Ingénieur de recherche en biologie moléculaire, transcriptomique, microbiologie

Missions:
Ce poste est au coeur du projet européen eGRIDE dont l’ambition est de comprendre les mécanismes d’évolution de la régulation d’expression des gènes en fonction de l’environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l’évolution de la régulation d’expression génique dépend d’une part de l’effet des mutations aléatoires et d’autre part de la sélection en environnement dynamique.
Dans ce contexte, vos missions consisteront à:
1) Déterminer comment la dynamique d’expression de certains gènes de levure impactent le taux de prolifération lorsque les cellules sont exposées à des stress constants ou fluctuants.
2) Apporter un soutien à l’équipe sur des expériences de transcriptomiques à haut-débit nécessitant plusieurs personnes et sur la transmission des pratiques expérimentales auprès de stagiaires et doctorants.
Activités:
Vous serez amené(e) à:

• Construire des souches de levure génétiquement modifiée à l’aide de la technologie CRISPR/Cas9 afin de rendre l’expression de certains gènes cibles contrôlable par une molécule inductrice (système AID2.0) .
• Réaliser des expériences de cultures de souches de levure en compétition en environnement stable et fluctuant. Cela impliquera l’utilisation d’une plateforme robotisée (Tecan EVO 200 Freedom) .
• Quantifier les taux de prolifération relatifs par comptage de cellules en cytométrie de flux suivi d’analyses statistiques avec le logiciel R.
• Aider ponctuellement une collègue IR à préparer des banques de RNA-seq en suivant un protocole développé par l’équipe et adapté à l’analyse de grands nombres d’échantillons.
• Former un doctorant de l’équipe à l’utilisation de la plateforme robotisée et à l’édition génomique par CRISPR/Cas9.
• Présenter l’avancée de vos travaux en réunion d’équipe (environ trois fois par an) .
• Participer à la logistique de l’équipe, notamment la gestion des stocks (tâche partagée avec d’autres membres de l’équipe dont le coordinateur du projet) .
• Contribuer à la préparation de milieux communs pour le laboratoire (1/2 journée par mois) .

Contexte de travail:
Le Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC) est une institution de recherche de pointe dédiée à l'étude des mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire. Nous combinons des approches expérimentales en biologie moléculaire, cellulaire et génétique avec des méthodes de modélisation mathématique et informatique pour comprendre les processus complexes qui régulent le fonctionnement des cellules.
Situé sur le campus Monod de l'ENS de Lyon, le LBMC réunit 120 personnes dédiées à la recherche réparties au sein de 17 équipes de recherche. Cette situation avantageuse nous confère un accès privilégié à toutes les ressources et infrastructures nécessaires pour mener à bien nos missions de recherche. Nous bénéficions notamment d'expertise pointue en techniques de séquençage d’ARN ainsi que de l’accès aux plateforme
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr…

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:
Savoir:

• Maîtrise indispensable des techniques de base en biologie moléculaire, incluant le clonage, la PCR et qPCR, l'extraction d'acides nucléiques, ainsi que l'électrophorèse.
• Notre laboratoire étant international, une maîtrise solide de l'anglais est essentielle, notamment pour la lecture de protocoles et d'articles de recherche en anglais.

• Capacité d’apprentissage d’utilisation d’instruments complexes (plateforme robotisée) par la lecture de manuels et de protocoles
• Expérience de préparation de librairies d’ADNc (RNA-seq) ou autres approches de NGS très appréciée.
• Expérience de tri de cellules (FACS) ou grosses particules (BioSorter) très appréciée.
• Capacité d’analyse de données quantitatives avec le logiciel R fortement recommandée.
• Expérience en microbiologie, particulièrement en génie génétique et manip