Ingénieur en analyse d’images et traitement de données – Thérapie génique

Description du Poste
Les Missions Dans le cadre d’un projet international de thérapie génique pour le syndrome de Dravet, l'agent contribuera activement à l’évaluation des vecteurs viraux développés au laboratoire, en particulier à travers :
• Le développement, l’implémentation et l’optimisation de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction virale dans des tissus cérébraux.
• L’analyse d’images issues de la microscopie confocale et à champ large, en lien avec les marquages cellulaires et les zones de transduction.
• La participation à l’analyse de données transcriptomiques (bulk et single-cell RNA-seq) et de transcriptomique spatiale, en collaboration avec les plateformes et les équipes bioinformatiques.
• L’intégration des résultats d’imagerie et d’analyse génomique pour aider à cartographier les réseaux neuronaux modifiés suite à l’injection des vecteurs viraux.
• La documentation des analyses, la rédaction de protocoles, et la participation à la valorisation scientifique du projet (rapports, publications, présentations).
• Concevoir et développer des applications et outils logiciels dédiés à l'analyse d'images (interfaces utilisateur, plugins, scripts packagés), permettant aux biologistes de l'équipe d'exécuter les pipelines de façon autonome. L'Activité ◦ Prétraitement, segmentation et quantification d’images issues d’immunohistochimie et d’immunofluorescence sur tissu cérébral (modèles murins).◦ Utilisation de logiciels tels que Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik, et outils de traitement par scripts personnalisés (Python ou R).◦ Développement ou adaptation de workflows automatisés pour l’analyse d’images en grand volume (batch analysis), incluant la reconnaissance cellulaire, la mesure d’intensité et la cartographie des signaux.◦ Contribution à l’analyse de données transcriptomiques et spatiales, en lien avec les résultats d’imagerie (compétences en visualisation, clustering, annotation cellulaire).◦ Collaboration étroite avec les biologistes, virologues, et bioinformaticiens du laboratoire ainsi qu’avec la plateforme d’analyse de l’IGMM.◦ Participation à l’interprétation biologique des données et à la formulation d’hypothèses sur les effets de la thérapie génique sur les circuits neuronaux.◦ Documentation précise des workflows utilisés, mise en place de procédures reproductibles (versioning, traçabilité), et participation à la diffusion scientifique des résultats.◦ Développement, test et maintenance d'applications d'analyse d'images (par ex. plugins Fiji/ImageJ, extensions QuPath, applications Python), incluant la gestion des versions (Git) et la rédaction de la documentation utilisateur.

Votre Profil
Compétences Formation et expérienceNiveau de formation requis : ◦ Licence (bac+3) avec 3 à 5 ans d'expérience en analyse d'images biologiques. ◦ Maîtrise des outils d’analyse d’images (Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik…).◦ Connaissances de base en programmation scientifique (Python, R).◦ Capacité à gérer des workflows analytiques et à produire des rapports clairs et reproductibles.◦ Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’oral et à l’écritCompétences attendues : Compétences techniques◦ Maîtrise des outils d’analyse d’images microscopiques : Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik.◦ Compréhension des principes de microscopie fluorescence et confocale ; capacité à dialoguer avec des spécialistes de l’imagerie.◦ Expérience dans le développement ou l’adaptation de workflows d’analyse semi-automatisés.◦ Connaissances de base en programmation scientifique : Python ou R (ex. : gestion d’images, traitement de fichiers, visualisation de données).◦ Une première exposition à l’analyse de données de transcriptomique (bulk/single-cell) ou spatiale est un atout.◦ Capacité à produire une documentation technique claire, à assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses.◦ Expérience en développement d'applications ou d'outils logiciels pour l'analyse d'images biologiques, de la conception à la mise à disposition des utilisateurs.
Compétences transversales◦ Rigueur, sens de l’organisation et autonomie dans la gestion de tâches techniques.◦ Curiosité scientifique et volonté d’apprendre des outils et méthodes variés.◦ Bon relationnel et aptitude à travailler en interface avec des biologistes, bioinformaticiens, ingénieurs en imagerie et personnels de plateformes.◦ Capacité à s’adapter aux évolutions des besoins du projet (nouveaux outils, nouvelles données).◦ Compétences en communication écrite et orale, en anglais (lecture de publications, rédaction de protocoles, échanges en consortium international).
Autres compétences appréciéesContraintes et risques :
• Travail prolongé sur écran.
• Respect des échéances liées au calendrier du projet et aux réunions du consortium international.
• Respect des règles de confidentialité et de sécurité des données du projet (données