Développeur-euse bioinformatique

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous rejoindrez l’Unité de Nutrition Humaine, au sein de la Plateforme d’Exploration du Métabolisme (PFEM). Reconnue aux niveaux national et international, la PFEM développe des méthodes analytiques et des outils bioinformatiques pour mieux comprendre les liens entre métabolisme, nutrition et santé.

La plateforme combine notamment :

• la métabolomique et la lipidomique appliquées dans le cadre d’études sur des cohortes humaines ;
• la spectrométrie de masse à haute résolution ;
• l’identification de biomarqueurs ;
• l’analyse et l’intégration de données biologiques à haut débit ;
• les bases de données, les graphes de connaissances et les technologies du Web sémantique.

Vous intégrerez une équipe pluridisciplinaire réunissant bioinformaticien.ne.s, informaticien.ne.s et expert.e.s de la métabolomique. Vous travaillerez sous la responsabilité du responsable bioinformatique, dans le cadre de l’infrastructure nationale MetaboHUB.

Votre mission sera de concevoir et de développer un outil permettant d’intégrer, d’interroger et de contextualiser des données biologiques produites en métabolomique. 

Vous vous appuierez sur les graphes de connaissances du projet FORVM¹ pour relier : 

1. des données métabolomiques ;
2. des données phénotypiques ;
3. des concepts biologiques et des ontologies ;
4. des associations entre molécules, maladies et phénotypes et les des références bibliographiques associées.

L’objectif est de fournir aux scientifiques un outil robuste et réutilisable pour faciliter l’exploration des données et l’extraction de connaissances. Cette mission combine développement logiciel, bioinformatique, intégration de données et pratiques DevOps.

Vous serez notamment chargé.e de :

• recueillir et formaliser les besoins des utilisateur.trice.s ;
• concevoir des cas d’utilisation en définissant les entrées, les paramètres et les sorties attendues ;
• développer des microservices et des API REST en Python ;
• intégrer ces services aux ressources et graphes de connaissances FORVM ;
• mettre en place des tests automatisés et des pipelines d’intégration et de déploiement continus ;
• documenter le code, les API, les cas d’utilisation et les procédures d’installation ;
• participer aux revues de code et à l’amélioration de la qualité logicielle ;
• publier et maintenir le code sur des dépôts Git ;
• développer un wrapper utilisable dans l’environnement de workflows Galaxy ;
• contribuer à la reproductibilité, à la maintenance et à la diffusion de l’outil auprès de la communauté MetaboHUB.

Nous recherchons une personne ayant une formation en informatique, bioinformatique, biologie computationnelle ou dans un domaine équivalent. Une première expérience en développement Python, en conception d’API ou en automatisation logicielle est attendue. Une connaissance de la métabolomique, des graphes de connaissances, du Web sémantique ou de Galaxy sera appréciée, mais pourra être acquise au cours de la mission.

Technologies et compétences abordées durant la mission :

• Python ;
• développement d’API REST ;
• Git et gestion de code ;
• tests automatisés ;
• intégration et déploiement continus ;
• conteneurisation, par exemple Docker ;
• manipulation de données JSON, RDF ou tabulaires ;
• bases de données ou graphes de connaissances ;
• Galaxy ou développement de wrappers Galaxy ;
• intérêt pour la bioinformatique, la métabolomique ou les ontologies.