Ingénieur·e de recherche en ADN environnemental et analyse spatiale de l’érosion en montagne

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous serez accueilli·e au sein de l’UMR AMAP, à Montpellier, dans le cadre du projet européen FLLORA consacré à la restauration et à l’adaptation des écosystèmes forestiers et d’eau douce. Vous travaillerez sur des bassins versants des Alpes françaises afin de mieux comprendre l’origine des sédiments et leurs voies de transfert vers les cours d’eau.

Votre mission consistera à développer et appliquer une méthode associant ADN environnemental (ADNe), analyses spatiales et données hydrologiques pour identifier les zones sources de sédiments et cartographier les voies préférentielles de transfert de l’érosion.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

▪  Préparer et réaliser les campagnes de terrain dans les Alpes : choix des sites, prélèvements de sols et de sédiments, relevés environnementaux, conservation et traçabilité des échantillons.

▪  Effectuer les analyses moléculaires : extraction d’ADNe, PCR, préparation des bibliothèques et réalisation/organisation du séquençage.

▪  Mettre en œuvre et adapter les pipelines bioinformatiques : contrôle qualité, traitement des séquences, assignation taxonomique et analyse des communautés végétales.

▪  Comparer les signatures ADNe des sédiments et des zones sources potentielles, en évaluant les incertitudes et les limites de la méthode.

▪  Croiser les résultats avec les données SIG, topographiques, hydrologiques et de connectivité sédimentaire pour produire des cartes des zones sources et des voies de transfert.

▪ Documenter les méthodes et les données, présenter les résultats aux partenaires du projet et contribuer aux livrables et publications scientifiques.

▪  Formation recommandée : doctorat ou formation supérieure en écologie moléculaire, biologie moléculaire, sciences de l’environnement ou discipline proche, avec compétences complémentaires en géomatique et/ou hydrologie.

▪  Connaissances souhaitées : ADNe et métabarcoding, PCR et séquençage haut débit ; bioinformatique et analyses statistiques ; SIG, processus d’érosion, hydrologie et connectivité sédimentaire.

▪  Expérience appréciée : conduite de campagnes de terrain, analyses d’ADNe, développement ou utilisation de pipelines (R/Python) et cartographie (QGIS/ArcGIS). Une expérience en milieu montagnard est un atout.

▪  Aptitudes recherchées : autonomie, rigueur, sens de l’organisation