Ingénieur-e biologiste en analyse de données

L'Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l'ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l'innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l'Inserm, c'est intégrer un institut engagé pour la parité et l'égalité professionnelle, la diversité et l'accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l'Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Inserm UMR_S1110

L'Institut de recherche en médecine translationnelle et maladies hépatiques (Institute for Translational Medicine and Liver Disease, ITM), basé à Strasbourg, est une unité mixte placée sous la co‑tutelle de l'Université de Strasbourg et de l'Inserm.

Dédié aux maladies hépatiques et au cancer du foie, l'ITM est un laboratoire de référence dans la compréhension des mécanismes biologiques de ces pathologies et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, allant de la recherche fondamentale à l'application clinique.

L'institut se distingue par ses plateformes technologiques avancées, son riche réseau de collaborateurs, tant cliniques qu'internationaux, et son fort potentiel d'innovation (publications scientifiques, brevets, etc.).

Directeur: Pr. Thomas Baumert

Adresse: 3 rue de Koeberlé, Strasbourg

Mission principale:

Le/la bioinformaticien·ne recruté·e travaillera au sein du projet Delta-DECODE, financé par l'ANRS, qui vise à déchiffrer les interactions entre le virus de l'hépatite Delta (HDV) et le microenvironnement hépatique. Ce projet repose sur une large cohorte de biopsies hépatiques de patients, et utilise des approches de pointe : RNA-seq bulk, single-cell transcriptomics et transcriptomique spatiale à haute résolution.

La mission consistera à développer et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques pour le traitement et l'intégration de ces données, à identifier des signatures moléculaires liées à la progression de la maladie et au pronostic, et à contribuer à leur valorisation scientifique au sein d'un consortium multidisciplinaire associant cliniciens, biologistes, biostatisticiens et partenaires nationaux et internationaux.

Activités principales:

Traitement et analyse de données RNA-seq (bulk, single-cell et spatiale).

Développement/adaptation de workflows bioinformatiques (QC, alignement, clustering, analyse différentielle, pathway analysis).

Intégration des données omiques avec les données cliniques.

Gestion et organisation des données.

Collaboration avec les équipes de Strasbourg, Henri Mondor et partenaires internationaux.

Contribution aux publications scientifiques.

Spécificités et environnement du poste:

Participation à un projet ANRS multicentrique d'envergure nationale et internationale, en collaboration avec Strasbourg, Henri Mondor et des partenaires académiques/industriels.

Intégration dans un environnement translationnel unique, à l'interface de la recherche fondamentale, de la clinique et de la bioinformatique.

Accès à des plateformes technologiques de pointe (RNA-seq, single-cell, transcriptomique spatiale, imagerie), avec possibilité de formation aux nouvelles approches.

Connaissances:

Bioinformatique appliquée à la génomique et transcriptomique.

Statistiques appliquées à la biologie.

Connaissance des environnements HPC et de la gestion de données sensibles.

Savoir-faire:

Maîtrise de R et/ou Python, packages usuels (DESeq2, edgeR, ggplot2, Seurat/Scanpy apprécié).

Développement de scripts et automatisation de pipelines.

Bonne capacité de visualisation et présentation des données.

Anglais scientifique.

Aptitudes:

Capacité d'apprentissage et d'adaptation.

Esprit collaboratif, goût pour l'interdisciplinarité.

Rigueur et autonomie.

Expériences souhaités:

Expérience en analyse RNA-seq indispensable.

Expérience en single-cell ou spatial omics : un atout, mais formation possible au sein du projet.

Niveau de diplôme et formations: Master 2 ou Doctorat en bioinformatique, biostatistiques, mathématiques appliquées, sciences des données ou disciplines proches.

Date de prise de fonction: 01/05/2026

Durée: 12 mois renouveable

Temps plein: 38h30: 32 congés et 13 RTT

Télétravail: oui à discuter avec superviseur

Rémunération: A partir de € jusqu'à € brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.

Restauration collective

Prise en charge des fais de transports à 75%

RTT