Stagiaire - Département Bio-informatique (H/F)
il y a 23 heures
Stagiaire - Département Bio-informatique H/F
PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin off de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ces tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis (Pennsylvanie).
Nous recherchons actuellement un stagiaire en informatique/bio-informatique h/f.
Contexte :
Accompagner le département de Bio-informatique et Informatique sur leur projet d’archivage des données bio-informatiques d’analyse pour leur transition vers un system d’analyse dans le cloud.
Activités proposées :
Développement d’un script d’automatisation de l’archivage des dossiers d’analyse
- Comprendre les différents types d’analyses bio-informatiques et les spécificités d’archivage pour chacune
- Comprendre les contraintes d’intégrité et de traçabilité des données d’un environnement BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication)
- Finaliser le développement d’un script permettant la création d’un répertoire d’archivage, la copie de fichiers et leur renommage suivant une nomenclature. Assurer la traçabilité des opérations réalisées.
- Intégrer le script dans l’espace collaboratif de gestion des scripts gitlab
- Réaliser le test de ce script et son déploiement
- Mettre en place la documentation du script
Réaliser l’archivage des analyses sur les serveurs de calcul
- Lancer le script d’archivage sur tous les répertoires d’analyse
- Contrôler le bon déroulement de l’archivage
- Gérer l’archivage des cas particuliers
- En lien avec les archivistes, s’assurer de la traçabilité des archives
À l’issu de ce stage, vous aurez appris :
- comment gérer les transferts de grandes quantités de données,
- comment travailler sur des serveurs de calcul sous Linux et sur serveurs AWS
- les contraintes de gestion des données dans un contexte BPF (Bonnes Pratiques de Fabrication / GMP, Good Manufacturing Practice), un plus dans l’industrie
- comment la bio-informatique (un nouveau domaine à la frontière entre génétique et informatique) est utilisée dans l’industrie
Formation en préparation et compétences recherchées :
Niveau d’études : Bac+3 ou plus en préparation
Formation en informatique ou Bio-informatique en préparation
Durée du stage : 3-6 mois
Savoir-faire :
- Linux utilisateur
- Scripts shell
- Python
- Niveau d’anglais intermédiaire
- Notions de sed et awk (facultatif)
- Travail sur AWS Cloud (facultatif)
Savoir-être
- Habileté de communication. Votre travail, à la frontière entre les équipes d’informatique et de bio-informatique nécessitera de bonnes qualités de communication pour intégrer l’information pertinente de ces deux départements
- Autonomie
Type d'emploi : Stage
Durée du contrat : 6 mois
Avantages:
- Restaurant d'entreprise
- RTT
Lieu du poste : En présentiel
-
Ingénieur Bio-Informatique H/F
il y a 7 jours
Paris, France Michael Page Temps pleinEn tant qu'Ingénieur Bio-Informatique, vous aurez les responsabilités suivantes : * Développer, tester et maintenir des applications logicielles spécifiques au secteur pharmaceutique ; * Collaborer avec les équipes techniques pour analyser les besoins et définir des solutions adaptées ; * Participer à la conception et à l'architecture des nouvelles...
-
Ingénieur·e d’Étude en Bio-informatique F/H
il y a 5 jours
Paris, France SAINT LOUIS Temps pleinIngénieur·e d’Étude en Bio-informatique F/H Description du poste Métier : Autres fonctions administratives - Administratif - Autres métiers Intitulé du poste : Ingénieur·e d’Étude en Bio-informatique F/H Type de contrat : CDD uniquement Rémunération : Selon profil Télétravail : (non précisé) Présentation du service Service de Médecine...
-
Statisticien Demographe Stagiaire
il y a 7 jours
Paris 13e, France Inserm Temps plein**Statisticien Démographe stagiaire F/H** L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs,...
-
Gestionnaire RH Et Paie
il y a 1 semaine
Paris 13e, France BIO SUPPORT Temps plein**BIO SUPPORT** Fondé en 2006 par des entrepreneurs de la Biotech, **BIO SUPPORT est un groupement d’employeurs spécialisé dans la mutualisation de compétences en temps partagé**. Nous mettons à disposition de nos adhérents, principalement basés à Evry et à Paris, des professionnels multi qualifiés sur des fonctions « support ». Basé à...
-
Assistant Formation
il y a 2 semaines
Paris 13e, France ASM13 Temps plein**_Vous souhaitez rejoindre une association en pleine évolution, ayant à cœur le développement de ses nouveaux projets? Venez nous rejoindre ! Vos compétences nous intéressent !_** L'ASM13 est une association de plus de 1 000 collaborateurs, qui répartit son activité entre Paris 13ème et Soisy sur Seine (Hôpital l'Eau-Vive) pour l'accueil, les...
-
Data Scientist Bio-informatique
il y a 4 jours
Paris, France ALTRAN Temps pleinVous avez **au moins 3 ans** d’expérience en **Data Science** avec un background en **bio-informatique** ? Nous recrutons des profils comme le vôtre ! Nous recherchons des profils multi-disciplinaires qui ont une expérience prouvée à la fois en bio-informatique et en Data Science, possédant notamment des compétences en **Nettoyage/Preprocessing et...
-
DevOps - Bio informatique X/ F/H
il y a 2 semaines
Paris, Île-de-France PHARMACOS Temps pleinMissions confiées :Contribuer au développement et au déploiement de pipelines bio-informatiquesApporter un support technique sur l'automatisation et l'industrialisation des processusConseiller et accompagner l'équipe dans la mise en place, l'optimisation et la sécurisation des environnements techniquesProfil recherché :Nous recherchons un profil...
-
Bio-informaticienne en Immunologie
il y a 3 jours
Paris, France Institut Curie Temps pleinCDD - Paris **Bio-informaticienne en immunologie (H/F)**: - Centre de Recherche L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital et d'un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale. L’objectif du Centre de recherche de...
-
Office Manager
il y a 2 semaines
Paris 13e, France BIO SUPPORT Anne FERAUDET Temps pleinDescriptif du poste Au sein d’une équipe pluridisciplinaire regroupant les fonctions supports de plusieurs startups Biotechs et Medtechs adhérentes de BIO SUPPORT (contrôle de gestion, ressources humaines, juridique, financement), l’**Office Manager apporte une assistance administrative, gère les services généraux et a en charge l’organisation...
-
Stagiaire Pour Le Département Des Financements
il y a 22 heures
Paris, France VINCI Concessions Temps pleinVINCI Concessions recherche un(e) stagiaire pour le département des Financements structurés Intitulé de poste : Stagiaire Chargé d’Affaires en Financement de Projets / Junior Project Manager in Structured Finance Localisation : Ile de France - Nanterre Le rôle du Département Financements structurés Dans le cadre des appels d’offres publics et...
