Assistant-e ingénieur-e en microbiologie

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous rejoindrez l’unité Santé et Agroécologie du Vignoble, qui mène des recherches sur la transition agroécologique en viticulture, en lien avec les professionnels du secteur. Vous intégrerez plus particulièrement l’équipe ‘Microbiote de la Vigne’, qui étudie les communautés de micro-organismes associées à la vigne et leur rôle dans la protection des plantes.

Dans le cadre du projet GetUp, vous contribuerez au développement de solutions de biocontrôle du mildiou de la vigne. L’un des objectifs du projet est de concevoir des solutions microbiennes multi-souches capables de protéger la vigne contre cette maladie, soit en agissant directement sur l’agent responsable, soit en stimulant les défenses de la plante. 

Votre activité contribuera ainsi à développer et à évaluer des consortia microbiens de biocontrôle. Vous participerez aux différentes étapes, de la culture et de la caractérisation des souches jusqu’à l’évaluation de leur efficacité et à la préparation d’expérimentations en conditions contrôlées et au champ.

Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes : 

1. Microbiologie 

• Préparer les milieux de culture. 
• Cultiver les souches microbiennes destinées à constituer les consortia microbiens.
• Caractériser les conditions optimales de croissance des souches isolées ou en consortia.
• Quantifier les souches pour constituer les consortia microbiens. 
• Inoculer les consortia microbiens sur disques foliaires et sur plants de vigne en serre.
• Quantifier les symptômes de mildiou par notation visuelle ou imagerie.
• Prélever des échantillons foliaires pour évaluer l’effet des souches sur les défenses de la plante.
• Quantification d’ADN microbien en qPCR. 
• Séquençage de génome microbien. 

2. Suivi des expérimentations et travail en équipe

• Assurer la traçabilité des expérimentations dans un cahier de laboratoire électronique.
• Préparer et transmettre les souches aux collaborateurs et à l’entreprise en charge de leur formulation.
• Rendre compte de vos activités aux responsables scientifiques du projet.
• Participer aux réunions de l’équipe et du projet.
• Participer à l’encadrement technique des stagiaires.
• Contribuer à la vie collective du laboratoire, notamment aux activités de gestion, de qualité et de maintenance des équipements.

Vous disposez d’une formation de niveau BTS, BUT ou équivalent en microbiologie et/ou écologie microbienne.

Une expérience en phytopathologie et en biologie moléculaire serait appréciée.

Savoir-faire :

• Préparation et stérilisation de milieux de culture liquides et solides, et travail en conditions aseptiques (bec microbiologique, PSM).
• Manipulation, ensemencement, repiquage et conservation de souches microbiennes (bactéries, levures et champignons filamenteux)
• Dénombrement et suivi de la croissance microbienne (cellule de Malassez, densité optique)
• Préparation et standardisation d’inocula (concentrations cellulaires et/ou sporales).
• Réalisation de tests de confrontation et d’antagonisme entre souches candidates au biocontrôle et microorganismes phytopathogènes.
• Maîtrise des équipements courants de microbiologie (micropipettes, centrifugeuse, spectrophotomètre, lecteur de plaque, autoclave, incubateur, microscope). 
• Respect des règles de sécurité et de gestion des déchets biologiques et chimiques.
• Mise en œuvre des techniques de base biologie moléculaire.

Savoir-être :

• Goût pour le travail en équipe.
• Autonomie dans la réalisation des activités expérimentales.
• Rigueur et sens de l’organisation.
• Bon relationnel et capacité à rendre compte de son activité.
• Intérêt pour le travail expérimental et la recherche scientifique.