Stage de Master 2

Stage de Master 2 : Modélisation de la sensibilité des communautés de poissons côtiers rocheux face au changement climatique Lieu du stage : UMR MARBEC, Univ. Montpellier, CNRS, Ifremer, IRD, Montpellier, France. Faculté des Sciences, Place Eugène Bataillon, 34095, Montpellier Gratifications : Sur base légale Durée : 5 à 6 mois, début souhaité pour le mois de janvier 2027 Encadrement : Nina PRASIL–DELAVAL (Doctorante, BOREA, nina.prasil-delaval@mnhn.fr) Noémie COULON (Chercheuse postdoctorale, MARBEC, noemie.coulon@umontpellier.fr) Contexte : La mer Méditerranée est une des régions marines les plus impactées par le changement climatique et les activités anthropiques1-2. Afin d’étudier les changements des communautés de poissons au cours du temps, les suivis scientifiques ont historiquement reposé sur des échantillonnage au chalut, ciblant principalement les espèces pélagiques et celles associées aux fonds meubles3-4. En milieu rocheux, les suivis reposant sur des observations visuelles en plongée5 et par des caméras appâtées ont été privilégiés. Cependant, l’ensemble de ces méthodes nécessite souvent un effort logistique considérable et une expertise taxonomique, tandis que les méthodes dépendantes de la pêche impliquent un échantillonnage destructif qui va à l’encontre des principes de la surveillance non extractive6-8. De plus, certaines méthodes sont interdites dans des aires marines protégées très restrictives9. Le metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe) représente une méthode complémentaire10-11 de par sa capacité à détecter un très grand nombre d’espèces, y compris celles qui échappent à l’observation directe. Afin d’étudier les effets du changement climatique sur les communautés de poissons, plusieurs indicateurs ont été développés pour caractériser leur affinité thermique moyenne12 ainsi que leur sensibilités à la pêche et au changement climatique13. En complément de ces approches, les modèles conjoints de distribution des espèces (jSDM) permettent d’estimer simultanément les probabilités de présence de plusieurs espèces en fonction des conditions environnementales14. Ces probabilités peuvent ensuite être utilisées pour pondérer les contributions des espèces dans le calcul de certains indices, afin de caractériser fonctionnellement les communautés prédites et leur variation le long des gradients environnementaux15. Ce stage vise à mobiliser les données issues d’ADNe pour explorer la dynamique spatiale et temporelle des communautés de poissons en Méditerranée française. Il s’articulera autour de deux questions :
• Comment les communautés de poissons s’organisent-elles dans l’espace ?
• Comment ces communautés ont-elles été impactées par les changements environnementaux et les impacts anthropiques directs ? Le/la stagiaire disposera d’un vaste jeu de données d’ADNe collectés entre 2018 et 2026. Ré-analysé à partir de la dernière version de la base de référence génétique, cet ensemble inédit couvre neuf années et près de 300 espèces de poissons téléostéens et cartilagineux. À l’issue du stage, iel pourra être associé(e) à la préparation d’une publication dans une revue scientifique de rang A, dans la continuité des travaux réalisés. Missions proposées :
• Harmoniser la couverture spatiale et l’effort d’échantillonnage entre les années par la sélection et le filtrage des données d’ADNe
• Sélectionner et extraire des variables socio-environnementales pertinentes
• Ajuster un jSDM pour caractériser les patrons de distribution des espèces et leurs relations avec les variables socio-environnementales
• Réutiliser ce modèle pour analyser l’évolution temporelle des communautés de poissons et ses liens avec les changements environnementaux
• Calculer un indice de sensibilité des communautés face au changement climatique à partir des communautés prédites
• Participer aux campagnes en mer pour l’échantillonnage de l’ADNe en surface

Profil recherché
• Master en écologie, sciences de la mer ou domaine équivalent
• Structuration, analyse et visualisation de jeux de données écologiques
• Modélisation sous R ; avoir déjà mis en oeuvre un SDM serait un atout
• Bonne maîtrise de l’anglais scientifique
• Bonne capacité de synthèse et rédactionnelle
• Permis B de plus de 2 ans apprécié Savoir être : Curiosité, rigueur scientifique, bonne humeur, sens de l’écoute et goût du travail en équipe. Candidature : Les candidatures sont ouvertes jusqu’au lundi 26 octobre à 9h et à adresser aux deux encadrantes, en regroupant les éléments suivants dans un seul fichier PDF nommé NOM_StageM2_BiodivMed, avec Candidature_StageM2_BiodivMed comme objet du mail :
• CV
• Lettre de motivation
• Nom et coordonnées d’un(e) référent(e) (optionnel) Références
• Halpern, B. S., et al. (2015). Spatial and temporal changes in cumulative human impacts on the world’s ocean. Nature communications, 6(1), 7615.
• Garrabou, J., et al. (2022). Marine heatwaves drive recurrent mass mortalities in the Mediterranean Sea. Global Change Biology, 28(19), 5708-5725.
• Bertrand, J. A., et al. (2002). The general specifications of the MEDITS surveys. Scientia Marina, 66(Suppl. 2), 9–17.
• Bourdeix, J.
H., Hattab T. (1985) PELMED
- PÉLAGIQUES MÉDITERRANÉE
• Edgar, G. J., et al. (2020). Reef life survey: establishing the ecological basis for conservation of shallow marine life. Biological Conservation, 252, 108855
• French, B., et al. (2021). Comparing five methods for quantifying abundance and diversity of fish assemblages in seagrass habitat. Ecological Indicators, 124, 107415.
• Jessop, S., et al. (2022). A comparison of underwater visual census, baited, diver operated and remotely operated stereo-video for sampling shallow water reef fishes. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 276, 108017.
• Rolim, F. A., et al. (2022). A comparison of stereo-videos and visual census methods for assessing subtropical rocky reef fish assemblage. Environmental Biology of Fishes, 105(3), 413-429.
• McGeady, R., et al. (2023). A review of new and existing non-extractive techniques for monitoring marine protected areas. Frontiers in Marine Science, 10, 1126301.
• Rey, A. et al. (2023). Coastal rocky reef fish monitoring in the context of the Marine Strategy Framework Directive: Environmental DNA metabarcoding complements underwater visual census. Ocean & Coastal Management, 241, 106625
• Coulon, N., et al. (2026). eDNA signals improve local predictions of fish abundances in Mediterranean coastal ecosystems. Journal of Applied Ecology, 63(6), e70459.
• McLean, M., et al. (2021). Disentangling tropicalization and deborealization in marine ecosystems under climate change. Current Biology, 31(21), 4817-4823.
• Polo, J., et al. (2025). Trait‐Based Indicators of Marine Communities' Sensitivity to Climate Change and Fishing. Diversity and Distributions, 31(1), e13959.
• Warton, D. I. et al. (2015). So many variables: joint modeling in community ecology. Trends in ecology & evolution, 30(12), 766-779.
• Coulon, N., et al. (2024). Northeast Atlantic elasmobranch community on the move: Functional reorganization in response to climate change. Global Change Biology, 30(1), e17157.