Chargé-e de Recherche en Modélisation Computationnelle de L'intégration Multi-échelle Dans Le Développement Et La Morphogenèse Des Plantes

78000 VERSAILLES _

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**Présentation d'INRAE**:
INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche rassemblant une communauté de 12 000 personnes, réparties dans 272 unités de recherche, de service et d'expérimentation implantées sur 18 centres sur toute la France.

Institut de recherche finalisée, il est le premier organisme de recherche mondial spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimentation-environnement ». INRAE a pour ambition d’être un acteur clé des transitions nécessaires pour répondre aux grands enjeux mondiaux.

Face à l’augmentation de la population et au défi de la sécurité alimentaire, au dérèglement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, l’institut a un rôle majeur pour construire des solutions et accompagner la nécessaire accélération des transitions agricoles, alimentaires et environnementales.

**Environnement de travail, missions et activités**:
Vous exercerez au sein de l'Institut Jean-Pierre Bourgin-Sciences du Végétal (IJPB), une très grande unité de recherche (300 personnes, 27 équipes, 6 plateformes et 6 services communs) située sur le campus INRAE attenant au parc du Château de Versailles. L'IJPB regroupe un ensemble unique de ressources et de compétences pluridisciplinaires (biologie, chimie, informatique, mathématiques appliquées). Les recherches conduites dans l'unité ont pour objectif de produire des connaissances fondamentales en biologie végétale (développement et morphogenèse, adaptation aux contraintes environnementales, fonctionnement des génomes, signalisation et communication) et à les inscrire dans une démarche d'innovation répondant aux grands défis scientifiques et sociétaux actuels.

Au sein de ce collectif, vous intégrerez l‘équipe Modélisation et Imagerie Numérique (une petite dizaine de personnes), qui regroupe mathématiciens, biomathématiciens, informaticiens et ingénieurs. Les recherches conduites au sein de l'équipe ont pour objectif de développer des approches computationnelles originales pour quantifier et modéliser les processus développementaux et morphogénétiques des plantes, essentiellement à partir de données d'imagerie. L'équipe mobilise dans ce but un ensemble rare de compétences et d'approches combinant analyse d'images, statistiques spatiales, modélisation informatique et mathématique.

Pour être en capacité de prédire et optimiser la productivité, la qualité et la résilience des cultures dans un contexte de transition écologique, il est indispensable de maîtriser la complexité du développement des tissus et de la croissance des organes végétaux. Ces processus sont généralement étudiés de façon indépendante aux différents niveaux d'organisation du végétal (sub-cellulaire, cellulaire, tissulaire, et au-delà). En rupture de ces approches, votre projet visera à intégrer ces niveaux au travers d'une modélisation multi-échelle pour élaborer une compréhension mécanistique nouvelle. En effet, la complexité du développement et de la morphogenèse végétale résulte des interactions ascendantes et descendantes qui s'exercent entre les différents niveaux d'organisation de la plante, comme le couplage entre le cytosquelette et les dynamiques chromosomiques au sein du noyau ou les boucles de rétroactions entre signaux mécaniques et croissance au cours de la morphogenèse. Les défis auxquels vous vous attaquerez dans ce projet sont de comprendre de façon mécanistique les bases de ces couplages et comment ils concourent à générer et transduire les signaux mécaniques entre niveaux d'organisation pour contribuer au fonctionnement et au développement intégrés des génomes, des cellules et des tissus.

Vous vous appuierez pour cela sur le cadre modélisation original développé par l'équipe d'accueil et concevrez de nouveaux modèles biophysiques et informatiques prédisant l'effet des couplages mécaniques aux interfaces entre niveaux d'organisations ou compartiments cellulaires et tissulaires. Vous alimenterez vos développements et validerez vos prédictions en les confrontant aux organisations ou aux dynamiques biologiques observées sur la base de données d'imagerie (microscopie confocale, super-résolution). Votre activité initiale portera sur la modélisation du couplage entre cytosquelette et dynamiques chromosomiques au sein du noyau, afin de bénéficier pour le démarrage de votre projet d'une collaboration intra-IJPB bien établie. Le modèle développé fournira un socle méthodologique qui alimentera l'évolution du projet vers l'intégration à des niveaux supérieurs, du sub-cellulaire/cellulaire au tissulaire. En relevant les défis méthodologiques nécessaires à la mise en place d'une modélisation multi-échelle proprement mécanistique, vos recherches contribueront à identifier de nouveaux mécanismes essentiels pour la reproduction, la croissance et l'intégration des signaux environnementaux.

Votre projet sera au c