense4data Temps plein

    Sense4data est une société bordelaise créée en 2018; Jeune Entreprise Innovante (statut JEI), l'entreprise opère sur des problématiques de Recherche et Développement appliquées à l’Industrie dans le domaine de la donnée (IA, Data Science et Data Ingénierie). Notre société compte actuellement une vingtaine d’ingénieurs et de chercheurs en...

  • Lead Ingénieur Software

    Il y a 4 mois

    Talence, France Sense4data Temps plein

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  • Lead Ingénieur Software

    Il y a 4 mois

    Talence, France Sense4data Temps plein

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  • Chef de projet Graduate Programs

    il y a 1 semaine

    Talence, France Université de Bordeaux Temps plein

    Employeur L’université de Bordeaux compte aujourd’hui parmi les plus influentes universités de recherche multidisciplinaires en France et dans le monde. Installée dans ses fondamentaux que sont la formation et la recherche et à travers son plan stratégique 2030 « Faire de notre modèle d’université un levier de nouveaux équilibres,...