Enseignant-chercheur en Bio-informatique Appliquée à La Génomique Et à La Métagénomique

L’école de Biologie Industrielle (EBI)

Depuis 1992, **l'EBI est une école d'ingénieurs en biologie qui forme des ingénieurs et des assistants ingénieurs pour les bio-industries : cosmétique, pharmaceutique, agro
- alimentaire, biotechnologie et environnement.**

**Acteur majeur de l'enseignement supérieur, de la formation professionnelle et de la recherche**, l'EBI est une école à taille humaine qui accueille sur son Campus de Cergy : 825 étudiants, 60 collaborateurs permanents et plus de 150 intervenants extérieurs.

L'EBI est forte d'un **campus de 6000m² comportant 1 plateforme technologique avec 11 laboratoires**: 9 laboratoires (chimie, analytique, procédés, formulation, microbiologie, recherche microbio, recherche biologie moléculaire, biologie, culture cellulaire) et 2 panels (sensoriel et phood), qui sont au service d'EBInnov®, l'unité de recherche propre de l'école.

Rejoindre l'EBI, c'est cocher 7 valeurs : Confiance, Coopération, Optimisme, Créativité, Honnêteté, Engagement et Responsabilité.

Le Poste & les Missions

**LE POSTE EN BREF**

L’enseignant-chercheur recruté intégrera l’axe de compétences « numérique » et participera activement:

- À la formation initiale et continue des étudiant-e-s, en assurant la conception, l’animation et la coordination pédagogique des cours et projets transversaux ;
- Au développement scientifique, notamment à travers la recherche appliquée en analyses génomiques et métagénomiques, l’utilisation d’outils d’intelligence artificielle et de Machine Learning, et la mise en œuvre de workflows bioinformatiques ;
- Au rayonnement de l’institution, et en développant des collaborations académiques et industrielles.

Il/elle interviendra dans les formations Bachelor, Cycle Ingénieur, Mastère Spécialisé, en français et en anglais

Le volet scientifique (expertise et recherche) sera **défini en lien avec le laboratoire EBInnov**, en cohérence avec les axes de recherche de l’EBI.

**DETAILS DES MISSIONS**

1- Enseignement et accompagnement des étudiants

Responsabilités pédagogiques sur les thématiques suivantes par dispensation ou supervision portant sur les thèmes suivants:
**Analyses génomiques et métagénomiques**:

- Recherche, extraction et interprétation de séquences génomiques à partir de bases comme NCBI et ENSEMBL.
- Alignements, recherche d’homologies, annotations fonctionnelles et construction d’arbres phylogénétiques (comparative genomics).
- Traitement de données massives issues du séquençage haut débit (NGS), incluant les analyses single-cell, spatial omics et exposome.
- Déploiement et supervision de workflows bioinformatiques sur des environnements cloud ou HPC.

**Traitement et analyse de données et en intelligence artificielle**:

- Enseignement des méthodes statistiques appliquées aux données biologiques et biotechnologiques
- Introduction à l’intelligence artificielle : concepts clés, algorithmes de machine learning et les bases du deep learning.
- Mise en œuvre pratique avec Python

**Projets interdisciplinaires**:

- Conception et supervision de projets en lien avec les besoins industriels
- Intégration de l’approche par compétences et des outils numériques
- Encadrement des projets étudiants, stages et travaux appliqués.
- Assurera en pleine responsabilité les cours définis par la responsable de l'axe en lien avec le comité des programmes
- Concevra, structurera et délivrera des enseignements en français et en anglais dans son domaine, en produisant l’ensemble des supports pédagogiques nécessaires
- Interviendra en cours magistraux, TD, TP, projets, en cycle préparatoire (Bac +2), ingénieur (Bac +5), Bachelor, Mastère spécialisé
- Mobilisera le réseau alumni et professionnel pour enrichir les interventions
- Concevra et réalisera les évaluations de savoirs et de compétences associés aux enseignements de son domaine
- Accompagnera les étudiant.e.s dans leurs projets académiques et d’innovation
- Assurera annuellement le tutorat d’étudiants et les guidera dans leurs projets, méthodes de travail et développement personnel
- Suivra des stages de courte durée ou de fin d’études

2- Recherche, Expertise, Formation continue et Conseil
- Développer des activités de recherche, d’expertise et de conseil en lien avec les secteurs industriels de l’EBI.
- Encadrer des projets scientifiques, répondre à des appels d’offres et développer des collaborations industrielles.
- Concevoir et animer des modules de formation continue à destination des professionnels.
- Rédiger des projets de recherche et participer à des appels d’offres, notamment pour des financements compétitifs.
- Publier régulièrement dans des revues scientifiques de référence.
- Encadrer des, stagiaires, doctorants et post-doctorants, et assurer un mentorat scientifique.

3- Contribution à la vie institutionnelle:

- Journées portes ouvertes, jurys d’admission
- Commissions internes (programmes, qualité, vie étudiante )
- Ces missions s’appuient sur les compétences de chaque membre de l’équipe.

**LE PR