Ingénieur d'études en analyse des données NGS et reséquençage h/f

REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITÉ

Ancrée au coeur de la capitale, l’Université Paris Cité est une université de recherche intensive, omnidisciplinaire, labélisée IdEx, avec une forte dimension
professionnalisante. Elle se positionne au meilleur niveau international pour le
rayonnement et l’originalité de sa recherche, la diversité et l’attractivité de ses parcours
de formation, sa capacité d’innovation et sa participation active à la construction d l’espace européen de la recherche et de la formation. Université à impact positif pour la société, l’Université Paris Cité a fait de la « santé planétaire » sa signature : « des êtres humains en bonne santé, au sein de sociétés en bonne santé, sur une planète en bonne santé ».
Lauréate de nombreux appels à projet d’investissements d’avenir (PIA), l’Université Paris Cité s’appuie sur les compétences et l’engagement de l’ensemble de ses communautés académiques, administratives et techniques, et sur le dynamisme de sa communauté étudiante, pour développer des projets de recherche et de formation à forte valeur ajoutée, et former les citoyennes et les citoyens de demain, dans un monde en transition.

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PRÉSENTATION DE LA DIRECTION/STRUCTURE D'ACCUEIL DU POSTE

La Structure Fédérative de Recherche (SFR) Necker est une unité mixte de services, reconnue par trois tutelles, l’Université Paris Cité, l’Inserm, et le CNRS. La SFR Necker a pour mission de développer et d'optimiser les plateformes technologiques et de contribuer à l’animation scientifique du site Necker.
Elle est au service des équipes de recherche du site Necker mais est également ouverte aux équipes
externes.

RÉSUMÉ DU POSTE

Gérer les données en provenance des plateformes de séquençage.

Veiller à la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses réalisées.

Assurer le lien avec la plateforme génomique de la SFR Necker et de l’institut Imagine.

Participer à l’évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l’analyse des données génomiques.

DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS

 Suivi opérationnel des projets de reséquençage.

 Lancement des pipelines d’analyse et contrôle qualité des données.

Préparation, structuration et intégration des données dans les bases de données de la plateforme.

Collaboration avec les différentes plateformes et les utilisateurs pour répondre efficacement aux

besoins et fluidifier les process.

Documentation des analyses et gestion de la traçabilité.

Participation à la formation des utilisateurs et à la diffusion des bonnes pratiques.

Participation à des réunions, formations, congrès et groupes de travail.

Veille scientifique et technologique sur les technologies de séquençage et d’analyse bio-informatique.

Respect de délais contraints pour certains projets prioritaires ou à caractère diagnostique.

Connaissances

Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.

Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).

Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.

Environnements de calcul haute performance (HPC).

Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.

Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle

Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…

Anglais scientifique et technique…

Savoir-faire – Compétences opérationnelles

Bioinformatique et génomique

Connaissance des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.

Connaissance des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique

(RNA-seq), single-cell et long-read.

Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.

Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.

Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et des

standards de qualité associés.

Informatique et gestion des données

Maîtrise des environnements Linux/Unix.

Connaissance des langages de script (Bash, Python, Perl ou équivalent).

Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou

équivalent).

Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement

logiciel.

Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC)

Connaissance des ordonnanceurs de tâches (Nextflow, Snakemake ..)

Savoir-être – Compétences comportementales

Sens de l’organisation.

Rigueur scientifique et méthodologique.

Aptitude au travail en équipe.

Autonomie et capacité d’initiative.

Qualités relationnelles et pédagogiques.

Réactivité face aux demandes urgentes.