Thèse : Validation d'un nouveau capteur de terrain, basé sur la rt-ddLAMP, pour la détection précoce des microalgues toxiques en milieu côtier

Date de clôture de réception de candidatures : 20/11/2026 Quel est le sujet de la thèse ? Les proliférations d'algues toxiques (Harmful Algal Blooms, HAB) constituent un enjeu majeur pour les écosystèmes marins, la santé publique et les activités économiques liées au littoral, notamment la conchyliculture et le tourisme. Bien que ces phénomènes soient naturels, leur répartition spatiale, saisonnalité et intensité sont susceptibles d'être fortement affectées par les changements environnementaux. Certaines espèces produisent des phycotoxines susceptibles de s'accumuler dans les coquillages, entraînant des risques sanitaires et des fermetures temporaires des zones de production. En l'absence de moyens permettant de prévenir ces proliférations, la surveillance des eaux côtières et des coquillages demeure la principale stratégie de gestion. Toutefois, les méthodes actuelles de détection, principalement fondées sur l'identification microscopique, sont longues, nécessitent une expertise spécialisée et ne permettent pas toujours une réponse suffisamment rapide. Le développement de méthodes moléculaires sensibles, spécifiques et directement utilisables sur le terrain représente ainsi un enjeu scientifique et opérationnel majeur. Les techniques d'amplification d'ADN, comme la ddPCR (digital droplet PCR) et la loop-mediated isothermal amplification (LAMP), permettent de détecter et quantifier ces organismes avec précision. La méthode LAMP est particulièrement intéressante pour des analyses sur le terrain car elle fonctionne à température constante et est la méthode de choix pour le développement de biocapteurs de terrain. Cette thèse s'inscrit dans le projet ALARMM, qui ambitionne de développer un dispositif de ddLAMP en temps réel (rt-ddLAMP). Cette nouvelle technologie permettra une détection rapide, fiable et peu coûteuse des microalgues toxiques directement sur le terrain. Quelles seront les objectifs de la thèse ?
- Valider et optimiser le développement du biocapteur ALARMM
- Comparer les différentes techniques de détection et quantification moléculaires avec les méthodes de référence utilisées en surveillance (échantillons du Rephy, du projet ToxDiag)
- Analyser la phénologie de deux espèces de microalgues (Alexandrium minutum et Pseudo-nitzschia australis) sur des séries temporelles en utilisant la technique développée dans ALARMM. Comment se déroulera votre activité ? Cette thèse bilocalisée sera réalisée principalement au centre Ifremer de Bretagne (Plouzané), au sein d'une équipe spécialisée dans la surveillance des microalgues toxiques et de R&D. Une partie des travaux sera réalisée au CEA-Leti (Grenoble), coordinateur du projet ALARMM, afin de développer et valider le capteur. Le·la doctorant·e évoluera dans un environnement pluridisciplinaire à l'interface entre biologie moléculaire, microfluidique et surveillance environnementale. Quels sont nos avantages ?
- Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux. Nous avons une politique d'incitation à la mobilité douce : forfait mobilité durable.
- Nous avons une politique ambitieuse de développement des compétences de nos collaborateurs, au travers des actions de formation individuelles ou collectives.
- Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée de nos raisons d'être. Quelles sont les prochaines étapes ?
- Évaluation de votre dossier
- Entretien physique ou en visioconférence
- Entretien, lors d'une commission à l'école doctorale, avec des interlocuteurs de l'école doctorale et de l'Ifremer
- Validation du dossier par le conseil de l'école doctorale Comment postuler ? Le dossier de candidature doit comprendre dans un même pdf :
- un CV
- une lettre de motivation
- une ou deux lettre(s) de référence
- un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2) Pour candidater, merci de déposer votre dossier comprenant une lettre de motivation et un CV détaillé sur la plateforme Amethis avant le 20 novembre 2026 https://amethis.doctorat.org/amethis-client/prd/consulter/offre/3787 Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines. L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa fili