ingenieur d'etudes en biologie computationelle

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Nous avons développé RAPToR, un logiciel permettant de déduire avec précision la progression de l’âge d’un échantillon à partir de son expression génique (Bulteau et Francesconi, Nature Methods 2022). RAPToR se limite toutefois actuellement à déduire la progression le long d’une seule trajectoire. Nous souhaitons donc désormais étendre RAPToR afin de déduire la progression le long de multiples trajectoires ramifiées, que l’on observe généralement dans les systèmes en cours de différenciation. Cela nous permettra de comprendre l’impact des perturbations génétiques ou non génétiques sur un système en développement au niveau de la cellule unique.
Activités :
Vous serez amené(e) à :
- Intégrer plusieurs ensembles de données transcriptomiques dans des atlas transcriptomiques de référence exhaustifs pour divers organismes modèles.
- Analyser des données « -omiques » en appliquant des techniques avancées de modélisation multivariée et d'apprentissage automatique afin d'extraire des signatures d'expression génique interprétables.
- Implémenter RAPToR multi-trajectoire dans un logiciel
Contexte de travail :
Le laboratoire Melis se consacre à la compréhension des mécanismes moléculaires fondamentaux des systèmes vivants.
SPARK est une équipe pluridisciplinaire menant des axes de recherche variés. Ce poste s'inscrit dans le cadre d'un axe de recherche visant à développer et à utiliser des méthodes computationnelles pour extraire des informations phénotypiques interprétables et à plusieurs échelles à partir de données omiques à grande échelle, afin d'aborder des questions fondamentales sur la manière dont la régulation génique dans l'espace et dans le temps influe sur la variation phénotypique.
Pour plus d'informations, veuillez contacter mirko.francesconi@univ-lyon1.fr

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Compétences en programmation dans l'un des langages suivants : R, Matlab ou Python.
- Compétences en apprentissage automatique et en modélisation statistique avancée.
- Compétences en gestion de bases de données.
- Expérience avec un gestionnaire de pipelines (par exemple, Nextflow)
- Expérience dans l'analyse de données « -omiques »
- Bon niveau d'anglais
Contraintes et risques :
aucun