Ingénieur en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance
il y a 4 jours
Informations générales
Titre de l'offre : Ingénieur en bioinformatique pour le développement de bases de données et méthodes pangénomiques pour l'étude de l'antibiorésistance
Référence : UAR3601-ANILEF-021
Missions
Concevoir et développer une base de données de pangénomes de référence pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE) et participer au développement de méthodes associées.
Activités
- Développer un workflow de reconstruction de la collection de pangénomes de référence pour les espèces bactériennes d'intérêt clinique (ESKAPEE)
- Annoter fonctionnellement les pangénomes de référence pour les gènes spécialisés, y compris les ARG, les facteurs de virulence et les éléments génétiques mobiles MGEs
- Importer des informations sur les ARGs et MGEs dans les métadonnées associées aux pangénomes
- Développer une base de données et API Web pour l'interrogation de la collection de pangénomes
- Participer au développement de méthodes associées pour l'analyse de génomes et métagénomes
Compétences
- Maîtrise de la bioinformatique et des analyses associées
- Connaissances en microbiologie et en bases de données
- Capacité à travailler en équipe et à communiquer oralement et par écrit
Contexte de travail
Le projet ABRomics vise à développer une plateforme numérique pour collecter, analyser, organiser et rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées pour la recherche et la surveillance de la résistance aux antibiotiques.
Contraintes et risques
La personne sera recrutée au sein de l'équipe LABGeM et sera en interaction avec des chercheurs INRAE spécialisés en métagénomique et pangénomique.
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