Ingénieur-e développement pour le data brokering des données de microbiomes et santé.

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Cloud4sams du PEPR SAMS qui vise à proposer une Preuve de Concept pour une infrastructure numérique distribuée et sécurisée permettant aux scientifiques d’exploiter des données de microbiomes et de santé.

Au sein de ce projet, nous souhaitons proposer une solution pilote pour la gestion des données et métadonnées de microbiomes d’origine Humaine depuis leur production jusqu’à leur publication au sein d’entrepôts publics sécurisés dédiés (ex : FEGA).

Dans ce contexte, vous serez chargé de travailler avec les membres du projet Cloud4sams pour proposer une solution

logicielle permettant : 

• la gestion des métadonnées en respectant les standards internationaux du domaine et les contraintes juridiques, sécuritaires et réglementaires liées au caractère potentiellement identifiant des informations
• En collaboration avec les partenaires du projet, la définition et la mise en oeuvre de critères pour évaluer la qualité des données et métadonnées issues de microbiomes humains
• Le développement d’une première brique logicielle dédiée à la collecte, la validation et au dépôt automatisé des données dans des entrepôts publics sécurisés. Ce travail s’appuiera sur le développement récent de l’outil madbot (https://madbot.france-bioinformatique.fr) qui permet la mise en place de connecteurs dédiés à des entrepôts et s’effectuera en partenariat avec l’équipe de développement en charge du pilotage du projet. 
• La rédaction d’un guideline de gestion et soumission des données et métadonnées du microbiote humain et la contribution à l’élaboration d’un support de formation.

Connaissances souhaitées

Maitrise de la programmation

Méthodologie de gestion de projets informatiques

Connaissances méthodologie DevOps :gestion de code source, intégration et déploiement continu

Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

Expérience appréciée : 

Développement logiciel

Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique

Aptitudes recherchées :

Capacité à travailler en équipe, y compris à distance

Sens de l’écoute, bon relationnel

Bonne gestion de son temps

Rigueur