Post-doctorat en Estimation D’abondance Par

**Description de l'offre**:
L'unité mixte de recherche (UMR) Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan (DECOD) regroupe des chercheurs, ingénieurs et techniciens de l'Ifremer, de l'Inrae et de l'Institut Agro Rennes-Angers avec des laboratoires à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Les activités de DECOD portent sur l'analyse des processus écologiques et évolutifs à l'œuvre dans les milieux aquatiques et leurs interfaces, de la source à l'océan, sur l'évaluation de l'état des écosystèmes et sur la construction de scénarios pour ces écosystèmes. Pour répondre à ces questions, le Laboratoire Ecologie et Modèle (EMH) acquiert des connaissances sur les écosystèmes marins et les activités anthropiques et met en œuvre des modèles et des approches quantitatives sur la base de données empiriques, dans un contexte d’approche écosystémique des pêches.

L’évaluation de stock fournissant des estimations d’abondance des espèces exploitées est une composante importante de la gestion de pêche durable. Grâce à la génétique, depuis quelques années, une nouvelle méthode d’estimation d’abondance est devenue disponible, il s’agit de l’approche « close-kin mark-recapture » (CKMR). Dans le cadre du projet ACOST (Amélioration de la COnnaissance sur des STocks du golfe de Gascogne : Lieu jaune, Maigre, Merlan et Rouget-barbet) qui est financé par France Filière Pêche, ce post doctorat appliquera l’approche CKMR au maigre sur la base de 5000 individus adultes et juvéniles génotypés.

**Missions principales**

**Activités principales**
- Préparation des données de génotypage (SNP) pour le maigre sur la base de critères de qualité
- Identification des individus apparentés en utilisant le R packages kinference et/ou Colony
- Compilation d’information biologique et développement de modèles d’estimation d’abondance avec le R package TMB en utilisation les couples parents-descendants et (demi)-frères/sœurs pour l’estimation
- Contribution au reporting du projet ACOST, rédaction de publication(s) et présentation des résultats

**Champs relationnel**
- En interne : unité HALGO, UMR DECOD
- En externe : partenaires projet ACOST

**Profil recherché**
- Doctorat en halieutique, écologie quantitative ou statistique appliquée

**Compétences mises en œuvre**

Compétences techniques / métiers
- Modélisation statistique appliquée à l’écologie
- Dynamiques de population
- Anglais courant
- Capacités rédactionnelles (articles, rapports)
- Programmation (e.g. R)

Qualités personnelles
- Autonomie, rigueur, curiosité
- Capacité à travailler en équipe

**Conditions de travail**
- Temps plein
- ** Durée 18 mois**
- un curriculum vitae
- une lettre de motivation
- une ou plusieurs lettres de référence

**L’Ifremer**

Reconnu dans le monde entier comme l’un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l’Ifremer s’inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l’océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l’hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l’océan Indien, l’Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l’Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l’océan, du littoral au grand large et des abysses à l’interface avec l’atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l’une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l’innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), dont le budget avoisine 240 millions d’Euros. Il est placé sous la tutelle conjointe des ministères de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), de la Mer (MinMer), de la Transition écologique et solidaire (MTES), de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA).

**Pour postuler