Ingénieur de recherche en analyse d'images médicales

Université Côte d’Azur est un grand Établissement Public à Caractère Scientifique Culturel et Professionnel dont les missions fondamentales sont la Formation des étudiantes et des étudiants et des professionnelles et professionnels, une Recherche d’excellence et une Innovation au service de tous et toutes. Depuis le 1er janvier 2020, cet établissement public expérimental vise à développer le modèle du 21ème siècle pour les universités françaises, basé sur de nouvelles interactions entre les disciplines (pluridisciplinarité et transdisciplinarité), avec une volonté de dynamique collective articulant Formation-Recherche-Innovation, ainsi que de solides partenariats locaux, nationaux et internationaux avec les secteurs public et privé.

La planification de la réduction chirurgicale des fractures osseuses est fondamentale en orthopédie et en traumatologie. Dans le cas des fractures complexes touchant les régions du poignet, du genou, et du bassin, l’enjeu pour le système de santé national est particulièrement important, car ces traumatismes sont d’une fréquence élevée, ont un impact considérable sur la qualité de vie des patients, et demandent un haut niveau d’expertise de la part du chirurgien.

C’est pour cette raison que le projet de Recherche Hospitalo-Universitaire (RHU) ReBone, une initiative de recherche collaborative d'ampleur nationale, vise à améliorer la prise en charge des patients victimes des fractures osseuses complexes du radius distale, du plateau tibial, et de la cotyle du bassin. Ce projet implique des chirurgiens ainsi que des chercheurs en science des données, des matériaux, et en imagerie biomédicale issus de différents partenaires publics et privés français. Parmi les objectifs de ce projet figure la création d'algorithmes automatisés pour la segmentation et la réduction des fragments osseux détectés à l’aide de l’imagerie scanner ainsi que la création de bases de données annotées servant de référence.

Le défi principal de cette dernière tâche est de prendre en compte les structures fracturées dont les morphologies peuvent être très irrégulières et variables en fonction du traumatisme du patient. Une bonne connaissance anatomique étant nécessaire pour la bonne identification des fragments osseux, ce processus implique une collaboration étroite entre chirurgiens experts et des chercheurs en imagerie biomédicale. Pour répondre à ces défis, l’ingénieur de recherche travaillera sur :

· La conception et documentation en français d’un outil de segmentation de structures osseuses fracturées pouvant être déployé au sein d'un service de traumatologie.

· La segmentation d'image automatisée de l’anatomie osseuse ainsi que des différents fragments osseux dans les images tomodensitométriques utilisant l'intelligence artificielle.

· Le développement d'outils interactifs de correction en trois dimensions de la segmentation d'images

· La génération de cartes de segmentation "vérité-terrain" à l'aide des outils précédents en collaboration étroite avec des chirurgiens orthopédistes.

· La bonne intégration de ces développements au sein du projet RHU ReBone.

Pour répondre aux besoins du projet ReBone, le profil recherché doit correspondre aux critères suivants :

· Master ou doctorat en informatique ou traitement du signal

· Expérience dans le traitement des images médicales

· Expérience en développement Python et Pytorch

· Expérience en techniques d'apprentissage profond

Des connaissances sur des outils d'annotation interactive sont considérés comme un plus.