Déchiffrer La Spécificité Des Interactions Enhancer/promoteur Dans Un Contexte Métastatique

**Déchiffrer la Spécificité des Interactions Enhancer/Promoteur dans un Contexte Métastatique // Understanding Enhancer-Promoter Specificity in a Metastatic context**:

- Réf **ABG-130894**
**ADUM-64699**
- Sujet de Thèse
- 11/04/2025
- Contrat doctoral
- Université de Montpellier
- Lieu de travail- Montpellier CEDEX 5 - France
- Intitulé du sujet- Déchiffrer la Spécificité des Interactions Enhancer/Promoteur dans un Contexte Métastatique // Understanding Enhancer-Promoter Specificity in a Metastatic context
- Mots clés- Epigénétique, Enhancers, Régulation génique, Transition Epithélio-Mésenchymateuse, Intelligence Artificielle
Epigenetics, Enhancers, Gene regulation, Epithelial-to-Mesenchymal Transition, Artificial Intelligence

**Description du sujet**:

- La majorité des cancers humains sont d'origine épithéliale : ils débutent par une multiplication anormale de cellules normalement organisées en tissus compacts. Pour se disséminer dans l'organisme (métastaser), ces cellules doivent perdre leurs caractéristiques épithéliales et adopter des propriétés migratoires et invasives. Ce processus de transformation profonde s'appelle la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT).

La régulation fine de l'expression des gènes est essentielle à ce changement d'identité cellulaire. Les éléments distaux de régulation (enhancers) jouent un rôle central dans cette régulation, car ils contrôlent précisément quels gènes doivent être activés ou réprimés à chaque étape. Durant l'EMT, on observe un remodelage dynamique de ces enhancers, modifiant ainsi le profil d'expression génique des cellules cancéreuses et facilitant leur dissémination.

Ce projet doctoral vise à comprendre comment les enhancers sélectionnent spécifiquement leurs gènes cibles durant l'EMT, et quels facteurs influencent ces interactions. Pour cela, nous utiliserons une combinaison originale d'approches expérimentales innovantes (séquençage à haut débit, CRISPR-Cas9, capture de conformation chromatinienne à haute résolution) et de modélisation computationnelle basée sur l'intelligence artificielle (modèles Graph Transformers).

Les résultats attendus permettront de mieux appréhender les mécanismes moléculaires qui gouvernent les métastases cancéreuses et pourraient conduire à la découverte de nouvelles approches thérapeutiques ciblant spécifiquement ces mécanismes régulateurs.

Most human cancers originate from epithelial cells, which typically form tightly organized tissues. For cancer cells to spread through the body—a process known as metastasis—they must undergo a major transformation, losing their epithelial characteristics to acquire migratory and invasive properties. This profound cellular transformation is known as the epithelial-to-mesenchymal transition (EMT).

Precise control of gene expression is crucial for this change in cellular identity. Enhancers, which are distal regulatory DNA elements, play a central role by finely controlling which genes are activated or repressed at each stage. During EMT, enhancers undergo dynamic reprogramming, altering gene expression profiles and facilitating cancer cell dissemination.

This PhD project aims to elucidate how enhancers specifically select their target genes during EMT and identify the factors influencing these interactions. To achieve this, we will use an original combination of advanced experimental techniques (high-throughput sequencing, CRISPR-Cas9 genome editing, high-resolution chromatin conformation capture) and computational modeling based on artificial intelligence (Graph Transformer models).

The expected outcomes will provide deeper insight into the molecular mechanisms driving cancer metastasis and could lead to the discovery of novel therapeutic strategies specifically targeting these regulatory mechanisms.

Début de la thèse : 01/10/2025

**Nature du financement**:

- Contrat doctoral

**Précisions sur le financement**:

- Concours pour un contrat doctoral

**Présentation établissement et labo d'accueil**:

- Université de Montpellier

**Etablissement délivrant le doctorat**:

- Université de Montpellier

**Ecole doctorale**:

- 168 Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
- Nous recherchons quelqu'un de motivé qui possède une véritable passion pour la science et pour comprendre comment l'expression des gènes est régulée. Des connaissances préalables en techniques liées à l'étude de la chromatine, à la culture cellulaire, à la biologie moléculaire, la biochimie et en bioinformatiques sont souhaitées mais pas obligatoires. Nous cherchons avant tout quelqu'un de positif, de sympathique, de passionné et qui ne se laisse pas décourager facilement. Un niveau d'anglais parlé et écrit de niveau correct est nécessaire.
We are looking for someone who is self-motivated, who has a real passion for science and for understanding how gene expression is regulated. Prior knowledge of techniques related to the study of chromatin, cell culture, molecular biology, biochemistry and bioinformatics