CDD Post-doc en génomique de la levure

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Le post-doctorant contribuera au projet ANR EDGES (Evolving genomes beyond species boundaries), qui étudie comment les génomes acquièrent, assimilent et font évoluer de grandes quantités d'ADN étranger et d'ADN propre supplémentaire (fsDNA) chez la levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae. Il/elle pilotera des travaux sur l'absorption naturelle d'ADN environnemental, la reprogrammation de l'accouplement pour permettre l'hybridation interspécifique, et le potentiel adaptatif du fsDNA par évolution expérimentale. Il/elle collaborera également aux autres projets en cours dans l'équipe (https://ircan.org/en/research/gianni-liti).
Activités :
Le post-doctorant réalisera des expériences et des analyses computationnelles afin de déterminer comment l'ADN étranger pénètre dans les cellules de levure, comment il y est maintenu, et quelles en sont les conséquences phénotypiques et évolutives. Tâches principales :
* Conception et utilisation d'un mini-chromosome artificiel linéaire de levure portant un rapporteur fluorescent pour mesurer l'absorption naturelle d'ADN dans différents fonds génétiques et conditions écologiquement pertinentes, incluant le tri cellulaire, la transcriptomique et la cartographie par GWAS des déterminants génétiques de la compétence naturelle
* Ingénierie d'un système d'accouplement synthétique pour lever les barrières prézygotiques et permettre l'hybridation et la cytoduction entre S. cerevisiae et des espèces éloignées non-Saccharomyces, suivies à l'échelle de la cellule unique par fluorescence et microscopie time-lapse
* Évolution adaptative en laboratoire de souches portant de l'ADN étranger ou de l'ADN propre supplémentaire sous contraintes (p. ex. température élevée, stress osmotique), avec séquençage Nanopore à lectures longues pour suivre la dynamique du fsDNA
* Phénotypage sur l'ensemble du cycle de vie de la levure (croissance, accouplement, sporulation, quiescence, vieillissement) et test de l'isolement reproductif entre lignées évoluées et ancestrales
* Caractérisation multi-omique (séquençage à lectures longues, capture de conformation des chromosomes, transcriptomique, protéomique) des clones évolués, en collaboration avec les partenaires du consortium (Sorbonne Université et Institut Pasteur)
Contexte de travail :
Le post-doctorant sera affecté à l'équipe du Dr Gianni LITI « Génomique des populations et caractères complexes ». L'équipe est l'une des équipes fondatrices de l'IRCAN et est située à la Faculté de Médecine de Nice. Elle dispose de tout l'équipement nécessaire aux expériences de génétique et de génomique de la levure et a accès à des plateformes de pointe en microscopie, cytométrie et génomique, ainsi qu'à des serveurs de calcul et de stockage. Le travail sera réalisé au sein du consortium EDGES, en étroite collaboration avec les équipes de Gilles Fischer (Sorbonne Université) et de Romain Koszul (Institut Pasteur).

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
* Une expérience préalable en génétique et génomique de la levure est indispensable
* Une connaissance approfondie de l'analyse bioinformatique de données de séquençage nouvelle génération et de solides bases en statistiques sont indispensables
* Une expérience en évolution expérimentale, biologie synthétique ou ingénierie des génomes (p. ex. CRISPR/Cas9), en cytométrie/tri cellulaire, en microscopie et en séquençage à lectures longues est souhaitée
* Bonnes capacités de communication et aptitude à travailler au sein d'un consortium multi-équipes
Contraintes et risques :
Le système avec lequel nous travaillons (la levure) est connu pour être sûr et non pathogène. Certains des produits chimiques utilisés dans les expériences sont toxiques et doivent être manipulés conformément aux instructions. Une initiation à la sécurité sera dispensée avant le début des activités expérimentales.