Ingénieur-e biologiste en analyse de données
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Vos missions en quelques mots
Mission principale:
Le/la bioinformaticien·ne recruté·e travaillera au sein du projet Delta-DECODE, financé par l’ANRS, qui vise à déchiffrer les interactions entre le virus de l’hépatite Delta (HDV) et le microenvironnement hépatique. Ce projet repose sur une large cohorte de biopsies hépatiques de patients, et utilise des approches de pointe : RNA-seq bulk, single-cell transcriptomics et transcriptomique spatiale à haute résolution.
La mission consistera à développer et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques pour le traitement et l’intégration de ces données, à identifier des signatures moléculaires liées à la progression de la maladie et au pronostic, et à contribuer à leur valorisation scientifique au sein d’un consortium multidisciplinaire associant cliniciens, biologistes, biostatisticiens et partenaires nationaux et internationaux.
Activités principales:
Traitement et analyse de données RNA-seq (bulk, single-cell et spatiale).
Développement/adaptation de workflows bioinformatiques (QC, alignement, clustering, analyse différentielle, pathway analysis).
Intégration des données omiques avec les données cliniques.
Gestion et organisation des données.
Collaboration avec les équipes de Strasbourg, Henri Mondor et partenaires internationaux.
Contribution aux publications scientifiques.
Profil recherché
Spécificités et environnement de poste:
Participation à un projet ANRS multicentrique d’envergure nationale et internationale, en collaboration avec Strasbourg, Henri Mondor et des partenaires académiques/industriels.
Intégration dans un environnement translationnel unique, à l’interface de la recherche fondamentale, de la clinique et de la bioinformatique.
Accès à des plateformes technologiques de pointe (RNA-seq, single-cell, transcriptomique spatiale, imagerie), avec possibilité de formation aux nouvelles approches.
Connaissances:
Bioinformatique appliquée à la génomique et transcriptomique.
Statistiques appliquées à la biologie.
Connaissance des environnements HPC et de la gestion de données sensibles.
Savoir-faire:
Maîtrise de R et/ou Python, packages usuels (DESeq2, edgeR, ggplot2, Seurat/Scanpy apprécié).
Développement de scripts et automatisation de pipelines.
Bonne capacité de visualisation et présentation des données.
Anglais scientifique.
Aptitudes:
Capacité d’apprentissage et d’adaptation.
Esprit collaboratif, goût pour l’interdisciplinarité.
Rigueur et autonomie.
Expériences souhaités:
Expérience en analyse RNA-seq indispensable.
Expérience en single-cell ou spatial omics : un atout, mais formation possible au sein du projet.
Niveau de diplôme et formations:
Master 2 ou Doctorat en bioinformatique, biostatistiques, mathématiques appliquées, sciences des données ou disciplines proches.
Date de prise de fonction: 01/05/2026
Durée: 12 mois renouvelable
Temps plein: 38h30: 32 congés et 13 ARTT
Télétravail: oui à discuter avec superviseur
Rémunération: A partir de 2927.84€ jusqu’à 4295.15€ brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.
Localisation
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Éléments de candidature
Personnes à contacter
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Il y a 6 jours
Strasbourg, Grand Est, France DIGWAY Temps pleinContexte / Projet DIGWAY recrute un(e) Ingénieur(e) Support & Exploitation Middleware (N2) pour intervenir sur un projet client en cours, au sein d'un environnement collaboratif et stimulant. Vous intégrerez une équipe déjà structurée et engagée sur des objectifs clairs, avec un périmètre défini, des livrables identifiés et une réelle valeur...
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Ingénieur Méthodes Logistique
Il y a 17 heures
Strasbourg, Grand Est, France ALTEN Temps pleinDescription de l'entrepriseLeader de l’Ingénierie et des IT Services, ALTEN accompagne les grands groupes industriels sur leurs projets de développement et d’innovation. Présent dans plus de 30 pays, le Groupe intervient sur des projets à forte valeur ajoutée dans les secteurs de l’énergie, du ferroviaire, de l’aéronautique, de l’automobile,...
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Il y a 3 jours
Strasbourg, Grand Est, France ALTEN Temps pleinDescription de l'entreprise Leader de l’Ingénierie et des IT Services, présent dans plus de 30 pays, le groupe ALTEN accompagne la stratégie de développement de ses clients dans les domaines de l’innovation, de la R&D et des systèmes d'information technologiques. Plus qu’un poste, découvrez l’aventure qui vous attend au sein d’une...
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Il y a 1 jour
Strasbourg, Grand Est, France AMEG GROUP Temps pleinRejoignez AMEG GROUP : L'Esprit d’un groupe à taille humaine au service de grands projets !Depuis plus de 40 ans, AMEG GROUP s'est distinguée comme une société d'ingénierie de premier plan, tout en conservant la proximité avec ses clients. Avec plus de 250 collaborateurs répartis sur plus de 10 agences en France, nous offrons des services de...
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Strasbourg, Grand Est, France AMEG GROUP Temps pleinRejoignez AMEG GROUP : L'Esprit d’un groupe à taille humaine au service de grands projets !Depuis plus de 40 ans, AMEG GROUP s'est distinguée comme une société d'ingénierie de premier plan, tout en conservant la proximité avec ses clients. Avec plus de 250 collaborateurs répartis sur plus de 10 agences en France, nous offrons des services de...
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Ingénieur Méthodiste Industrialisation Électricité
Il y a 3 jours
Strasbourg, Grand Est, France Nexeo Temps plein 65 000 € - 85 000 € ContratIngénieur Méthodiste Industrialisation Électricité (H/F) Leader de l’Ingénierie et des IT Services, présent dans plus de 30 pays, le groupe ALTEN accompagne la stratégie de développement de ses clients dans les domaines de l’innovation, de la R&D et des systèmes d'information technologiques. Plus qu’un poste, découvrez l’aventure qui vous...
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Ingénieur Electronique de Puissance F/H
Il y a 4 jours
Strasbourg, Grand Est, France Serma Group Temps plein 55 000 € - 75 000 € ContratSERMA GROUP renforce son équipe d’ingénierie électronique à Strasbourg pour soutenir ses projets. Nous recherchons un(e) Ingénieur Électronique de puissance expérimenté(e), capable de concevoir, valider et intégrer des systèmes électroniques embarqués de haute fiabilité sur des technologies avancées. Dans le cadre du développement de nos...
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Ingénieur Testeur Automaticien H/F
Il y a 5 jours
Strasbourg, Grand Est, France Econocom Temps plein 42 000 € - 60 000 € ContratNous vous invitons à relever de nouveaux challenges et à évoluer sur des projets d’expertise et d’innovationen prenant part à l’aventure Econocom.L’activité Services & Solutions en région Grand Est accompagne ses clients grands comptes et institutions publiques dans tout secteur d’activité dans la transformation de leur système...
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STAGIAIRE
Il y a 7 heures
Strasbourg, Grand Est, France Legrand Temps pleinJob Description Spécialiste mondial des infrastructures électriques et numériques, nos 39 600 salariés présents dans le monde entier, contribuent à améliorer le confort et réduire l’emprunte carbone des résidences, bâtiments et centres de données. Chaque jour, nous nous engageons collectivement pour répondre aux enjeux technologiques,...
