Ingénieur de Recherche en Bioinformatique

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Intégrée à une équipe de recherche, la personne recrutée aura pour mission principale de déterminer les perturbations post-transcriptionnelles induites par des mutations dans l’hélicase DDX6 dans les cellules humaines. Elle analysera des jeux de données RNAseq obtenus à partir d’ARN total et polysomal pour identifier les transcrits dérégulés au niveau stabilité et/ou traduction, déterminer les caractéristiques de ces ARN, et proposer les voies de régulation perturbées. Elle proposera et mettra en oeuvre des stratégies permettant l’analyse bioinformatique des isoformes d’ARN dans ces jeux de données, dans un cadre collaboratif.
Activités :
- Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
- Analyses différentielles et fonctionnelles
- Intégration fonctionnelle des jeux de données entre eux et avec des jeux de données publiés
- Recherche d’outils d’analyse adaptés aux différentes questions des projets
- Développement et optimisation de pipelines
- Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe
- Veille de la littérature scientifique sur les sujets d'étude
- Participation active aux réunions d'équipe et d’unité, éventuellement en anglais
- Echanges en partie autonomes avec les collaborateurs extérieurs à l’équipe
Contexte de travail :
La personne recrutée exercera son activité dans l'équipe « mRNP et condensats » dirigée par Dominique Weil, au Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (UMR8263, unité mixte CNRS-Inserm-Sorbonne Université) à l'Institut de Biologie Paris Seine (IBPS). Ce laboratoire est situé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Le poste est financé par l’ANR dans le cadre d'un projet visant à comprendre le rôle de l’hélicase DDX6 et de condensats d’ARN et protéines (P-bodies) dans le neurodéveloppement. Des mutations de cette hélicase sont responsables d’une maladie neurodéveloppementale associée à un déficit de P-bodies. L’équipe travaille sur des modèles de cellules humaines. Une partie du projet porte sur l’analyse des ARN de P-bodies purifiés, une autre sur l’analyse du transcriptome et du translatome de cellules dans lesquelles les mutations des patients ont été introduites. Composée de biologistes, l’équipe comprend quatre chercheuses et enseignants-chercheurs, une ingénieure d’étude, un post-doctorant et une doctorante. La personne recrutée travaillera en collaboration étroite avec le post-doctorant et les chercheurs associés à cet axe de recherche.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Compétence approfondie en bio-informatique, biologie computationnelle
- Bonnes connaissances en biologie/génomique moléculaire
- Maîtrise de langages de programmation (UNIX, Python) et d'analyse statistique (R)
- Savoir-faire démontré en analyse bio-informatique de données transcriptomiques et translatomiques, notamment dans des modèles mammifères
- Expérience si possible d’analyse d’isoformes dans des modèles mammifères
- Bonne compréhension des méthodes et des contraintes de la biologie expérimentale
- Rigueur et organisation permettant de mener plusieurs activités en parallèle
- Souplesse face aux difficultés rencontrées et esprit d'initiative pour identifier des solutions techniques de façon autonome
- Aptitude au travail collégial et capacité à partager ses résultats avec des non-bioinformaticiens
- Savoir mettre en place le suivi en ligne des analyses et codes utilisés dans le projet (github, etc)
- Capacité à faire des rapports et des présentations scientifiques claires, et à contribuer à la rédaction d'articles en anglais
Contraintes et risques :