Ingénieur H/F en Bioinformatique

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Nous recrutons un·e ingénieure / ingénieur en bioinformatique pour travailler sur un projet mêlant biologie du développement et cancérologie pédiatrique. La principale mission consistera à analyser de nouvelles données single-nucleus RNA-seq générées à partir d’un modèle de transplantation in vivo de cellules tumorales humaines dans leur territoire d’émergence au sein d’un embryon aviaire.
Activités :
Les missions principales incluront :
• Analyse et traitement des données single-nucleus.
• Comparaison des résultats obtenus avec des données de patients humaines publiques ou des nouvelles données issues de collaborations.
• Application de méthodes bio-informatiques pour l’annotation cellulaire, l’identification de sous-populations, l’analyse des trajectoires développementales, de communication cellulaire, d’enrichissement en processus biologiques etc.
• Collaboration étroite avec les biologistes de l’équipe pour interpréter les résultats et orienter les analyses.
• Développement de pipelines pour automatiser le traitement des données et assurer leur reproductibilité.
• Visualisation et présentation des résultats sous forme de rapports et de figures scientifiques.

Contexte de travail :
• Contrat CDD de 6 mois renouvelable 6 mois

L'Ingénieur H/F sera intégré à une équipe comprenant 1 ingénieur Bio-informaticien, et sera environné d'autres expertises en analyse de données. L'unité est située au coeur du campus de Lyon-Est à proximité des transports en commun.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Formation : Un Master ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistiques sera un atout. Une expérience confirmée en analyse de données single-cell ou single-nucleus est indispensable.
• Compétences techniques :
Expérience en programmation (R, Python) et en gestion de données. Maîtrise des outils d'analyse single-cell (Seurat, CellChat, GSEA etc.).
• Qualités personnelles :
Rigueur, autonomie et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
Contraintes et risques :