Thèse - Couplage innovant expérience/modélisationpour évaluer le rôle des amibes dans la dissémination

Sujet de thèse :
L’antibiorésistance (ABR) est une menace globale touchant la santé humaine, animale et environnementale. Limiter ses réservoirs
environnementaux nécessite de mieux comprendre ses voies de dissémination. Si les eaux usées et de surface sont bien étudiées, le rôle
des sols reste encore peu exploré. Les sols sont pourtant des réservoirs majeurs de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs)
porteuses de gènes de résistances aux antibiotiques (GRAs). Dans ce milieu tellurique, les protistes (micro-eucaryote), notamment les
amibes, jouent un rôle important dans la régulation des populations bactériennes via leur activité de prédation. Cependant, des bactéries
parmi lesquelles des pathogènes opportunistes dont des BRAs, résistent à la lyse amibienne après leur phagocytose et persistent alors
dans le microbiote amibien. Les amibes pourraient alors jouer un rôle clé comme vecteurs de bactéries(gènes) résistantes aux
antibiotiques (BRAs/GRAs). Par une approche interdisciplinaire intégrée «One Health», la thèse propose d’étudier l’influence des
propriétés des sols sur la survie et la mobilité des amibes, des BRAs et GRAs (marquages moléculaires). Un couplage innovant
expérience/modélisation (réacteurs, carottes de sol, tomographie X, modèle hydrobiogéochimique) permettra de quantifier leur transport
dans le sol et prédire le risque de dissémination de l’AMR.
Contexte :
L'Institut des Géosciences de l'Environnement (IGE, http://www.ige-grenoble.fr) est un établissement public de recherche français sous tutelle du CNRS Terre & Univers, de l'IRD, de l'Université Grenoble Alpes (UGA), de Grenoble-INP et de l'INRAE. Il rassemble environ 330 personnes dont 190 membres permanents (chercheurs, professeurs associés et titulaires, ingénieurs de recherche), et environ 140 doctorants, chercheurs post-doctorants et personnels en CDD. L'Institut accueille également chaque année plusieurs dizaines de stagiaires et de visiteurs scientifiques. L'Institut est installé sur trois sites du Campus universitaire de Grenoble (sites Molière, OSUG-B, et Maison Climat Planète). L'IGE est l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) qui est une structure fédérative de l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU) du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS).