Stagiaire - Département Bio-informatique (H/F)

il y a 1 jour

Paris e, France PathoQuest SAS Temps plein

Stagiaire - Département Bio-informatique H/F

PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin off de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ces tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis (Pennsylvanie).

Nous recherchons actuellement un stagiaire en informatique/bio-informatique h/f.

Contexte :
Accompagner le département de Bio-informatique et Informatique sur leur projet d’archivage des données bio-informatiques d’analyse pour leur transition vers un system d’analyse dans le cloud.

Activités proposées :
Développement d’un script d’automatisation de l’archivage des dossiers d’analyse
- Comprendre les différents types d’analyses bio-informatiques et les spécificités d’archivage pour chacune
- Comprendre les contraintes d’intégrité et de traçabilité des données d’un environnement BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication)
- Finaliser le développement d’un script permettant la création d’un répertoire d’archivage, la copie de fichiers et leur renommage suivant une nomenclature. Assurer la traçabilité des opérations réalisées.
- Intégrer le script dans l’espace collaboratif de gestion des scripts gitlab
- Réaliser le test de ce script et son déploiement
- Mettre en place la documentation du script

Réaliser l’archivage des analyses sur les serveurs de calcul
- Lancer le script d’archivage sur tous les répertoires d’analyse
- Contrôler le bon déroulement de l’archivage
- Gérer l’archivage des cas particuliers
- En lien avec les archivistes, s’assurer de la traçabilité des archives

À l’issu de ce stage, vous aurez appris :

- comment gérer les transferts de grandes quantités de données,
- comment travailler sur des serveurs de calcul sous Linux et sur serveurs AWS
- les contraintes de gestion des données dans un contexte BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication / GMP, Good Manufacturing Practice), un plus dans l’industrie
- comment la bio-informatique (un nouveau domaine à la frontière entre génétique et informatique) est utilisée dans l’industrie

Formation en préparation et compétences recherchées :
Niveau d’études : Bac+3 ou plus en préparation

Formation en informatique ou Bio-informatique en préparation

Durée du stage : 3-6 mois

Savoir-faire :

- Linux utilisateur
- Scripts shell
- Python
- Niveau d’anglais intermédiaire
- Notions de sed et awk (facultatif)
- Travail sur AWS Cloud (facultatif)

Savoir-être
- Habileté de communication. Votre travail, à la frontière entre les équipes d’informatique et de bio-informatique nécessitera de bonnes qualités de communication pour intégrer l’information pertinente de ces deux départements
- Autonomie

Type d'emploi : Stage
Durée du contrat : 6 mois

Avantages:

- Restaurant d'entreprise
- RTT

Lieu du poste : En présentiel

  • Ingénieur Développement Logiciel Bio-informatique h/f

    il y a 5 jours

    Paris, Île-de-France PathoQuest Temps plein

    PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin-out de l'Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d'origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production...

  • Ingénieur Bio-Informatique H/F

    il y a 3 semaines

    Paris, France MICHAEL PAGE Temps plein

    Notre client est une société est un prestataire de services spécialisés dans le contrôle qualité de produits pharmaceutiques biologiques, issue d'un institut de recherche de renommée internationale. Elle propose aux entreprises biotechnologiques un service complet allant de la réception des échantillons jusqu'à la délivrance des certificats...

  • Stagiaire (h/f) - Développeur en informatique

    il y a 2 semaines

    Paris, France SFR com Temps plein

    Stagiaire (h/f) - Développeur en informatique Date de publication : 20/10/2025 Type de contrat : Stage rémunéré (6 mois) Département : Paris (75) Ville : PARIS Informations générales Entreprise d'innovation et 2ᵉ opérateur français, SFR transforme les usages grâce à un réseau puissant — Fibre, 4G, 5G — et des expertises de pointe en IA,...

  • Ingénieur Bio-Informatique H/F

    il y a 2 semaines

    Paris, France MICHAEL PAGE Temps plein

    Notre client est une société est un prestataire de services spécialisés dans le contrôle qualité de produits pharmaceutiques biologiques, issue d'un institut de recherche de renommée internationale. Elle propose aux entreprises biotechnologiques un service complet allant de la réception des échantillons jusqu'à la délivrance des certificats...

  • Stagiaire (h/f) - Développeur en informatique dans le domaine IA

    il y a 2 semaines

    Paris, France SFR com Temps plein

    Stagiaire (h/f) - Développeur en informatique dans le domaine IA Date de publication : 31/10/2025 Type de contrat : Stage rémunéré (8 mois) Département : Paris (75) Ville : PARIS Informations générales Entreprise d'innovation et 2ᵉ opérateur français, SFR transforme les usages grâce à un réseau puissant — Fibre, 4G, 5G — et des expertises...

  • Assistant Formation

    il y a 2 semaines

    Paris 13e, France ASM13 Temps plein

    **_Vous souhaitez rejoindre une association en pleine évolution, ayant à cœur le développement de ses nouveaux projets? Venez nous rejoindre ! Vos compétences nous intéressent !_** L'ASM13 est une association de plus de 1 000 collaborateurs, qui répartit son activité entre Paris 13ème et Soisy sur Seine (Hôpital l'Eau-Vive) pour l'accueil, les...

  • Stagiaire (h/f) - Développeur en informatique dans le domaine IA

    il y a 2 semaines

    Paris, France SFR com Temps plein

    Stagiaire (h/f) - Développeur en informatique dans le domaine IA Date de publication : 31/10/2025 Type de contrat : Stage rémunéré (8 mois) Département : Paris (75) Ville : PARIS Informations générales Entreprise d'innovation et 2ᵉ opérateur français, SFR transforme les usages grâce à un réseau puissant — Fibre, 4G, 5G — et des expertises...

  • Stagiaire - Département Juridique

    il y a 1 semaine

    Paris, France Euronext Temps plein

    Le Département juridique exerce une fonction support et à ce titre assure pour le compte du groupe Euronext des missions de conseils et d’assistance jur - idiques. Ces missions ont trait à des aspects juridiques et réglementaires. Dans le cadre de ses activités la Direction juridique recherche un stagiaire. Job - description - Missions Principales...

  • Stagiaire en Informatique Hardware et Software H/F

    il y a 2 semaines

    Paris, France Puteaux Temps plein

    Stagiaire en Informatique Hardware et Software H/FNous recherchons activement 1 Technicien hardware/software en stage de fin d'étude.Sous la houlette de votre responsable, vous serez chargé de la maintenance et la révision du parc informatique.Stage de 2 mois minimum.Le profil recherchéDiplôme : de niveau Bac +2 à +5Expérience : débutant...

  • Office Manager

    il y a 2 semaines

    Paris 13e, France BIO SUPPORT Anne FERAUDET Temps plein

    Descriptif du poste Au sein d’une équipe pluridisciplinaire regroupant les fonctions supports de plusieurs startups Biotechs et Medtechs adhérentes de BIO SUPPORT (contrôle de gestion, ressources humaines, juridique, financement), l’**Office Manager apporte une assistance administrative, gère les services généraux et a en charge l’organisation...