Thèse en bioinformatique/modélisation structurale

Description du Poste
Sujet De Thèse Le/la doctorant(e) recruté(e) contribuera au projet PREBACTOR (ANR 2026), qui vise à élucider les mécanismes moléculaires de la prédation bactérienne chez Myxococcus xanthus, une bactérie prédateur clé des écosystèmes telluriques. Plus précisément, il/elle se concentrera sur la génération d’un réseau d’interactions protéine-protéine (PPI) entre les appareils Kil et T3SS
* à l’aide de modèles de prédiction structurale basés sur des réseaux de neurones profonds (AlphaFold2/3, Boltz-2, RosettaFold3, etc.).
L’objectif est de cartographier les interactions intra
- et inter-complexes entre les protéines de ces deux systèmes, essentiels pour la prédation par contact. Votre Environnement de Travail Le/la doctorant(e) sera accueilli(e) au Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC, UMR5239), à l’École Normale Supérieure de Lyon, au sein de l’équipe DAMM (Riccardo Pellarin et Juliette Martin). L’équipe est spécialisée dans la modélisation des assemblages macromoléculaires et l’utilisation de méthodes computationnelles pour étudier les interactions protéiques à grande échelle. Le LBMC dispose d’un accès privilégié aux ressources du Centre Blaise Pascal (CBP) et du Pôle Scientifique de Modélisation Numérique (PSMN), incluant des clusters de calcul équipés de GPU haut de gamme (H200, GH200, A6000, etc.) Contraintes et risques pas de risque identifié Rémunération et avantages Rémunération La rémunération est de 2 300€ brut mensuel Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos
de l’offre Référence de l’offre UMR5239-JULMAR-002 Section(s) CN / Domaine de recherche Mathématiques et interactions des mathématiques

À propos
du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche