Ingénieur en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance
il y a 2 semaines
Informations générales
Titre de l'offre : Ingénieur en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance
Référence : UAR3601-ANILEF-021
Missions
Créer une base de données de pangénomes de référence pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE) et participer au développement de méthodes associées.
Activités
-Mettre en place le workflow de reconstruction de la collection de pangénomes de référence pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE)
-Annotation fonctionnelle des pangénomes de référence pour les gènes spécialisés, y compris les ARG, les facteurs de virulence et les éléments génétiques mobiles MGEs (avec le soutien du WP2)
-Importer des informations sur les ARGs et MGEs dans les métadonnées associées aux pangénomes
-Développer une base de données et API Web pour l'interrogation de la collection de pangénomes
-Participer au développement de méthodes associées pour l'analyse de génomes et métagénomes
-Participer à l'intégration de la base de données et des méthodes dans la plateforme ABRomics
Compétences
-Maîtrise de plusieurs langages de programmation dont Python
-Développement de workflows sur des clusters de calcul sous l'environnement Linux
-Conception de bases de données
-Développement d'API Web
-Gestion de projets logiciels
Contexte de travail
Le projet ABRomics vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotiques.
Contraintes et risques
La personne sera recrutée au sein de l'équipe LABGeM (Genoscope UMR8030, Evry) et sera en interaction avec des chercheurs INRAE (unités MetaGenopolis et MaIAGE, Jouy-en-Josas) spécialisés en métagénomique et pangénomique.
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