Ingénieur de recherche en bioinformatique

Missions :
L’ingénieur aura pour mission principale de définir et développer un pipeline d’analyse de données de métabarcoding pour le traitement des données générées dans le cadre du PEPR Dynabiod :

- Définir le pipeline en collaboration avec l’ingénieur responsable de l’encadrement et les autres membres du projet.
- Développer le pipeline en Nextflow en privilégiant la réutilisation de composants déjà existants (nf-core) et en apportant un soin particulier à la modularité.
- Evaluer les performances tant en terme de ressources informatiques nécessaires qu’en terme de fiabilité des résultats obtenus
Activités :
- Veille scientifique et bibliographique pour la définition du pipeline et de ces différentes étapes.
- Développer le pipeline à l’aide de Nextflow mais également, si nécessaire, des scripts de traitement pour les étapes internes du pipeline (bash, python et R)
- Documenter les développements, rédiger des tutoriaux et assurer un support technique aux utilisateurs
- Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)
Contexte de travail :
L’ingénieur sera intégré au Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod. Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives…) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios).

Le poste sera basé au Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA : https://leca.osug.fr/) à Grenoble. Vous rejoindrez le plateau technique « Modélisation Code & Analyses » (MOCA) mais serez amené à interagir régulièrement avec les autres membres du Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod.