Ingénieur d'étude H/F en biologie moléculaire

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Ce poste s'inscrit dans un projet pluridisciplinaire financé par un PEPR regroupant sept équipes dans les domaines de la virologie, la chimie, la statistique physique et la biochimie dans le but de définir le rôle des modifications épitranscriptomiques sur le cycle des paramyxovirus (dont les virus de la rougeole, et nipah), et leur reconnaissance par le système immunitaire inné. Les missions attribuées à notre équipe consisterons à
1) Sonder et modéliser la structure des ARN de paramyxoviridae (Rougeole, nipah virus)
2) Déterminer la carte des modifications épitranscriptomiques sur les ARN de ces virus
3) Définir l'impact des modifications épitranscriptomiques sur la dynamique structurale des ARN viraux

Activités :
- Sondage chimique SHAPE des ARN viraux transcrits in vitro ou isolés de virus (En collaboration avec l'équipe de virologie)
- Modélisation de la structure des ARN
- Méthylation des ARN in vitro
- Cartographie des sites de méthylation sur les ARN viraux issus de particules virales ou de cellules infectées (En collaboration avec l'équipe de virologie) par une technique de marquage métabolique, ou de séquençage direct des ARN (technologie nanopore).
- Identifier les changements structuraux apportés par les modifications épitranscriptomiques

Contexte de travail :
Le laboratoire CITCOM est hébergé par la faculté de pharmacie de l'université Paris Cité. Il est situé en plein centre de paris à proximité des jardins du luxembourg. Il se trouve donc également à proximité de nombreux centre de recherches parisiens, dont l'école Normale supérieure, l'Institut de bio-physico-chimie, l'hopital Cochin etc ... Le CITCOM est une unité constituée de chimiste, de biologistes structuraux et de biochimistes qui regroupe des scientifiques de compétences variées avec une forte composante sur la biochimie des protéines, des ARN, leur enzymologie et leurs structures. Nous disposons d'un équipement de biologie moléculaire et biochimie sophistiqué, l'unité vient notamment d'acquérir un microscope Cryo-EM à haute résolution. Nous avons accès privilégié à des plateformes de services pour le séquençage NGS et la spectroscopie de masse. L'équipe dirigée par B. Sargueil comprend une dizaine de membres, biologistes et biochimistes, auquel s'ajoute un sous-groupe de physiciens dont l'activité est consacrée à la modélisation et simulation in silico de la dynamique structurale des ARN. Le candidat trouvera dans l'équipe toutes les compétences nécessaires pour le conseiller et l'aider sur le projet. Par ailleurs il bénéficiera d'un réseau de collaborateurs pluridisciplinaire ou puiser de l'aide mais aussi une ouverture unique sur l'ensemble du projet.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- manipulation d'acides nucléiques et notamment d'ARN - bonnes pratiques de manipulation
- Purification des fractions d'ARN (polyadenylées, ribosomales, petits ARN)
- Ultracentrifugation, manipulation de gradient de densité
- PCR, transcription in vitro, réalisation de banque pour le séquençage NGS, réalisation de banque pour le séquençage Nanopore
- Techniques basiques de microbiologie, transformation et extraction de plasmide,
- Les technologies spécifiques seront acquises au laboratoire.

Contraintes et risques :