Ingénieur de recherche en bioinformatique et développement logiciel

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- PEPR Dynabiod Ingénieur de recherche en bioinformatique et développement logiciel (H/F)
- PEPR Dynabiod Nouveau Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement TOULOUSE
• Haute-Garonne
• IT en contrat CDD
• 12 mois
• BAC+5 Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée. L'offre en un coup d'oeil L'unité Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement Type de Contrat IT en contrat CDD Temps de Travail Complet Lieu de Travail 31062 TOULOUSE Durée du contrat 12 mois Date d'Embauche 01/01/2027 Rémuneration à partir de 3143,64€ bruts par mois selon expérience Postuler Date limite de candidature : jeudi 29 octobre 2026 23:59

Description du Poste
Les Missions Nous recrutons un ingénieur de recherche en bioinformatique pour rejoindre le PEPR Dynabiod « Dynamiques de la biodiversité terrestre dans l’anthropocène : comprendre pour agir », un programme de recherche visant à concevoir et déployer des outils de suivi de la biodiversité nouvelle génération, basés notamment sur l’ADN environnemental (ADNe). Les Missions Principales Consisteront à
• Développer un package R permettant d’évaluer des amorces et marqueurs moléculaires utilisés pour le métabarcoding ADN
• Mettre en place un système de gestion des séquences ADN de référence spécifiques aux marqueurs moléculaires utilisés pour le programme
• Si le temps le permet, développer une application web associée au package L'Activité
• Concevoir et développer en langage R (fonctions, tests unitaires, documentation)
• Automatiser l’interrogation de ressources en ligne (Genbank, BOLD, SILVA, etc) pour la création et la mise à jour des bases de référence
• Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)

Votre Profil
Compétences Savoirs / Connaissances Scientifiques Et Techniques
• Master ou diplôme d’ingénieur avec expérience ≥ 2 ans en développement logiciel bioinformatique
• Connaissance théorique des techniques d’ADN environnemental, de barcoding et de métabarcoding appréciées Savoir-faire
• Maîtrise des environnements de travail Unix
• Maîtrise de R et des packages de développement (devtools, roxygen2, testthat, usethis)
• Utilisation de Git pour la gestion des versions et de forges logicielles (GitLab/GitHub)
• Utilisation d’un cluster de calcul partagé appréciée
• Connaissances en développement d’applications web et bases de données appréciées
• Anglais technique (lecture & rédaction de publications/documentation) Savoir-être
• Rigueur méthodologique
• Sens du travail collaboratif
• Curiosité
• Prise d’initiative
• Sens de l’organisation Votre Environnement de Travail L’ingénieur sera intégré au Pôle de Génomique Environnementale et contribuera au Programme Ciblé « Standards, procédures et protocoles pour l’inventaire et les suivis modernes de la biodiversité et des interactions passées et actuelles » du PEPR Dynabiod. Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés
- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives...) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios). Ce programme de recherche offre un cadre collaboratif d’envergure nationale impliquant de nombreux laboratoires de recherche. Le poste sera basé au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE), localisé sur le campus de l’Université de Toulouse. Vous rejoindrez le plateau technique « Biologie moléculaire et Microbiologie » (B2M) au sein de son service bioinformatique spécialisé. Contraintes et risques Risques liés au travail sur écran Rémunération et avantages Rémunération à partir de 3143,64€ bruts par mois selon expérience Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos
de l’offre Référence de l’offre UMR5300-ANNBEN-001 Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F) Expérience souhaitée 1 à 4 années

À propos
du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche Publiée il y a 4 heure(s) Partager cette offre Par mail Créer une alerte Ne manquez aucune opportunité de trouver le poste qui vous correspond. Inscrivez-vous gratuitement et recevez les nouvelles offres directement dans votre boite mail. Créer une alerte Ingénieur de recherche en bioinformatique et développement logiciel (H/F)
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